舒立凡怒斥吴明泰没有资格将学生推向抗日战场，然而，吴明泰的驳斥却令他哑口无言。校园内锣鼓喧天，吴明泰含泪送走儿子吴纪鸣，回到家中却猛然见到父亲手捧腊梅的遗像咆哮痛哭。原来，医疗队在抗日前线遭日军伏击，腊梅为了掩护父亲，不幸中弹滚落山崖。吴明泰流淌着泪水凝望着腊梅的遗像，心中充满悲伤……而远在另一战场的黄森从报纸上看到腊梅捐躯的消息，老泪纵横、悲痛万分，竟拍着桌子把这笔帐又记在了吴明泰身上……  

重庆，舒立娟费尽周折，终于查出张琴居然还活着，更加惊喜的是这位知名化学家并没有变节，舒立娟断然决定，亲自前往“516基地”营救张琴，并获取吴明泰急需的日军化学秘密资料，苏从恩指派的助手正是周明生。   

日军化学武器的实验已进行到关键环节，然而，一旦日军掌控了分子式数据，合成的化学武器给人类将带来毁灭性灾难，焦急万分的张琴恨不得飞出魔窟，但在戒备森严的日军面前却一筹莫展。

周明生与军统接头，万万没想到来人竟是“已死去”的黄腊梅。终于，他俩潜入基地获取了张琴的情报。

吴明泰震惊的看着化学分子式，毅然动员美军出动轰炸机，摧毁“516基地”。“魔窟”的上空炸弹倾盆而下，中川洋子藏身于火海中，日军精心策划的A计划彻底失败。

舒立凡摇身一变，竟然成为“北平清查文化汉奸”的头号人物，谁料，未逃离的日本特务金学恭却出现在他面前，狡猾的金学恭急需金钱逃往香港，而恶毒的舒立凡却把清查目标指向吴明泰。恰在此时，刚刚把弟弟吴明安送去自首的吴明泰为取回隐藏的书籍而奔向慕田峪，谁料，当他们赶到山洞时，竟发现许多日军尸体。原来，这里是日军的军火库，庆幸的是所藏的书籍未被发现。

吴明泰埋葬了这些官兵，然而，这一举动却在舒立凡的煽动下震撼了北平、南京。担任北平警备司令的黄森火速赶回北平，舒立凡借机发挥，谎称山美惠子是被吴明泰杀害，又将一张吴明泰与山美惠子的照片摆在了桌前，“证据确凿，立即抓捕，”黄森下达了命令。

慕田峪，被军统除名而被黄森提任侦缉处长的丁青山率兵收缴了日军留下的武器装备，谁料，枪支弹药被强行拉走之后，他却下令连同京华大学的藏书一并运回，尚文井怒喊着上前阻拦却被丁青山推倒一旁，危急时刻，一队宪兵飞驰赶来，一支支枪口对准了山洞。吉普车上，胡思良将军大步走来，站在丁青山面前……

丁青山吼叫着冲出洞口，用枪对准了胡思良，宪兵团长齐远轻轻抬起手，宪兵的所有武器对准了丁青山的部队，顿时两军对垒，一触即发。胡思良瞪圆了眼睛，“胆敢抵抗宪兵者，一律就地正法！”齐远冲上去，宪兵们狠狠地把丁青山捆了起来……。

京华的藏书终于回到学人手中，然而这一切，更增加了黄森心中的仇恨，在他的授意下，受审的吴明泰承受着煎熬与折磨……  

柳剑白和学人们为吴明泰的安危而焦急，学生们得知校长被捕更是无比激愤，北平特别军政总署门前，站满了要求释放吴明泰的师生。

消息传来，南京震惊，急令特使赶赴北平平定事端，当黄森等人匆匆来到机场迎接时，却呆呆地望着，特使竟然是舒立娟。

北平，警备司令部卫兵森严，舒立娟审视着每一个军官的答话，猛然，她拍案而起，下令把对吴明泰进行“审讯”的军官送上军事法庭。然而，当胡思良见到遍体鳞伤的吴明泰时，内心却流淌着泪水……   

吴家，吴文举焦急万分，儿子被黄森陷害，而南京的“特使”又是与吴家世代冤仇、被赶出家门的舒立娟。然而，当他惊喜地走出房时，见到的却是已躺在“特使”怀中熟睡的儿子吴明泰…… 吴明泰获救，谁料，当他和学人们走进久别的办公室时，等待他的却是舒立凡带领警方对弟弟吴明安死刑的宣判……

深夜，吴文举的房门被推开，吴明泰含泪告诉父亲吴明安的判决是极刑，吴文举老泪纵横，悲痛而去。而张琴却声泪俱下，请求哥哥替吴明安最后向委员长求一次情，因为委员长手中掌有豁免权。望着挥泪离去的张琴，吴明泰猛然拿起笔写下请令信，然而，当厚厚的信件写完的时候，却被撕得粉碎，他的心再次坚定起来……   

黄森故意抓住“日军军火遗失案”不放，事件直接惊动了委员长，丁青山受黄森指使，向苏从恩报告，自己是被屈打成招，而且，吴明泰的女儿是八路军，军火恰恰是被送往八路军处。苏从恩在震惊中大骂丁青山，舒立娟赶来痛斥黄森。谁料，黄森竟向“特使”动了粗话，愤怒的舒立娟拔出枪，对准黄森，苏从恩却下令缴械黄森的枪……   

刑场上，吴明安终于道出担任日伪校长的原由，伴随着处决的枪声，吴明泰淌出泪水，跪倒在地上。

然而，他万万没有料到，刑场上这一幕却被舒立凡作为“汉奸”的罪状，告到苏从恩办公室，吴明泰忍无可忍，怒斥舒立凡，而苏从恩却悄悄提醒他舒立娟也在担心吴家的“通共”行为……  京华校园，图书馆被驻军强占，慕田峪夺回的珍贵书籍竟被日晒雨淋，解决驻军的撤离，只有北平教育局才有权利。   

吴明泰只身前往，谁料，当他推开教育局长办公室房门时却惊呆了，眼前的局长竟然是舒立凡……

教育局长的办公室，传来激烈的争吵声，舒立凡表白教育局无权调动军方，却又斥责吴明泰，学校发生任何事情校长承担全责。吴明泰怒指着舒立凡愤然离去，他决心，无论付出多少艰难，军火库必须立即撤离学校。然而，当他再次闯到军营时，却意外的发现这批武器弹药竟然是慕田峪山洞日军遗失的军火……

光复的北平仍不太平，舒立凡刚刚走进家门，却闪进了金学恭，他来索取钱财秘密逃往香港，谁料，当舒立凡“慷慨”地把金条捧给他后，却在出城的路上，结束了金学恭的性命。

黄森接到报告，丁青山抓到杀人凶手舒立凡并指正他是汉奸，黄森拍案而起，决定立即提审，他那里想到舒立凡会供认不讳，在全部招认了罪行之后，竟斥责着黄森同样无法逃脱干系。

终于，黄森低下了头，然而，更令他胆颤心惊的是，丁青山隐藏军火的秘密被吴明泰发现，共同的利益使这些恶毒的心灵相融，一场陷害吴明泰的阴谋，悄悄的开始了……

南京，苏从恩指令胡思良保护吴明泰的安全，而舒丽娟办公室却走进了黄腊梅，昔日的情敌、今日的姐妹，她俩决定为吴明泰洗清罪名，已把吴明泰托付给舒丽娟的腊梅，毅然赶回北平，实施秘密行动，当她回到家中时，黄森却被眼前的女儿震惊了……