「我的名字叫尼基塔。」标题人物在开场白中对观众说，「六年前，我被政府的一个秘密机构带出监狱，他们将我训练成刺客。三年前，我逃走了。从那以后，他们一直在追杀我。我是第一个逃出来的人，但我敢保证，我绝不会是最后一个。」

Alex，一个来自底特律的年轻姑娘，将面临与尼基塔相同的命运。Alex参与了一起抢劫，但是行动出现了意外……当Alex醒来时，发现身边站着一个头发乱蓬蓬但是穿着一身西装的年轻男人。他自称「Michael」，是联邦政府的秘密雇员。Michael告诉Alex：「我们伪造了你的死亡，你以前的生活已经结束了。我们想给你一个全新的生活，但你必须全身心投入才行。」

漂亮的白人女孩，没有任何历史记录，没有背景，对谋杀有着特殊兴趣，对犯罪套路十分熟悉－－这样理想的间谍上哪去找？Alex根本就是个「完美杀手」。

于是，Alex的「新生活」就这样开始了。她加盟了一个秘密间谍机构－－没有人知道它的真实底细，只知道它的绰号叫「组织」。Alex与英俊、和善但是极度认真的Thom（Ashton Holmes扮演）很快成了好朋友，共同分享作为「间谍新人」的快乐与烦恼。但Alex与另一位新人Jaden（Tiffany Hines扮演）怎么也谈不来。Jaden似乎对「间谍」这个身份异常兴奋，渴望能尽早执行外勤任务，为她的祖国去杀人。资深间谍Amanda（Melinda Clarke扮演）专门负责训练Alex「利用女性的种种优点来诱敌上钩」，Alex对这位大姐姐很有好感。 与此同时，尼基塔正一步一步实施她的计划：她与曾经虐待她的养父见了一面，还公开参加已故未婚夫Daniel的葬礼（尼基塔将自己的真实身份告诉Daniel后，「组织」派人暗杀了Daniel）。她这么做的目的只有一个：让「组织」明白她已经回来了

「组织」的现任主管Percy（Xander Berkeley扮演）是一个名副其实的铁面人，不苟言笑，凡事都追求「干净」、「彻底」、「不留痕迹」。他此刻正忙于策划代号为「黑箭」的绝密刺杀行动（刺杀一名即将赴联合国演讲的非洲将军），根本无暇顾及尼基塔的步步紧逼。令所有人都没有料到的是，尼基塔不仅插手此次行动，而且面对面地警告Percy和Michael（尼基塔曾和Michael相爱）：她对「组织」的内幕了如指掌，她将不惜一切代价阻止「组织」、毁灭「组织」。

Percy(Xander Berkeley饰)和Michael（Shane West饰）接受了他们最新的任务——对一位因为战争犯罪而被通缉的斯拉夫领导人进行保护。Nikita(Maggie Q饰)从他们的机密中心得知这一消息，试图要破坏他们的计划。但是一个唯利是图的神秘组织为了寻求核原料，比她捷足先登了。Alex(Lyndsy Fonseca饰)比预期的成长更快，她接受了一个特殊的任务，这使她要经历一场枪林弹雨。此外，剧中用倒叙的手法回顾了Nikita生命中非常重要的一刻。

自由记者Jill Morelli（Julie Gonzalo扮演）从一名大学生那里得到情报，称一家排名世界五百强的航空公司利用民航客机从哥伦比亚偷运毒品到美国。飞机不幸坠毁，他们派人迅速将毒品转移，然而这一切让一个躲在暗处的大学生摄录了下来。这名大学生愿意将手里的录像交给Jill，但Jill必须为此支付5万美元。航空公司得知此事后，立刻请求「组织」出面「封口」。

「组织」派人暗杀了与Jill接头的杂志社总编，诬陷Jill为杀人凶手，并将其绑架。Alex发现这一情况后及时通报Nikita，Nikita出手解救了Jill。为了揭发这一阴谋，Nikita鼓励Jill继续与那名大学生接头，并将她得到的录像上传到互联网上。然而「组织」也找到了那名大学生的住处，派人上门暗杀。Jill主动向闻讯赶来的警察投降，「组织」的人眼睁睁看着Jill被警察带走却又无可奈何。另一方面，Michael与Nikita再次交手，但他们都不想置对方于死地。

与此同时，Percy和Amanda发现了Nikita藏在Birkhoff牙齿内的微型窃听器。少了这道屏障，Alex今后向外发送情报更加困难了。但Alex也逐渐赢得了Michael的信任（她假意帮助Michael追查到了Jill和Nikita的下落）。

Jill向警方揭发了航空公司的秘密，警方逮捕了这家公司的CEO。「组织」见无力继续控制局势，只有承认任务失败。Nikita再次找到Jill，称今后如有需要可能会找她帮忙。

尼基塔（Maggie Q）开始深入调查过去某次她假扮为一个颇有影响力的政府官员的保姆事件，准备为他的死亡伸张正义。在这期间，Michael（Shane West）参与了尼基塔的救援行动，并开始怀疑Percy（Xander Berkeley）的动机。而在基地里，基本训练期间Alex的惊恐症发作，这提示了Amanda使其帮助她战胜了幽闭恐惧症。

「组织」特工Owen在一起银行劫案中逃脱并成为通缉犯，「组织」的秘密面临全面曝光的危险。Percy决定亲自搜寻Owen的下落，但Michael怀疑他另有企图。Nikita和Owen发生激战，后来Percy亦加入战团。Alex偷偷溜进Percy的办公室给Nikita发警告信息，却被Thom逮了个正着。Thom并没有告发Alex，而是对她表达了爱意。

Nikita发现是谁杀了她的未婚夫， Division的新人们坐一辆巴士的时候被袭击，Alex和Thom被绑架，可是他们不知道这是Division给他们的测验。Percy，Michael、和Amanda看著Alex被虐待（酷刑）。Alex逃了出去然后联系Nikita。在这期间，Nikita赢得了Owen（Devon Sawa）的信任，然后他告诉Nikita关於她的未婚夫的惊人消息。