一个名叫“了心”的小和尚一直在扫院子，这时一位师太过来，找院里的老和尚借无常院做她的圆寂之处。老和尚怔住，想起他与师太已经结识六十余载，于是，时间回到了四十年前的嘉靖年间。

一群锦衣卫正在追杀围剿南京总兵程肃及其家人，这时将军高剑雄出现，大喊让程肃交出兵符，而这个高剑雄和程肃的二儿子——程闻道，还有杨秀，是结拜三兄弟。侍卫押出被割了舌头的程肃的大儿子——程闻钊，以他做威胁。程肃见事情已无回转的余地，于是安排家仆护卫用火雷掩护杨秀和闻道逃离去找李王爷。之后杨秀闻道逃脱，高剑雄追了过去，此时程肃被捕，严党走狗——明德从轿中出来，喊程肃大哥，并声称这都是程肃背叛自己的后果，然后一剑杀了程肃和程闻钊，并安排千户梁五前去猎杀闻道。而梁五赶到正要杀了闻道时，高剑雄一剑射了过去，将闻道射下了悬崖。后来他们去山崖下寻找闻道时，发现一个和尚悄悄带走了受伤昏迷的闻道。赶去的梁五与和尚厮打在一起，高剑雄忽然一剑射来，名为帮忙捉拿和尚，实则是帮助和尚逃脱。

明德抓了一个程家的护卫询问情况，护卫坦白，闻道从小身体有病，所以经常有一位少林僧医过来为他看病，于是明德心里有了打算。

和尚败火将闻道带回少林，想让方丈帮忙救他，可方丈顾虑闻道是朝廷侵犯，所以并不想救闻道。之后明德带着大军围住了少林寺，从中查找闻道，并去找了败火，还让他帮自己针灸治痨病，言谈间两人原是旧相识，并且明德断定是他救了闻道。方丈过来劝败火交出闻道，剑雄也指出是败火救走了闻道。于是败火承认是他救了闻道，可是闻道死了，并将他的尸体埋在山野间。这时侍卫来报，整个少林寺搜查遍了，无闻道身影。而里屋渐渐转醒的闻道起身不小心弄出些声响，惊动了外面人，明德让剑雄进屋查看，竟然是一个和尚从床上跌了下来，从而发出的声响。剑雄正要出去时，忽然一滴血从房梁上滴下来，原来闻道是藏在屋内的房梁上，而剑雄却不动声色的出去了。没有搜到闻道，败火又一口咬定闻道已死，明德只能带着兵马出了少林寺。可是明德似乎又看出了一切，对剑雄说就让闻道自生自灭吧。

杨秀让人抬着一口棺材来到荣亲王府，李王爷和小姐出来看望，杨秀向王爷禀告程家亡了的消息，并提醒王爷当年和程家结盟联姻，共抗严党的誓言。

闻道仍旧昏迷着，三个和尚在旁边照料着闻道。败火劝着方丈去救闻道，方丈提出除非有观海大师的法旨才能出手救他。

杨秀仍跪在王府外请求王爷一起抵抗严党，可王爷担心自家安微，不愿出手。这时小姐蓁蓁也出去一起跪了下来，以此恳求自己的父亲，迫于杨秀和蓁蓁的坚持，王爷答应了死谏严党。而蓁蓁得知闻道被剑雄杀了的消息时，悲痛不已。

方丈和败火一起来到达摩洞外求见观海大师，希望大师能同意去救闻道。

李王爷连夜写了谏严党的书信让家仆送出去，不想半路被梁五拦截，并杀了送信人。

明德与剑雄的父亲高寿昔在操场练射箭，亲切的称其二哥，并与他谈论了一下朝内的局势问题，之后便去找剑雄了。此时剑雄练着木桩，却一直回想着追杀程家人的情景，他虽然迫于严党的势力，不得不这样做，可又悄悄地帮着闻道逃脱，毕竟他们曾是结拜兄弟。这时明德过来了，跟他说由于李明玉李王爷不安分，找徐阶帮程家翻案，所以现在明德连李王爷也要除之后快。而剑雄打算帮助明德对付李王爷，遭到了父亲的反对。可剑雄显得很无奈，想起了儿时与蓁蓁一起玩耍的场景。

蓁蓁和李王爷提出要离开南京，因为在南京她总能睹物思人想起闻道，此时高寿昔和剑雄一起求见，蓁蓁看见剑雄，气愤的离开了。剑雄望着蓁蓁离开的身影有些失神，看来是对她有情。之后剑雄拿出李王爷先前赠予闻道的剑，直言明德会以此诬陷李王爷和程家勾结，只怕王府会一样下场惨淡，并拿出被梁五拦下的信件。而他们今日此行就是想与王爷结亲，以此来保住王爷府。李王爷拒绝时，门外忽然传来丫鬟惊叫，原来是一名家仆被杀并被挂在了树上，正是梁五所为。剑雄再度规劝李王爷，这时蓁蓁出现，直言不会与奸人同流合污。于是高家父子失望而归。

昏迷中的闻道忽然喷出一口血，照看他的和尚立刻前去达摩洞前禀告方丈和败火，得到观海大师的应允，方丈前去救治闻道。但提出闻道必须留在少林五年不得出山，一是为了救治他身上的寒毒，二是怕他下山找严党寻仇，败火也同意了。

李王爷府内的家仆婢女尽数逃离，都明白王爷得罪了严党，即将会招来杀身之祸。李王爷让蓁蓁拿着自己写的信，去无名庵找出家的姑姑圆慈，蓁蓁不愿离开父亲。此时家仆来报，锦衣卫已经到王府门口了。蓁蓁撕毁了信件，决然奔了出去。

方丈问败火，闻道体内虽有寒毒，但也有一股暖流，而此暖流与少林的内功心法颇为相似，败火故意借口其他事，离去了。

剑雄带着锦衣卫来到王府，蓁蓁出面阻挡，剑雄出示缉拿书直言来缉拿李王爷，蓁蓁接过撕毁。而剑雄赶去王爷书房时，发现王爷竟已在书房内悬梁自尽了。

闻道的伤渐渐转好，刚醒的他担心程家和王府的情况，直嚷着要下山。败火安抚着他，并让和尚们按住他，不让他下山。

剑雄去李王府拜祭李王爷，并向蓁蓁解释着自己的无奈。蓁蓁悄悄拿了剪刀，在剑雄为李王爷上香时，狠狠刺向了剑雄。看穿了一切的剑雄平静的等着她出手，并毫不避挡。而心软的蓁蓁刺他的那刀也只是刺偏了。剑雄要收她为奴，以此来救蓁蓁一命。此时高寿昔过来，带人捉拿蓁蓁，并要将她充为官妓。剑雄忽然拔出剑抵在喉间，以此逼迫父亲让蓁蓁去出家为尼，避免沦为官妓。拗不过剑雄，高寿昔只得离去。而蓁蓁也同意了剑雄的说法，出家为尼去。

败火给和尚们做早课时，闻道忽然闯入，说自己饿了，要饭吃。闻道吃饭时，那三个和尚一直在他耳边念叨着佛经。败火过来找闻道，为他把脉，却发现他的寒毒严重了。之后又和闻道聊起天来，可闻道脑海里全是那天程家被灭门的场景。败火安慰他，仇恨对于他来说并无好处，毕竟他微不足道，即使下山也无法改变一切。

剑雄去找明德，恳求他放过蓁蓁，并承诺为他做牛做马。明德看出了剑雄放不下蓁蓁的心思，并跟剑雄说蓁蓁早晚是他的人。

杨秀召集了许多文人义士，慷慨陈词，与众人陈述严党的暴力行为，以及残害程家和李王爷的事。并邀众人与他一起在明日李王爷出殡之日送他一程。众人激动附和时，剑雄带军过来，宣布由于李明玉罪孽深重，不得有人为其送行，否则将与李明玉同罪。众人听后十分害怕，纷纷逃离，剑雄上前劝告杨秀明日不得为王爷送行，可杨秀充耳不闻。

第二日，杨秀抬着李王爷的尸首行走在街上，蓁蓁随同在侧，剑雄带兵过去拦住了他们，那些侍卫更是击打杨秀，让他不得前行。剑雄出手阻拦，劝告杨秀尽快离去。

杨秀坚决不肯离去，剑雄不得已出手打他。此刻已重伤的杨秀却始终不愿放弃，大喊“靖国难，清君侧”的口号。周边群众被他的执着感动，纷纷喊起了“靖国难，清君侧”。无奈剑雄只得暴力驱赶群众，并命人抓走杨秀。剑雄带着杨秀来到自己的府上，并命人给他治病上药。谁知梁五和明德忽然来了，强行带走了杨秀。

受伤的杨秀对着明德诉说着严党把持朝政，残害忠良的罪行，并说当朝阁老——徐阶徐大人是一世清廉，难得的好官。另一边又责怪剑雄与明德勾结的行径。而明德则以此为借口说杨秀与徐党勾结。

在少林的闻道夜晚出来散步，听着蛐蛐声，想起了很多往事，包括他的父亲，还有蓁蓁。之后又想起父亲惨死时的模样，可是偏偏败火不准他下山，痛苦的闻道乱扔着院内的东西以此发泄着。

剑雄自行鞭打着自己，以此惩罚着自己近来伤害程家李家和杨秀的事情。

第二天早上闻道在院内醒来，跑到房间里到处翻找着书籍。照顾他的和尚拿着一本《达摩内经》过来，说这本书不能给外人看。于是闻道承诺做好吃的给他，而他则将书里内容念给他听。原来闻道找这本书是为了得知书里记载的寒疾祛除法，以此来治愈自身体内的寒毒。而其中有一种针灸疗法，可暂缓寒毒，但三个月后寒毒会尽数排出，然后暴毙而亡。这时外面传来一阵声响，和尚说今天是观音出家日。

剑雄过来照顾杨秀，可杨秀根本不领情。剑雄跟他诉说着自己的无奈，为了高家，为了他爹，他不得不做明德的走狗。剑雄恳求杨秀好好活着，他不想再失去这个兄弟了。此时蓁蓁过来找杨秀，递给杨秀一封信，是李王爷生前写给杨秀的信。大致内容是让他好好活着，并照顾好蓁蓁。

这时高寿昔也过来了，宣布杨秀交由锦衣卫关押，并在五日后处斩。剑雄上前阻止，可是无济于事，因为他们无法与严党抗衡。另外高寿昔让蓁蓁明天去尼姑庵，这是高家最后能为她做的了。

败火为闻道治疗着寒毒，让他不要再记挂着下山的事，并安排那三个和尚好好照顾闻道。

第二天蓁蓁出发去了无名庵，而此时睡梦中的闻道仍旧记挂着蓁蓁。醒来的闻道偷偷从那和尚身上拿出经书，并从院中拿了斧头就往外走去，途中被方丈阻拦，并将他打晕，之后败火出现，将晕了的闻道抬了回去，还将他绑了起来。

醒来的闻道发现自己被绑在凳子上，激动地起身要走，不料一头栽倒。这时败火过来， 告诉他那本达摩内径是残本，不要再看。并告诉他，他体内的寒毒是因为他娘当年并不想生他，所以服了极寒的草药。闻道很是吃惊，也并不相信败火所说的。之后和尚通林为闻道拿来点心让他吃，闻道让他帮自己松绑，通林不同意，两人僵持起来。

牢里的狱卒为杨秀送来断头鸡餐，杨秀想到李王爷留给自己的书信，立刻意识到不能轻易赴死。这时剑雄拿着剑戴着面具去了大牢，并打昏了所有狱卒，原来他是要救杨秀出来。结果路上遭到锦衣卫乱箭围攻，好在剑雄武艺高强，解决了所有的锦衣卫。可牢外还有众多兵马围剿他们，而领兵者竟是高寿昔。剑雄以一敌众，击退了众多兵马。杨秀看他这身形，越发觉得像剑雄。最终剑雄英勇击退众人，夺得对方马匹，拉起杨秀逃离此处，而高寿昔此刻一剑射来，正中剑雄后背。

闻道想起父亲曾说，自己治病的药中发现一种药材具有火药的威力，于是他悄悄将这些药材绑在一起做起实验，结果药材遇火爆炸时，不小心误伤了和他在一起的通林。而爆炸的声响惊动了院内人，方丈带着和尚们过来抓闻道。谁知逃跑时，闻道不小心将火把扔在火雷上面，而此时晕倒的通林还躺在旁边，于是闻道将那些火雷丢向方丈他们，自己赶紧逃跑了，火雷爆炸了好在无伤亡。闻道拿着火雷的引线坐在大雄宝殿的门口，还在自己身上绑满了火雷，以此威胁方丈放他出少林。无奈下方丈只好妥协。

闻道出来后，败火等在门外，送他离去。闻道给败火磕了一个头，便只身离开少林寺了。

逃至山林后，剑雄与杨秀分开，杨秀跟他道谢，并确定他就是剑雄。剑雄回家自己准备治理伤口，这时高寿昔推门而入，一言不发的为他处理伤口，心疼至极。这时下人来报，明德让他们两人明日一早在校场口候命。

败火徘徊在少林寺门口，方丈出门劝说他放弃闻道，这时一个和尚来报，原来刚刚闻道手中的引线只是拴在石头上，并非真的火雷。

第二天一早，剑雄来到校场口，而高寿昔早就跪在了那里。明德直言他知道昨晚是剑雄入狱救杨秀，并押来一些文人学士代替杨秀去死。而高寿昔一直跪在这里，就是为了恳求明德放了剑雄，自己去抵命。之后明德命人将杨秀押入大牢。

败火想要下山去找闻道，方丈不允许。这时通林醒来，知晓闻道下山后，通林为闻道求情，希望能够下山去救闻道。听后方丈颇有感触，允许败火下山找闻道。之后败火带着那三个和尚一起下山去找闻道了。

剑雄被押入大牢后，明德带着锦衣卫过来，掰折了剑雄的手指，以此惩罚他。并告知剑雄，两天前梁五去了无名庵，去找蓁蓁。明德是用蓁蓁来威胁剑雄归顺于他。高寿昔跪求明德放过剑雄，明德拿出奏折给高寿昔，说是由于国库空虚，让他来安排将盐税由两成增收至三成。为救剑雄，高寿昔不得不答应他这个要求。

蓁蓁到达无名庵后，却发现圆慈师太已死在庵内，正是昨晚梁五赶到无名庵，将其杀害。

闻道坐在马车里进城，赶到王府和程府时，发现都已经被查抄了。他走进程府，又想起了父亲之前在书房工作的模样。杨秀忽然出现，并偷爬入府，在院内挖着什么。闻道跟了过去，与他相认，得知闻道还活着的杨秀十分开心。杨秀将这段时间发生的事全部告诉闻道，闻道听闻后直言要杀了明德和严党。杨秀却说带着闻道去京城告御状，前面他挖的就是自己藏在院里的钱。之后外面传来官兵抓人的声响，近来明德已经杀了很多儒士。

剑雄赶来无名庵，想要救蓁蓁，可蓁蓁却误会是他杀了圆慈师太，气急的蓁蓁拔出剑雄的剑朝他挥砍了过去，剑雄躲过后，蓁蓁举剑想要自刎，剑雄上前阻止，让她赶紧逃跑。并告诉她闻道还活着，于是蓁蓁答应他，和他一起回南京。

败火带着那三个和尚下山，而那三个和尚在集市里寻找闻道时，却紧盯着各类糕点不愿离去，之后败火出现，给他们买了糕点吃，并带他们来到树林里的茅草屋过夜。

剑雄带着蓁蓁回到城里后，走到一处小吃摊位前，想起儿时曾带着蓁蓁来此吃过混沌，于是下马让蓁蓁去吃点东西。