一灯大师舍身医好了蓉儿的病，体力耗尽，在五年之内功力全无。黄蓉和郭靖感激万分，拿出桃花岛的九花玉露丸给大师服用，不料这丸药被瑛姑调包，一灯大师服用的乃是瑛姑自制的毒药，渔樵耕读四人以为黄蓉有意加害大打出手，却没料到黄蓉支撑着虚弱之身跪在大师面前。原来西毒一直想要加害大师，一旦大师功力减退，世上就无人再是西毒的对手。瑛姑与一灯仇深似海，她趁此良机也来找一灯报仇，黄蓉决心说服瑛姑了去恩怨，但一灯大师把当年结怨的过程娓娓道来，黄蓉才知其中蹊跷。瑛姑一路畅通来到大殿，却看到一灯大师敞开心胸等她来刺，瑛姑不知如何下手，精神失常。黄蓉与郭靖下山却正巧碰上了穆念慈，穆念慈让他们小心哑船公，哑船公乃是铁掌帮的高手。

那假哑梢公一路想加害郭黄二人，无奈黄蓉十分警觉而不得下手。黄蓉念及两人厮守之日无多，一心要在相聚的日子多留些回忆，故明知此去是落入陷阱仍执意冒险。两人不料竟是落入裘千仞之手，一场恶斗之际，黄蓉无意间救下被裘千仍捉来的瑛姑。混战中，瑛姑认出裘的笑声，与之以死相搏，险象环生。郭黄乘双雕救瑛姑脱险。黄蓉嬉笑胡闹尽是因珍惜两人相处的日子，令郭靖大为感动，决意不再顾及蒙古之盟约，誓与黄蓉相伴终生。他们听见老顽童有难赶去相助，不想一举救下被彭连虎五人困住的洪七公，老顽童与柯镇恶。柯镇恶一"见"黄蓉便痛下杀手，郭靖大惊之下失手打伤师父，柯镇恶命郭靖提黄药师父女人头来见，郭靖难遵师命，柯镇恶狂怒而去。郭靖教洪七公以《九阴真经》的心法治好内伤。黄蓉记挂父亲，与郭靖同返桃花岛。两人怎么也没想到岛上竟是江南五怪惨死之地，且所有的痕迹都将凶手指向黄药师。郭靖悲愤难当，弃黄蓉独自离开桃花岛，黄蓉百口莫辩，伤心欲绝。

八月十四，各路人马齐聚烟雨楼。丘处机向郭靖忆及当年与七怪的旧谊却惊闻五怪已死。黄药师突然在此现身，立时成为众矢之的。郭靖率先动手，全真教众听信谣言，以为周伯通已死于黄药师之手，与之缠斗不休，柯镇恶到来，与全真教合力对付黄药师。黄药师身受奇冤却不屑解释，大破天罡北斗阵。郭靖虽恨极黄药师却不愿是非不明，向全真教说明周伯通未死。郭靖怒陈黄药师杀害五怪，黄药师大奇却并不否认。黄蓉赶到，要父亲不可乱认此帐。此时杨康，完颜洪烈勾结欧阳锋，裘千仞早已设下毒计环伺在旁，专等这些江湖人物两败俱伤之后，再悉数歼灭。碍于洪七公出面，虽有欧阳锋挑拨煽动，众人仍暂停争斗。黄药师既傲然承认，黄蓉要郭靖相信父亲决非元凶已是不能。第二天，欧阳锋率先发难，混战之中，黄蓉仍全力相助郭靖，保护柯镇恶。西毒祭出蛇阵，危急之际，反是柯镇恶眼瞎心明领众人走出密林迷雾。黄药师感柯救命之恩欲说明真相，柯却大骂离去。黄蓉欲寻郭靖却再次救下被金兵围攻的柯镇恶。