Alex的战友sara平时表现垫底，却接受一项重要任务，即将执行，Nikita告诉Alex组织很有可能是让sara执行自杀的任务。可是，Alex试图帮助sara，但是她不听，sara穿着布满炸药的衣服开始执行任务，Nikita及时赶到，并成功救出来sara，但是sara突然逃走......

Thom完成了训练的最后任务，杀死Anna Harcount，并将现场伪装成入室抢劫。尼基塔在深入调查下，发现了组织的另一个阴谋...尼基塔希望利用Anna的父母对组织的这次行动造成影响，没想到Anna的背景远比她所想象的复杂。同时一个叫Gogol的俄国佣兵公司介入了这一事件，对尼基塔下了药，威逼她帮助Gogol除掉某参议员，尼基塔既要破坏组织的任务又要摆脱Gogol对她的控制，联系Alex帮她找解药，Alex在训练中假装被扭断手腕，进入医务室，拿到解药后在Kiss Thom的时候将解药装进Thom的口袋，尼基塔在宴会上开始了行动....

Michael在Percy的默许下，解决自己私人的事情，尼基塔突然出现并表示要帮助Michael。剧中插入了许多Michael进入组织之前的回忆，他为什么加入组织，他经历了什么等等。Alex为了得到Michael的情况侵入医务室的电脑被发现，Alex略施小计度过难关。最后，尼基塔为了救Michael的性命阻止了他刺杀Kasim的行动，但Michael并不理解，他们好不容易建立起来的感情毁于一旦...

Owen用U盘上传了刺杀智利前总统候选人的消息， 因此引发了智利的政治动乱。 Nikita决定帮助Owen前往智利但两人就是否为合作伙伴的问题产生了争执。 一名CPI工程师因发现DIVISION的线索并前往智利调查，但CPI把他当作替罪羊。因为owen用U盘泄漏的信息，柏西决定更新系统。 古怪工程师与birkhoff在更新系统以后被柏西杀害。 Alex躲在暗处看到了一切。但jordan堵住了她的出口，并在她房内翻出了“指纹”。Owen即将前往伦敦寻找另一个黑盒。

Percy命Alex外出作一次任务，作为她的毕业测试。令她去刺杀卡迪尔佐曼，Nikita想要帮助她完成这项任务。但是Birkhoff发现了组织系统漏洞--可以与外界聊天的工具，知道Nikita有内部人员做内应，于是Percy决定在执行这次任务时一石二鸟将Nikita也抓住。由于Alex不敢开枪杀人，Nikita前去营救她。两人一起逃到一个屋里，Nikita让Alex将自己抓起来，以便完成这次任务。Nikita被抓，Alex在准备救她布置炸弹时被Thom发现，两人扭打起来。在扭打时，Alex将Thom射杀。Nikita成功逃脱。Alex决定留下来，并嫁祸给Thom，令Percy相信内应是Thom。

Alex毕业后被植入新追踪器，Nikita发现新追踪器是装在大脑皮层之下并可以随时引爆。为解除追踪器，Nikita设计抓捕了Birkhoff，并逼他说出笔记本电脑密码，以便改变追踪器信号显示。 柏西带走了Birkhoff，帮助Nikita的CPI工程师因此而被降职。