牛精的怪异招数让众人难以应付。了了和乐乐骗过牛精，里应外合抓住牛精。为了牛眼泪，花神打起了牛精的主意。可惜花样频出，牛眼泪却迟迟不见。牛精认出阴阳镜是自己师傅之物。花神请来太上老君，发现牛精确实曾经被太上老君指点。守住绛仙草实际上也是牛精对天上老君的孝心。牛精的下毒嫌疑被排除。在太上老君的劝导下，牛精仍然挤不出眼泪。太上老君无能为力告辞离去。牛精不舍太上老君离去，终于留下眼泪。收取了牛眼泪的花神也说服太上老君带牛精回天庭修炼。

红姑娘趁高府空虚，前去行刺。留守的五姑娘赶走了伤势未愈的红姑娘。众人分析后发现，句芒和赵公子的师傅正是蟒精红姑娘，下毒之人很可能是红姑娘。句芒和赵公子引出红姑娘，红姑娘不慎中了神农的毒针。

在句芒和赵公子的苦劝下，红姑娘答应交换解药。红姑娘对花神等人的判断产生了矛盾。痛苦中的红姑娘强迫自己认定花神等人恶贯满盈。

神农和二姑娘六姑娘彻底康复。花神把了了和乐乐留在高府，带领其他人前往北岳。句芒舍命寻药的行为打动了二姑娘。六姑娘和赵公子的感情也慢慢增加。

黄帝要与蚩尤决战，得意间请若兮观战。蚩尤从南疆请来风伯雨师。黄帝中了圈套，大败而归。混战中，若兮受了重伤。黄帝懊悔不已，命手下应龙速找神农。

花神等人在北岳遇到了夸父族。夸父族首领拒绝交出净土，却请花神等人观看夸父族的盛事：勇士大赛。

瘦弱的夸父族人蓐参加了勇士大赛。蓐的坚强打动了花神，花神偷偷帮助蓐取得了第一场胜利。首领女儿月柔看似十分关心蓐，却对蓐的胜利心急如焚。神农不明内因，也暗中帮助了蓐。蓐赢得勇士称号，被任命为新一代的夸父。

花神从月柔处得知，月柔和蓐两情相悦，首领嫁女却以蓐赢得勇士为条件。但是成为夸父必须担任追日的任务。曾经的无数任夸父没有一个能回来。花神十分奇怪夸父族的古怪传统。跟踪而来的红姑娘在暗处想起当初龙太子为博自己一笑，而对夸父族搞得恶作剧。

花神听说追日源于龙太子，认定这是一个阴谋。神农也进一步证实了花神的说法。困扰夸父族的追日噩梦终于结束。蓐变通族规，促成首领同意花神等人若赢得勇士大赛便可取走净土。众人都以为出战的将是神农。花神却自信十足，力排众议要亲自出马。

在土地和蓐的帮助下，处于劣势的花神戏剧性地赢得比赛，拿到了北岳净土。红姑娘抢走净土，逼花神决斗。决斗中，花神救了险些落崖的红姑娘。红姑娘趁机制住花神，却没有下毒手，留下净土扬长而去。花神对红姑娘的看法开始改观。

众人欲一鼓作气前往中岳取得最后一处净土。应龙找来汇报了若兮的伤情。众人急忙赶往轩辕部落。想抄近路的众人被两座大山阻拦。愚公坚持移山的精神打动了花神。土地的解释让花神明白两座大山竟然与自己有关。

花神试验仙种时，天庭一只仙鸟误吃了仙种。法力突然大增的仙鸟十分恐慌，打伤守卫逃出南天门。不知所措的仙鸟逃到人间，却殃及了凡人。花神不依不饶。玉帝答应给花神一个交代，派二郎神下界捉拿仙鸟。

斗法中两座大山被移走。二郎神不忍伤害凡人，只好任由仙鸟逃脱。

花神回到天庭让玉帝帮忙移走大山，却遭到拒绝。花神和玉帝闹翻，打发走神农等人，自己留下和愚公一起移山。

在王母的劝说下，玉帝派二郎神下凡搬走了大山。众人赶到轩辕部落。若兮已经奄奄一息。神农竭尽所能只能延缓若兮三天的寿命。

愤怒的花神不顾二姑娘等人的劝阻，去找蚩尤报仇。花神大败蚩尤，而干扰人间杀伤大量凡人的事情却激怒了玉帝。玉帝带人下界捉拿花神。为保护义妹，黄帝挺身而出。黄帝和玉帝的交手竟以平局收场。玉帝、黄帝、花神三人也重拾幼时的记忆，想起了兄妹三人的往事。玉帝知道自己无力插手人间，不满地返回天庭。

花神见到若兮。若兮告诉花神，自己本是黄帝的妻子。黄帝一心统一中原，冷落了若兮。若兮一直郁郁寡欢，前往木屋散心的若兮无意间救起了昏迷的神农。

神农养伤期间，隐瞒了自己的名字。神农的才艺、若兮的聪慧让两人惺惺相惜。黄帝也让若兮彻底失望。神农不辞而别。若兮猜出神农身份，追上神农劝他体恤苍生放弃征战。神农最终选择了隐姓埋名与若兮归隐山林。

若兮的死摧毁了神农的信心，神农黯然离去。花神回到太古城寻找神农。受到红姑娘惩罚的大毛二毛怀恨在心，想要投靠花神。花神终于知道难民的首领就是红姑娘。花神找到红姑娘摊牌。倔强的红姑娘还是不肯与花神和解。

神农被无名人救起，甘愿跟随无名人归隐。无名人却给了神农新的历练。