面对胡克等人的追杀，枪法过人的邢亚萍毫不畏惧，且战且退的她与杀手们展开巷战并杀的对方落花流水，但是寡不敌众的她还是渐渐被胡克逼进了绝路。

危急时刻，凯文出现与她并肩作战，几乎弹尽粮绝的胡克抵挡不住两人的攻势，逃进了死胡同，老奸巨猾的他用自己的风衣做诱饵，对邢亚萍打出了最后一发子弹，为了保护自己心爱的人，凯文用自己的身体替邢亚萍挡住了这一枪，死在了她的怀中。愤恨欲狂的邢亚萍一路追杀胡克欲替凯文报仇，却发现被引入了窦小凡的圈套之中，走投无路的她不顾刚刚赶到的梁飞的劝阻，同意将文件交给窦小凡以换取对董鹏的复仇。就在窦小凡放松警惕上前来收取文件的一刹那，邢亚萍掏出藏匿的手枪连开数枪将窦小凡打倒在地。自己也倒在了日本人的枪口之下。

然而穿了防弹衣的窦小凡却逃过一劫，并将文件交给胡克让他带回军部。眼见邢亚萍香消玉殒的梁飞怒不可遏，驾车追撞胡克，两人都受了重伤，欲取梁飞性命的胡克最终死在了及时赶到的陈彩霞的枪下，头部遭受重创的梁飞被刘景怡等人送到了刘南山的秘密医院进行抢救，经过一番努力，刘南山虽然保住了他的性命，却告诉了刘景怡等人梁飞可能永远昏迷的现实…

昏迷不醒的梁飞被武工队秘密运回驻地养伤，刘景怡，陈彩霞，黑子，石队长用尽了一切办法，仍然无法唤醒沉睡的他。认为梁飞已死的窦小凡喜出望外，没有了心头大患的她开始不顾一切的进行座敷计划，甚至不惜毒杀个别孩童来达到宣传瘟疫，强行抢夺孩童的目的。

没有了梁飞的武工队在刘景怡和石队长的带领下打出了人人皆梁飞的旗号，浴血奋战与日本人抢夺孩子。然而面对来势汹汹的日军部队，以及窦小凡心狠手辣的狡诈策略，武工队还是无法阻止窦小凡慢慢集齐三百名孩童的计划。

无法找到窦小凡藏匿孩子地点的武工队束手无策，梁飞弟弟天成为了查清藏匿地点，留下字条后自己偷偷混入了三百名孩童中。却发现窦小凡为了防止孩子被抢，给他们全部注射了生化病毒…

面对越来越不利的形势，武工队仍然使出浑身解数来一再延缓窦小凡的计划。在一片绝望的气氛中，昏迷的梁飞却梦见了自己的亲人，战友，心爱的人，以及宿命中的对手，为了完成未尽的事业，梁飞终于在最危难的时刻苏醒过来。刘景怡将邢亚萍的遗书交给了梁飞，原来，邢亚萍交给窦小凡的文件是假的，他只是希望利用机会替梁飞除掉窦小凡，即使牺牲自己的生命，只为了她心爱的人。

一片真情令梁飞唏嘘不已。机智的天成用自己偷偷带着的信鸽像武工队通报了孩子的藏匿地点以及被注射病毒的情况。碍于无法解毒的武工队投鼠忌器，无法进行营救。就在这时，与丁玉山鏖战已久的山田司令回到了济南，并下令窦小凡督导决战用的军火。得知消息的梁飞决定用袭击军火库的方法来声东击西，由于窦小凡的注意力都在座敷计划上，梁飞，黑子和陈彩霞带领部分武工队员轻松地占领了军火库，并与急忙赶来的窦小凡与川井打起了太极拳拖延时间。

与此同时，刘景怡与石队长攻入了日军医院抢到了治疗病毒的血清。由于军火关系到山田与丁军长决战的胜败，窦小凡不敢妄动，被梁飞当做人质一同离开了军火库。

顺利逃离的梁飞狠狠地戏弄了窦小凡，就在窦小凡以为军火保住了的时候，运往前线的日军军火列车却被炸上了天，原来梁飞早已将定时炸弹混在了军火当中。遭此大败的情报处长川井剖腹自尽。无奈的窦小凡只能全力完成座敷计划。

料到窦小凡即将运送孩子去日本的梁飞通过放烟的方法制造了大量的雾气。埋伏在必经之路上的梁飞，刘景怡，陈彩霞，石队长与黑子带领着武工队员们趁着迷雾救出了所有的孩子，随后对窦小凡的车队发动了猛攻，混战中，石队长不幸牺牲，愤怒的黑子与陈彩霞将日军杀的落花流水，而梁飞与刘景怡则对逃跑的窦小凡展开追击。追上了窦小凡座车的两人发现窦小凡不见踪影，却有一个小女孩绑着定时炸弹坐在车里。

在梁飞忙于拆弹的时候，浑身绑着炸弹的窦小凡悄无声息地出现在两人身后，打伤并挟持了刘景怡。经过一番斗智斗勇，梁飞最终对窦小凡打出了致命的一枪，恶贯满盈的窦小凡不甘心失败，引爆了身上的炸弹希望与梁飞同归于尽，为了保护刘景怡，梁飞再次身负重伤被送往延安救治。数月后一个神秘的特派员出现在了已经是济南武工队政委的刘景怡面前…(大结局)