陈真打败大桥，香儿已不辞而别。渡边下令通缉陈真，并查封精武会。陈真怀着愧疚之心离开上海，去找香儿。元甲、格格回到上海才知发生这么多事，可祸不单行，英国拳王暴死嫁祸元甲令元甲入狱。铁头等人为救元甲也都入狱，美娘怀孕在身，一个人在家，紫石前来忏悔拜祭死者，美娘一时心软让紫石踏进家门，哪料紫石露出凶恶面目，杀害美娘，革命党名册也落在紫石之手。为救元甲，格格含泪答应嫁给渡边......

惨变震惊农家兄妹，名册的失踪更令静秋心急如焚。野风怀疑紫石是凶手，但试探之下确定紫石不可能杀美娘，被紫石骗过。元甲出狱，渡边与格格在教堂举行婚礼。元甲患病，新来的厨师阿荣煎药时暗中下毒。劲荪因为美娘之死而一蹶不振，静秋暗自伤心。元甲决定回乡下养病之前想看格格一面，不料炉火焚身的渡边却要挑战元甲......

劲荪从美娘的信中确信紫石是凶手，要杀紫石，被静秋打晕。静秋扮成日本艺妓挟持紫石，准备要回名册，最后却死在紫石枪下。紫石害怕野风报复，匆匆乘马车逃离上海。野风途中伏击，将紫石炸死。荣亲王开始疯狂杀害革命党人，上海一片腥风血雨。元甲和劲荪也遭朝廷追杀，劲荪认清武功的重要性，也拜陈真为师，开始练习武功。陈真终于找到香儿，但日本的忍者并未放弃对陈真的追杀。

元甲率精武弟子劫牢救出革命党领袖黄兴的特使，荣亲王逃回北京。令人吃惊的是，紫石竟然还活着！在紫石的挑动下，渡边终于向元甲下了战书。元甲内伤更甚，但还是接受了渡边的挑战。中日决战，元甲大发神威，击败渡边。渡边剖腹，格格重回修道院。陈真赶回精武门，元甲已逝。陈真不相信元甲会死，终于查出乃阿荣下毒害死元甲。陈真为师父报仇杀了阿荣，一代大侠元甲永远铭记国人心中。

元甲看到牢房下水管道，抱着一死求生的希望，掰下两块木屑，刻上自己名字投入下水。在地下加紧施工的振声，不小心将水管挖断，一阵围堵，却未看到恰巧流出的元甲木块。 地道挖成，元武、陈真、倩男第一次潜入地下室未找到元甲，回逃时，倩男脚下一绊摔到，却正好看到元甲刻上自己名字的木块。几人调整方向，顺着下水管道，终于将元甲救出。龙海生和贝加尔得知元甲被救，暴怒。王熙文则命秀芝趁俄国人忙乱 掩盖此事的机会，抓紧搜集情报。 精武门众人看到元甲浑身伤痕、憔悴不堪的样子心疼不已，元甲忽然激动甚至不清，被元武击昏，倩男看出元甲可能俄国人逼迫吸食了鸦片。陈真欲找俄国人算帐被拦下，倩男拜托云姐照顾元甲，帮元甲戒烟。王云看到元甲难以忍受的样子，又误解了倩男的意思，偷偷给他买了烟枪和鸦片。 元甲精神迅速恢复，众人都为元甲戒除烟瘾高兴，只有王云不语，陈真不信。陈真因秀芝的事情，整日喝闷酒，烂醉如泥。 秀芝来看望霍元甲并带来药材，被陈真拦在门外。振声劝陈真有些事情不做会后悔，陈真追出却找不到秀芝，又买了两坛酒河边独饮。晚上回来，被振声骂醒，得知秀芝又送回了药材，告知众人勿动，准备告诉师傅秀芝和王熙文的底细，不顾振声、大安拦阻冲入元甲房内，却发现元甲正在吸食大烟。大家震住。 陈真对元甲一番厉言，令元甲羞愧，摔碎烟枪，发誓再也不抽。众人决定帮元甲戒烟，王云把照顾元甲的重任交给了倩男。陈真因秀芝、师傅，更加在外买醉。

倩男和元甲被关入了一间单独的房间，封闭戒烟。 秀芝把醉倒街上的陈真救入一个破灭，却难以按王熙文要求动手杀他。陈真醒来，向秀芝表白，劝秀芝私奔。王熙文看到秀芝身上的稻草，知道秀芝说谎，陈真也正找上门，要见秀芝。此时宫本的师兄伊藤出现，讽刺王熙文对女人打骂无用，要霸占身体，王熙文说起秀芝还未到年龄。王熙文把陈真请入，明明白白告诉他自己日本人的身份，将陈真骗进地下暗室。几名忍者出现，与陈真纠斗，秀芝将陈真救走。二人出逃到山上。 伊藤到精武门向霍元甲挑战，精武门众人均被他打翻。元武不希望伊藤之事打扰元甲戒烟，让众人隐瞒，并决定自己出战。 元甲状况越来越好，元武出战之前，看望元甲，告诉元甲要将霍家拳发扬光大，给国人正气。不明大哥背后之意的元甲，点头答应。 元武悲壮赴战，结果被连头皮揪去发辫，惨死伊藤手下。临终遗言，此仇是国仇，要元甲戒烟成功后必报。伊藤以元武辫子祭拜，发誓一定会杀死霍元甲。 陈真从山上回来看到大师伯灵位，震惊。找到伊藤处报仇，却完全不是对手。 忽然消失的秀芝原来是被王熙文迷晕绑回，并被逼按组织规矩由直管组长王熙文实行破瓜开刃之事。秀芝满脸泪痕靠到王熙文身上，心中绝望。