翻车后林肯被甩出车外，头破血流，多处受伤。特工坎勒曼驾车出现，准备捂死无力反抗的他。另一个男人出其不意地打晕坎勒曼，拖走了林肯。

苏克雷被放出禁闭室，越狱小组重新聚首，迈克尔告诉他们医生办公室是他们出逃的必经之路，一定要拿到房门钥匙。这时约翰-阿布兹伤愈归来，一副虔诚信徒模样的他告诉迈克尔仍然愿为越狱提供飞机。

贝里克说服波普向上瞒住林肯失踪的事，自行展开追踪。昏迷不醒的林肯被神秘男人带到废旧车处理场藏起。

医务室里迈克尔出其不意吻了萨拉，但面对她的质询，他始终无法下手偷得钥匙。醒来的林肯认出了眼前的男人正是他的父亲。父亲告诉林肯，自己为掌握国家大权的“公司”工作，他们为了阻止他离开，故意陷害林肯。维罗妮卡查阅了奎因的通话纪录，对蒙大那的一个号码产生怀疑。

阿布兹来找“背包”，表示愿意勾销“刀片割喉”的旧帐，“背包”将信将疑，充满戒备。图纳不堪忍受同室犯人Avocado的性侵害，用刀片将其划伤。妮卡和萨拉在餐厅谈话，下手偷走了她的钥匙，趁探监时交给了迈克尔。

林肯和父亲的谈话中泄露了“公司”更多的内幕，父亲表示将会和他一起拨乱反正，两人打算离开时，坎勒曼和警察闻讯而至，包围了旧车场。坎勒曼发现林肯，正欲对他动手，林肯向贝里克自首，父亲悄悄离开。

萨拉发现钥匙不见了，很快怀疑到迈克尔身上，当着他的面，她要工人换掉了门锁。林肯被押回监狱，波普命人24小时监视他。图纳为保命，向贝里克告发迈克尔等人的越狱计划，震惊的贝里克砸开警卫室的地面，发现了洞口。

贝里克发现迈克尔等人挖的地洞惊骇不已，猝不及防间突遭威斯特莫兰的袭击，一番打斗后他被捆住扔进地道，受伤的威斯特莫兰告诉迈克尔，必须在今晚警卫发现贝里克失踪前逃走。迈克尔立刻布置下任务，各人分头行动，如何把24小时受到监控的林肯弄出来成了最大的障碍。

迈克尔向萨拉坦白越狱计划，请求她帮一个小忙，下班时别锁办公室的门。萨拉无法说服自己告发迈克尔，矛盾不已、进退两难的她，提前离开办公室作为逃避。副总统办事不力，遭到幕后支持者的斥责和威胁。

阿布兹打电话通知狱外同伙准备好飞机，并透露只有三个人能成功逃脱。

维罗妮卡查出蒙大拿神秘电话的地址与泰伦斯的公司有关，卡准备亲自去一趟，尼克同时接到阿布兹的电话指令。贝里克恢复意识后，拼命想挣脱绳索和胶带。

众人得知图纳也要和他们一起越狱表示强烈反对，但面对迈克尔坚决的态度只得作罢，“便条”把“背包”的刀子交给迈克尔，提醒他注意“背包”和阿布兹。迈克尔从泰姬陵上偷拿下一块支柱，他得到波普的许可在禁闭室看望林肯，发现林肯被锁在墙壁上，寸步难行。 萨拉从电视上得知父亲有望成为副总统的竞选人，而他对林肯死刑的坚决态度也被特别提到。

迈克尔要苏克雷用“便条”偷来过氧化物漂洗蓝色的囚服。毫无逃跑打算的图纳得知室友Avocado当晚要回来，终于下定了决心，开始做准备。各人怀着不同的目的，紧张等待最后时刻的来临。

尼克终于现出本出面目，把枪口对准正要出门的维罗妮卡，如梦方醒的她痛骂他是懦夫。

波普打算送给妻子作礼物的泰姬陵突然倒塌，他立刻召人去找迈克尔，这时警卫向他报告，贝里克失踪了。波普的办公室里，迈克尔拔出小刀，告诉波普他要越狱，而且带着林肯一起走。

狱长被Michael软禁在旁边一个房间，Michae胁迫他打电话通知狱警将Linc送进医务室，剩下那些准备越狱的人7点在迈克尔的牢房里面集合。向Bellick告密的两面派这次向Micheal保证他的对Michael的忠诚并参加到越狱行动中来。

在监狱外，Sara终于做出决定，不锁上医务室的门，以便Michael越狱时进入医务室。Michael等所有参与越狱的人经过管道在医务室里面遇到了那个精神病Haywire，他通过记忆也到管道里面来了。

Bellick的同事发现他的车在停车场，开始到处搜索并在底下管道找到了他，Bellick组织了一个搜捕小组开始搜捕行动。

所有参与越狱的人，除了威斯特莫兰因伤重无法行动被迫留下，曼奇因为体胖扯断了翻墙的绳子，其他人都最终越过了围墙。

监狱高墙上探照灯全部亮起，曼奇被迫供出逃跑人员名单，得知他们越狱成功，其他犯人欢声雷动，大肆庆祝。

贝里克被救出后，立刻率领人马杀气腾腾地开始追踪越狱者。狱长波普着手调查，他怀疑出了内奸。维罗妮卡到达蒙大拿，驱车前往查到的电话地址。越狱一行人找到阿布兹派人安排的汽车前，略施小计，扔下铁丝扬长而去。

阿布兹在车上要对付背包，他却早有预防，把自己和迈克尔铐在一起，并吞下钥匙，阿布兹投鼠忌器，只得暂时放过他。为了绕过警方检查，车子陷在泥地里动弹不得，他们只能弃车行而，迈克尔赶走了图纳。同时，贝里克发现了停车的地方和图纳的手印。

在波普的追问下，凯蒂最终说出萨拉对迈克尔有好感。迈克尔等人躲过了直升机的搜寻，来到一处农家小屋，发现这里有汽车却没有发动机。铁丝借走了一辆自行车继续逃亡。贝里克找到丢弃的汽车，很有把握他们没走远。等候阿布兹的飞机引起了管理员的怀疑，叫人查询其底细。

苏克雷等人按倒背包，想剪开手铐未果，阿布兹操起斧子，砍断了背包的手，其他人目瞪口呆，越狱小组又甩掉一人。

公司决定用一种毒药除掉成为障碍的副总统，总统却意外身亡，副总统大难不死，顺理成章接替他登上宝座。

芝加哥警察破门进入萨拉家，发现她注射了过量吗啡，倒在沙发上人事不省。

维罗妮卡摸进房子，出现在被林肯杀死的泰伦斯面前。

剩下的五人突破警方防线，向飞机奔去，快到跟前时，等不及的飞机终于起飞，从他们头上呼啸着掠过。发现踪迹的警车正向他们飞驰而来，五人只能继续奔向夜色茫茫的旷野。