阿衡之死令黄药师伤心欲绝，遂决定与阿衡一同离开桃花岛，周伯通见状，笑谑黄药师与阿衡一同寻死，更说出郭靖早已背熟九阴真经，黄药师闻言大怒。原来黄药师发誓，凡懂九阴真经者死，因而往杀郭靖，郭靖不知情，大感莫名其妙，后周伯通将经书撕毁，终冰释干戈，但黄药师不许黄蓉跟随郭靖等人离开桃花岛。黄蓉思念郭靖，遂毅然向黄药师辞行，却见黄药师与阿衡同在冰牢内，黄药师已一头白发，而母亲已死去，大惊之下，追问因由，黄药师向她明言一切。原来十多年前，东邪、西毒、南帝、北丐、中神通为夺九阴真经，在华山论剑，结果真经落在中神通王重阳手中，多年后，重阳知寿缘已尽，恐真经落在坏人手中，命师弟周伯通将真经上、下册分别收藏，伯通选择桃花岛为藏经之地，药师甚想得到经书，遂与伯通打赌，使阿衡得以背诵经文，然后诈称经书乃伪本，伯通信以为真，将经书焚毁，而阿衡则为黄药师将经文默出，岂料经书被梅超风、陈玄风偷去，黄药师恳求阿衡再之背写，但阿衡苦思亦不能将全部经文背出，更因辛劳过度，终于产下女儿后死去，药师便为阿衡建造冰牢，十多年来为之搜罗天下奇药医治，可惜仍是徒劳无功。

七公、伯通与郭靖乘药师所造之船离开桃花岛，岂料船本为药师用作与阿衡合葬之用，船身只用浆糊并合，三人不知情，船离岸后，海水迅即涌入船中，船不久沉没，此时欧阳锋与欧阳克之船经过，欧阳锋为得经书，将三人救上船。欧阳锋哄骗伯通背诵经文，伯通不肯，跳入海中，欧阳锋唯有转移对付郭靖。欧阳锋知悉七公好美食，遂以美肴诱之，七公果然中计，身中剧毒，欧阳锋乘机要挟郭靖，郭靖假作应承，将经文改写，然后交给欧阳锋，欧阳锋见经书已得，遂悄悄在船上放火，欲乘小艇离去，岂料事为七公与郭靖知悉，早到小艇一步，欧阳克见状忙跳进艇中，七公随即驾艇离去，但欧阳锋仍在船上，七公眼见大船火光熊熊，心中不忍，掉头往救他，但欧阳锋狼心狗肺，竟恩将仇报袭击七公，郭靖见七公受伤，忙加掩护，岂料不慎与欧阳锋同跌进火海，生死未卜。

欧阳克与七公飘流至一荒岛，却见黄蓉晕倒石滩，原来黄蓉为找寻郭靖，在海上遇暴风雨，飘流至此。七公身受重伤，欧阳克趁机欲将黄蓉污辱，幸七公假作武功未失，欧阳克才不敢再对黄蓉无礼。

七公因剧毒未除，又因被西毒重击一掌，武功一时难以复原，恐不能再保护黄蓉，遂劝黄蓉及早离开荒岛，但小艇不知所踪，黄蓉无法离去。七公自知不久人世，遂立黄蓉为丐帮帮主，并传授打狗棒法。黄蓉引欧阳克至一山崖，将大石推下。欧阳克被大石压伤，痛极晕倒，此时郭靖与欧阳锋同时到达荒岛，欧阳锋见侄儿境况，即要挟黄蓉等人救他。黄药师到处访寻女儿踪影，在望江楼遇上周伯通，两人追逐至悬崖，伯通戏称黄蓉已葬身大海，黄药师信以为真，悲恸不已，耸身跳下山崖。黄蓉等人将大石推开后，欧阳克双足已残废，痛苦难当，七公等人恐防西毒再来加害，遂合力做木筏准备返回中原，但木筏被西毒偷去。欧阳克为报伤足之恨，着杨康替其报仇，杨康遂在沿海一带监视七公等人踪影，不久果见七公三人乘木筏而来，于是放置大炮欲将三人炸死，岂料周伯通突出现，将炮口指向杨康等人，七公等幸免于难。

周伯通将欧阳克擒获交给黄蓉等人。七公剧毒未除，须往长白山采千年人参医治，而欧阳锋为医治侄儿双足，亦兼程往长白山。梅超风负伤来到念慈所居村中，念慈对她深恶痛绝，欲趁她受伤将之杀死，但见超风替怀中小孩包扎伤处，感她仍有良知，遂将她扶返家中疗伤，超风被念慈感动，深悔从前所作一切。梅超风功力恢复，强要念慈一同往找杨康，适杨康与西毒等人从长白山赶返，欧阳锋知梅超风到来找欧阳克寻仇，遂将她擒住，并逼背诵九阴真经经文，方知被郭靖所骗。一方面，完颜洪烈误会念慈到来将之弒杀，遂命人将她捆绑，杨康见状以死求完颜洪烈释放念慈，但念慈对杨康爱恨交织，不肯接受他之好意。

杨康深爱念慈，但念慈声言恩断义绝，而完颜洪烈亦反对二人婚事，杨康为娶得念慈，向完颜洪烈诈称抛弃皇宫生活，望与念慈双宿双栖，洪烈只好任由杨康自作主张，但不许他带念慈返燕京。翌日，杨康即带同媒人到来迎娶念慈，念慈仿如置身梦境，不禁喜极而泣。欧阳锋错练九阴真经，以致神智错乱，脾性越坏，多次滥杀无辜，洪烈感不满，欧阳克无奈带之返白驼山休养。黄蓉、郭靖到处访寻七公与周伯通下落，闻得逍遥馆裘千仞能知天下事，遂往打听消息，但裘千仞原是裘千丈假扮，要二人教以独门武功作为报酬，二人为找七公心切，无奈应允。

黄蓉、郭靖对于裘千丈的奇门异术甚感怀疑，遂千方百计破坏逍遥馆内机关，始发觉裘千丈原非武功高强之人，只是馆内人等串谋欺骗武林人士。此时，适值杨康为调查武穆遗书下落，到逍遥馆请裘千丈相助，方知黄蓉、郭靖亦在馆内，遂带同欧阳锋等人到馆内追杀二人，两人敌不过欧阳锋，正身陷险境，幸念慈知悉此事，假扮黑衣人将杨康打伤，救两人脱险。杨康知是念慈救走郭靖、黄蓉，将念慈掌掴，但事后颇感内疚，答应念慈不再追杀二人。黄蓉、郭靖避居破庙，原来周伯通与七公亦在庙内疗伤，伯通带上假面谱恫吓二人，令黄蓉甚为气结，与伯通赌气，互不瞅睬。七公一直欲吃得皇宫珍馐百味，黄蓉为使七公心愿能偿，遂与各人一同上路往皇宫；行至牛家村一破落酒帘外，屡被区姑戏弄，黄蓉发觉区姑谙桃花岛武功，甚感疑惑。黄蓉在酒帘柜内发现一神秘洞穴，遂与郭靖等进内查探，赫然见师兄曲灵风等数人伏尸一铁箱上，令各人更感扑朔迷离。