康熙选中了芳仪为后，太后乘机要求以后的奏章都让康熙过目，鳌拜无奈答应，却决定议事之后再送上奏章。鳌拜认为分地不公，竟要求镶黄旗与正白旗换地，三位大臣参奏皇上此事，皇上口谕三位大臣停止换地，鳌拜得知，却称三人违反先皇命令，处斩三人。康熙得知鳌拜先斩后奏，气极，只有苦苦钻研先皇以前的法令，终于找到方法，为三位大臣平反。康熙初时冷落皇后和其它妃子，后来得知皇后染病，觉得错待了皇后，心内愧疚，对皇后体贴起来，但皇后却建议康熙也不应冷落其它妃子。

索尼患病，康熙与皇后一起前去看望，正好碰到索尼二子索额图回来，索尼向康熙推荐索额图，康熙大为欣赏。三位大臣，汤若望和倭克的死逐渐让康熙看清了鳌拜的真面目，决定对付鳌拜，前去请安亲王帮忙，安亲王向他推荐明珠。时京城发生离奇命案，康熙命索额图查明此案。鳌拜得知此事是苏尔玛所为，要人去为儿子顶罪。康熙等却对此案仍有怀疑，派索额图等继续调查。索额图查到凶手竟是苏尔玛，前去抓人，鳌拜却自恃已经毁灭证据，为儿子开脱，但因为玛格尔正是苏克萨哈安排在鳌拜身边对付鳌拜的，玛格尔故意在鳌拜府中留下证据，让索额图发现。

鳌拜为保自己地位唯有亲手杀死儿子。康熙带索额图到民间寻访贤才，遇到洪狄，对他大为欣赏，但索额图却总觉得洪狄有古怪。太后知道康熙私下离宫，一问之下，知道皇帝是出去寻访贤才，却怕他被奸人蒙蔽，让苏麻拉姑跟去查看究竟。苏麻拉姑女扮男装和康熙一起去看望洪狄，正好碰上洪狄义女水月回家，水月和冰月长相相同，两人大惊。

索额图对水月倾慕不已，借故亲近。苏麻拉姑也对洪狄产生好感，在太后面前对洪狄大加赞赏。康熙觉得可以从洪狄身上学到不少东西，和苏麻拉姑一起拜洪狄为师。康熙对鳌拜心存芥蒂，对天娇极为冷淡，令天娇不满。康熙发现水月正是冰月的同胞妹妹，他与水月虽然相处融洽，但每每总将水月当作冰月对待，此事被水月知道，觉得康熙只是把她当成了冰月的化身，令她伤心不已。

康熙沉迷于儿女私情，荒废了朝政，经过太后点化，方知醒悟。索尼病逝，临终写下建议皇帝亲政的奏章，但康熙却表示不急于亲政。康熙借机让小贵子向天娇透露对她冷淡的原因。天娇要鳌拜帮忙，鳌拜主动同意让康熙亲政，从此康熙终于能够亲政。康熙经过皇后点醒，终于明白自己是真正喜欢水月。康熙和鳌拜对救济灾民之事产生冲突，鳌拜借故离去，而下面各官员则不听号令，令康熙头疼不已。康熙知道这是鳌拜故意让他了解其权威，为了灾民，也只有无奈妥协。

鳌拜知道康熙与洪狄一家交往，派人前去警告他们不要与康熙来往，洪狄对康熙身份产生怀疑，调查之下，发现他就是皇帝，决定举家搬迁，原来洪狄正是明朝的朱三太子。康熙虽然知道是鳌拜赶走洪狄，虽然气愤，但也无可奈何。鳌拜大寿，手下人竟送去黄袍，鳌拜竟十分开心。苏克萨哈参奏此事，鳌拜却称黄袍是为康熙所做，脱罪。苏克萨哈命令玛格尔毒死鳌拜，玛格尔却对鳌拜产生真情，关键时刻，阻止鳌拜喝下毒酒。