Nikita认为Alex继续待在「组织」里会有危险，决定安排她离开。还未等两人将计划付诸实施，Alex接到命令与Jaden去海外执行一项任务：阻止某国总统的儿子贩卖新研发的神经毒气。和以往一样，Alex再次陷入生死危机，她必须做出一个重要决定－－挽救任务还是挽救她自己？最终她放弃了逃离计划，救出了jaden。

Nikita继续拦截存有「组织」机密信息的黑盒子，令Percy又恼又气。Percy命令Michael去宾夕法尼亚州某小镇核查其中一个黑盒子的安全性及负责保护黑盒子的「守护者」是否对「组织」忠诚。Nikita抢先来到该小镇，却惊讶地发现「守护者」只是一个叫Dana（Christina Moses）的普通女人－－她放弃了自己的职责，只想和丈夫孩子在一起过普通的生活。Michael受形势所迫不得不将Dana的情况汇报给Percy，Percy立刻调派大批杀手赶来「清理」Dana留下的一切痕迹。与此同时，Alex和Jaden再次发生争吵，Nathan也被卷入其中。

Michael在得知Percy决定命令组织去杀死任何能破解黑盒的人之后，他派出Nikita去拯救名单上的最后一个人，一个来自CIA的分析师 Malcolm. Nikita绑架了分析师，并把他带到了Ryan那里，而与此同时，Percy突然对Alex发动攻击。

一场针对美国的袭击即将来临，Ryan不得不以失去在CIA工作的风险，把Nikita从CIA的监禁中拯救出来，与此同时，Birkhoff同学打算弃暗投明离开组织，但是却在离开前指出Micheal是Nikita那一伙的，而Micheal则会在大结局中，被困在组织，这个无比危险的地方。