杨灿告诉林指山，这次去参加厉剑峰的婚礼，什么都没问到，还和他们吵了一架。林指山说，没想到特战队真把你当外人了。晓波为和杨灿决裂伤心，他不明白为什么二十年的友谊，变成这个样子。杨灿知道他们房间有监听，用手机打字告诉诗文，他担心她没经过训练，参与卧底行动很危险，诗文却坚持要和他在一起。

会长给火狐送来私密武器，一个和那敏长得一样的女人，拥有价值二十五万美元的脸。林指山看到那敏的替身，也吃了一惊，他知道是用来试探杨灿的，并没有阻止火狐。

而真正的那敏刚好从替身旁边擦身而过，她当年并没有牺牲，在爆炸的一瞬间跳进了水里。根据特勤组的安排，那敏这一年多一直潜伏在BY集团，化身为一名清洁工。

火狐的阴谋早已被特战队掌握，杜局长命令那敏执行影武者行动。常健安决定将计就计，敌人送来替身，我们就让真身亮相，让那敏堂而皇之地登场。

教授看到火狐让人设置引爆装置。火狐带着替身经过教授身边时，替身女孩忍不住叫了声“爸爸”，被火狐拖开的瞬间，教授看到女孩手臂上的伤疤，他怀疑是自己的女儿玲玲被火狐控制了。火狐威协玲玲老实点。

火狐把装有引爆装置的箱子交给杨灿，要他坐火车去车站交给接头人。火狐得意地对蓝雪说，这是个死亡任务，火车到站这个炸弹就会引爆。蓝雪觉得他不应该私自行动。教授看见杨灿拿着装着引爆装置的箱子上了火车，女儿玲玲也跟在后面。他为女儿担心，犹豫着要不要告诉杨灿。   

那敏和玲玲同时上了这辆列车了。玲玲坐在杨灿身边。杨灿看到玲玲的长相，惊呆了，自己明明参加了那敏的追悼会，她不可能还活着。可这人不管声音还是长相都这么像那敏。

杨灿努力控制自己的情绪，主动和“那敏”聊天探个究竟。“那敏”自称是个失去记忆的女人，现在她的名字叫沈莉，因为一年多以前遇到意外，怎么也想不起来自己原来是什么样。杨灿听到这番话激动起来，眼眶湿润了。这时服务员过来故意把咖啡打翻在沈莉身上，沈莉只好中断了谈话，起身去洗手间。杨灿接到教授发来的短信暗语，提示他火车上有炸弹，这个女孩是危险人物。

火狐指示沈莉套出杨灿是卧底的证据，并把对话录下来。那敏利用这个机会在洗手间打晕了沈莉，换上她的衣服。

得知列车上有炸药，特战队安排王铁豹进行远程排爆。王铁豹发现这是一颗装有远程发射器的定时炸弹，需要找到引爆器。杨灿打开他带来的手提箱，却无法获取引爆器密码，他只有铤而走险，直接打电话给会长，告诉他火狐没有得到他的同意私自安放炸弹。会长责骂了火狐，迫于会长压力，火狐在炸弹引爆的最后一分钟把密码发给杨灿。

杨灿怒气冲冲地去找火狐算帐，并把沈莉推在火狐面前，大骂他找个冒牌货来算计自己。在杨灿用枪指着火狐的时候，林指山赶来阻止了杨灿。

诗文身体不舒服老是呕吐，杨爱萍怀疑她怀孕了。特战队发现从火车上带回的那敏替身体内有慢性中毒的迹象，常健安要求医生全力医治。

杨爱萍看到验孕棒很高兴，她要杨灿回来吃饭，告诉他诗文怀孕的好消息。诗文觉得可以把怀孕做为计划的一部分。这样才能证明杨灿已经忘了过去，林指山也会更信任他。

那敏的替身交代她叫张玲玲，她的爸爸张玉年，是个网络安全专业的教授，父女俩都被绿玛瑙控制了。她的任务是套出杨灿是卧底的证据。

杨灿担心诗文和孩子的安全，想送她去疗养。诗文却觉得孩子来得正是时候，在肚子里就和爸爸一起完成任务了，她很骄傲能和杨灿战斗在一起。

林指山买了一堆东西兴奋地来看望诗文，杨爱萍却说自己没做好思想准备，让他当孩子的爷爷。林指山激动起来，诉说自己的委屈。杨灿拦住妈妈，说他只有李远征一个爸爸，孩子可以有两个爷爷。杨爱萍最后对林指山说，儿子的幸福你没法弥补，孙子的幸福给你机会吧。林指山建议杨灿和诗文搬去他们公司的顶级套房住，方便照顾他们。

诗文明白，杨爱萍的APR项目一旦完成，林指山就会启动暗夜计划，那他们的光明行动马上就要开始。诗文担心如果林指山的真面目揭开，杨灿会难过。杨灿坚定地告诉诗文，自己是李远征的儿子，特战队和国家的儿子，这才是真的血浓于水。

蓝雪窃听到杨爱萍家的对话，有些吃醋，找林指山兴师问罪，林指山用甜言蜜语哄她。蓝雪觉得林指山象个谜，让人猜不透。林指山告诉她，因为他的信仰是利益，只有利益才能实现一切目标。蓝雪知道如果暗夜计划成功，俩人就要一拍两散。林指山告诉蓝雪，在他身边的人都不会幸福，包括杨爱萍和杨灿。

杨灿派他的新秘书沈莉开车送诗文去医院体检。诗文觉得她太像那敏了。在医院，常健安给诗文看张玲玲的供词，诗文才相信这个沈萍真的是那敏，俩人紧紧地抱在一起。

林指山带杨灿参观公司里的高级套房。杨灿表示很满意。

杨灿接诗文回家，他想让诗文成为世界上最幸福最快乐的女人。趁杨灿看孕验报告书的时候，诗文用手机打字告诉杨灿，沈莉是真的那敏，她的牺牲是组织安排的，这一年一直潜伏在BY集团当清洁工。杨灿得知这个消息话都说不出来了，那敏没有牺牲让他如释重负。

教授升级了之前的病毒，只要把这个新病毒放进TPR系统里，就会让电力系统的TTY防御系统瘫痪。火狐不放心杨灿，派了两个手下跟着去执行任务。

常健安指示利用这次行动甩开敌人，策反教授。

杨灿带着他的秘书“沈莉”、教授和火狐的两个手下，五人伪装成保卫部的，混入电力系统机房。教授找到主机，插入闪存等待值入病毒。

卫铁军带队进入大楼，混战中杀死火狐的两个手下，杨灿挟持卫铁军走出大楼，开车“逃走”。杨灿摆脱火狐后，带着教授到约定的地点见到了女儿张玲玲。教授得知了真相。

教授深知只有消灭了绿玛瑙，他和女儿才能真正的安全。作为绿玛瑙基金暗夜计划的技术总负责人，教授觉得自己也犯下了不少罪。绿玛瑙杀害妻子，绑架女儿，还胁迫自己为他们做事，教授觉得不仅为了复仇，就是为了赎罪也要把绿玛瑙一网打尽。他愿意和特战队合作。教授建议借口TTY系统升级，新研制的病毒无法破解，然后引诱绿玛瑙用自己的主网攻击目标，趁机值入病毒，毁掉他们的系统，获取他们的内部资料，做为他们犯罪的罪证。

绿玛瑙的会长亲自来中国督战。火狐前去接机。

林指山宣布暗夜计划实施，病毒开始破解系统。任何知道暗夜计划的人都不能离开BY集团总部大楼。

陆长风做最后的战前部署。他向大家出示敌人的主犯林指山、蓝雪和火狐。当需要特别保护人员的照片中出现杨灿、柳诗文和那敏时，队员们都长吁一口气，原来之前错怪杨灿了，他和那队并没有离开，一直和大家在一起并肩战斗。得知那敏没有牺牲，厉剑峰的眼眶红了。

教授值入的新病毒没有奏效，因为电力中心升级了TTY防御系统。教授建议用绿玛瑙基金的主网，强行攻入电力系统内部。但这项行动需要得知电力系统的网络密码。会长从火狐那得知林指山的病毒并没有攻克TPR系统的防御体系，生气地撤回了资金资助。林指山急于逼杨爱萍说出系统设置的网络密钥。

诗文肚子痛，林指山安排蓝雪送她去医院检查。在医院，诗文正好遇到因为劳累过度而送来医院的杨爱萍。诗文陪杨爱萍一起回家，发现林指山正在家里。

杨爱萍支开林指山去买吃的，追问诗文，杨灿在公司到底在做什么？她怀疑林指山有问题，他一直在偷看自己电脑里的项目内容。诗文觉得是时候告诉了杨爱萍事情的真相了。

林指山买馄饨回来，以为杨爱萍睡着了，想偷看她的电脑，谁知电脑被早有警觉的杨爱萍锁住了。杨爱萍指着林指山说，你果然没有变，依然是个彻头彻尾的浑蛋。林指山还在狡辩，说等事情结束后我们一家离开这个国家，一起过幸福的日子。杨爱萍提醒他别忘了自己是中国人。见杨爱萍要打电话报警，丧心病狂的林指山掐住杨爱萍的脖子，逼她说出密码，过了一会，林指山发现杨爱萍不动了。惊恐之下，林指山想到了诗文。

杨灿一直联系不上家里，怕林指山会对妈妈和诗文下毒手，他打电话给那敏。那敏化妆成清洁工离开大楼。

林指山对绑住的诗文说，他回来的时候听到诗文弹的曲子，一定就是电力中心的网络密码。如果她不合作，下场就和杨爱萍一样。那敏来救诗文却被蓝雪挡住，林指山把诗文劫持回大楼。

厉剑峰正式带队出征，石雨给他送行，为了不让他分心，她并没有告诉厉剑峰她怀孕了。

会长和火狐来到BY集团大楼，当教授启动主网攻击APR项目时，报警器响起，会长和火狐知道上当了，开枪打死了教授，杨灿当场击毙了火狐。教授觉得自己赎了罪，欣慰地闭上了眼睛，临终前嘱咐杨灿好好照顾自己的女儿。杨灿扯开会长的头发，发现他是个冒牌货。

厉剑峰带领的神鹰特战队遇到敌人重机枪的拦截，陆长风命令狙击手支援。在和那敏的搏斗中，蓝雪摔下高楼身亡。

林指山一枪枪地打伤诗文，折磨她，逼她弹出密码。诗文想起杨爱萍最后要她弹的一首略有不同的曲子，是保护密码，只要一启动就会锁死系统，让敌人再也无法进攻。林指山察觉出诗文弹的曲子的不同，要开枪打死诗文，却被赶来的厉剑峰挡住子弹。

在天台，面对杨灿愤怒的枪口，林指山威胁他再走一步就打死那敏。狙击手赵晓波开枪打掉林指山手中的枪。林指山终于被捕。

杨灿抱着昏迷不醒的诗文走出大楼。厉剑峰永远地离开了大家。

根据破解绿玛瑙基金的主网内容，特勤小组掌握了大量他们参与国际恐怖活动的证据，会长被逮捕了，他将交给国际法庭去审判。

石雨生下宝贝，起名厉鹰。杨灿带着女儿文文一直在等待沉睡中的柳诗文。

成为反恐特战队支队长的杨灿，继续战斗在反恐战线的最前沿。

（全剧终）