一次拾粮在药田工作时，无意看见张药师藏在腰间的匕首。他将这个发现告诉了仇家远，仇家远为了查出藏在水家大院的神秘黑衣人，故意设下陷阱，谁料本来十拿九稳的计划，却被自以为是的水家父女给破坏了。日军开始围攻凉州城，疙瘩五的游击队积极响应联合抗战，而曾子航企图借刀杀人，设计让冯传五化装成日军前去偷袭疙瘩五的游击队。一场大战迫在眉睫。

就在双方剑拔弩张的时候，真正的日军特别行动队出现在青龙峡。危难关头，在水二爷的劝导下，双方冰释前嫌，共同携手痛击来犯的日军。

水家大院这一战，让潜藏在水家大院的人物全部露出了庐山真面目。原来张药师就是疙瘩五，而曹药师的真实身份是日本特务，就在仇家远准备进一步审问曹药师的时候，却发现他被人残忍地杀死在地窖里。

一天，仇家远用枪把拾粮带到大家面前宣布：拾粮因个人义气杀了曹药师，正当仇家远准备要将拾粮就地正法时，真正杀死曹药师的人，在水家待了20多年的管家——老撅头主动站出来。

老撅头言明自己是因为女儿被日本人挟持，所以才会助纣为虐帮曹药师这个混蛋，满心羞愧的老撅头说完一切，自杀身亡。经历了大院锄奸后，水英英对拾粮的态度慢慢起了变化，而拾粮也改变了对水英英最初的看法。两个人的感情起了微妙的变化。

一天深夜，滴滴嗒嗒的神秘声音在院子中响起。仇家远猛然惊觉，这是电台发报的声音。而这电台的讯号也被凉州城内的国军以及日本特务的侦听人员听到了。失去军权的冯传五四处招惹是非。

曾子航告诉司徒雪儿，他纵容冯传五实际另有目的。此时，大批日军集结在凉州城周围，日本的特务也渗透到城里。国民党军统特派员在凉州城内被日本特务刺杀。

深夜，神秘的黑影又在水家大院里出没，狗发现窗外的黑影一阵乱喊，揪住后竟然发现那是水二爷。仇家远怀疑吴嫂是日本特务，让拾粮盯梢寻找证据。

曾子航从司徒雪儿处得知城防图被盗，决定借此机会把隐藏在凉外I城的毒蛇找出。日本特务让冯传五协助日军攻打凉州城，完成日军代号“木马屠城”的计划。曾子航将计就计展开行动，让冯传五混入了日本特务中。

水二爷带全家进城，日本特务劫持了吴嫂。水二爷一行人歪打正着闯入了日本特务的大本营，一伙“帝国精英”被全部围歼在公馆。

吴嫂获救有惊无险，一切真相大白，原来冯传五和曾子航演了一出苦肉计，目的就是为了引出潜伏在凉州城的日本特务。而吴嫂手中的电台是日本特务曹药师留下来的。青龙峡了恢复往日的平静，正当众人心情欢畅准备收割药材的时候，一行不速之客打破了这份喜悦。