阿衡之死令黄药师伤心欲绝，遂决定与阿衡一同离开桃花岛，周伯通见状，笑谑黄药师与阿衡一同寻死，更说出郭靖早已背熟九阴真经，黄药师闻言大怒。原来黄药师发誓，凡懂九阴真经者死，因而往杀郭靖，郭靖不知情，大感莫名其妙，后周伯通将经书撕毁，终冰释干戈，但黄药师不许黄蓉跟随郭靖等人离开桃花岛。黄蓉思念郭靖，遂毅然向黄药师辞行，却见黄药师与阿衡同在冰牢内，黄药师已一头白发，而母亲已死去，大惊之下，追问因由，黄药师向她明言一切。原来十多年前，东邪、西毒、南帝、北丐、中神通为夺九阴真经，在华山论剑，结果真经落在中神通王重阳手中，多年后，重阳知寿缘已尽，恐真经落在坏人手中，命师弟周伯通将真经上、下册分别收藏，伯通选择桃花岛为藏经之地，药师甚想得到经书，遂与伯通打赌，使阿衡得以背诵经文，然后诈称经书乃伪本，伯通信以为真，将经书焚毁，而阿衡则为黄药师将经文默出，岂料经书被梅超风、陈玄风偷去，黄药师恳求阿衡再之背写，但阿衡苦思亦不能将全部经文背出，更因辛劳过度，终于产下女儿后死去，药师便为阿衡建造冰牢，十多年来为之搜罗天下奇药医治，可惜仍是徒劳无功。