花神等人聚集太古城研究对策。魔帝察觉圣碗就在太古城，带领瘟神和共工偷袭太古城。危难时刻，花神安排祝融带着圣碗去找土地。

激斗中，后羿射杀了瘟神，却被魔帝所杀。瘟神临死前告诉神农，瘟疫即将蔓延整个人间。

魔帝为寻圣碗禁制了花神等人进入太古城。宝娘不肯说出圣碗的下落，被魔帝杀死。魔帝控制了太古城所有族人的神智，给花神三天时间，要她交出圣碗。

宝娘坟前，二姑娘和句芒，六姑娘和赵公子约定终身，了却了宝娘的心愿。祝融不顾土地等人的阻拦，赶到牛头山与神农等人汇合。

花神回到天庭，集合了所有的力量与魔帝决战。赵公子、句芒、祝融等人纷纷战死。眼看魔帝就要取得最终的胜利，隐忍已久的共工却突然偷袭魔帝。

魔帝杀死共工，吸收了全部真水，却被真水反噬。魔帝急于控制真水，突然遁去。花神等人逃过了一劫。

花神不顾劝阻，进入天庭第一禁地盘古洞，想取得开天斧对付魔帝。盘古洞中，花神得到了盘古留下的绝密信息，但终因力量不足，被开天斧控制了心神。

花神携开天斧大战魔帝。魔帝抵挡不住第一神器的威力，即将被斩于斧下。关键时刻，花神被开天斧完全控制，变得冷酷霸道。花神答应与魔帝合作，共掌天人两界。魔帝喜出望外。

神农想要劝阻花神，被花神击伤。

神农被水灵族长老救起。长老见神农伤势过重，生机断绝，只得用秘法耗费自己的生命挽救了神农。长老临终之际，把传说能破除一切心魔的水灵咒传给了神农。

花神从土地手中抢来圣碗，解了魔帝真水反噬的困扰。两人相约，闭关十日，吸收真水的力量，然后横扫天人两界。

神农历尽艰辛，终于找到花神，用水灵咒破除了花神的心魔。花神假装跟随魔帝征战，在背后偷袭得手，重伤了魔帝。狂怒的魔帝取得开天斧，要杀死花神。

女娲关键时刻神游归来，阻止了魔帝的计划。在花神的请求下，女娲饶恕了魔帝，并开辟阴间一界供魔帝执掌。女娲安排劫难中死去的凡人到阴间投胎，而句芒、祝融由于修行有成，被带到天庭成仙。二姑娘等人的感情有了圆满的归宿。

女娲一时兴起到人间游览，却目睹的人间一幕幕丑恶的现象。人类自私贪婪等恶习激怒了女娲，失望之中，女娲决定毁灭现有的人类，重新打造完美的人类。

玉帝和花神得到女娲将要灭世的消息，急忙前来劝阻，但女娲心意已决。玉帝找到了黄帝，两人对保护人类一事立场一致，终于尽弃前嫌携手共战女娲。

一番激战，玉帝和黄帝终究不是女娲的对手，灭世看来已经不可阻止。

花神和神农决定尽快让人间开满鲜花，挽回女娲心意。在去阴间寻找魔帝打听真水下落时，遇到了帮助魔帝打理事务的宝娘。魔帝告诉花神，真水已经被女娲拿走。

花神向女娲索要真水，表示要证明人间尚有希望。女娲拒绝了花神，决定三天后灭世重生，但透露出真水被放在昆仑山。

花神、神农连同几个仙女、赵公子、句芒赶到昆仑山，在最后时刻找到真水。人间终于鲜花盛开。女娲相信了花神，认为人间还有希望，再次神游而去。

天上人间重归和谐。神农也写出利用鲜花和草药制成的药方，供世人对付瘟神留下的瘟疫。神农再也隐瞒不住自己的病情，终于病发。原来神农尝遍百草，体内毒素已经到了不可控制的地步。神农再次拒绝了花神化身成仙的建议。花神含泪看着神农死去。花神率领七仙女在天上洒下鲜花，仿佛在涤清人间一切污秽，又仿佛在默默怀念着神农。