周文的到来使冰云找到了真正的爱情，并不顾保罗先生的阻拦，毅然决然的相爱了。同时冰云也告诉了三爷，希望三爷解除婚姻，让他们离开阴阳关，给她自由。冰云跟周文的爱情震惊了关长和大奶奶，关长将周文缉拿以砍头相威胁。但是周文并没有被吓倒，依然在小学校画着心中的圣女…。。关长带着兵包围了小学校里的冰云和周文，冰云斥责关长的卑鄙和阴暗，恼羞成怒的关长下令烧掉了小学校。。三爷从火中救出了冰云，周文却被绑在了刑场。为了使周文活命，冰云乞求三爷放过周文。于是，周文和保罗被赶出了阴阳关。

在阴阳关众长老面前，冰云揭露了关长企图占有自己丑事，被关长定为疯子要用火烧死，在三爷的斡旋下，三奶奶冰云被送到了圣湖中的水云居。被赶出关的周文舍不得离开冰云，便乔装改扮，企图混进阴阳关。结果被关兵扔进了河中。奄奄一息的周文被几个和尚救起，绝望中周文在寺院落发作了和尚。

三爷跟冰云的婚姻一直有名无实，但终于三爷来到水云居跟冰云住在一起，三爷的举动使大奶奶醋意大发，她指责三爷被女人所迷惑而忘记了自己的理想，同时流露出对冰云的威胁。

丧妻的大总管牛月余看中了冰云的仕女柏英，向关长请求要娶柏英为妻。

三爷告诉冰云和柏英牛月余想娶柏英为妻，遭到柏英的拒绝。但在荒废的小学校里，兽性大发的牛月余趁着夜色奸污了柏英。柏英痛不欲生投湖自禁，被及时赶来的冰云救起。在冰云的要求下牛月余被捉拿归案并押上了断头台。三爷为了保全自己的心腹，说服了冰云让柏英嫁给牛月余为妻，免去了牛月余的死。。大少爷明辉调戏水兰被明清追杀。在关长的质问下明辉说出了明清跟水兰的恋情，遭到了关长的斥责，在关长及大奶奶的逼迫下柳先生把水兰带出了官署。明清追至柳先生家，再次表明自己的爱情，无奈水兰违心的拒绝了他。

奄奄一息的明清躺在一艘小船上漂到了水云居，冰云和柏英救起了明清并对明清的爱情表示同情。冰云找到关长要求取消主仆不能通婚的规定，大奶奶为了防止明清在发生意外，不得已同意水兰回到官署继续伺候明清。担心三爷篡权夺位的关长将三爷发配到白水坝看管粮草，大奶奶也催促三爷尽快动手好促成大业。在这紧要关头，牛月余命杨雄潜入忘忧泉将企图占有冰云的关长杀死，并嫁祸柳先生。柳先生因此被打入死牢。

关长被杀，在大奶奶的策划下三爷从白水坝回到阴阳关主持阴阳关的大局。柳先生杀害关长，水兰也受到了牵连，明清决定带水兰逃离官署，但终因人单力孤，水兰被打入地牢。柳先生被无辜的枪杀了，在明清的恳求下冰云找到了三爷请求放过无辜的水兰。水兰因此被赶出了官署并晕倒在阴湖边。善良的冰云将水兰救起收养在水云居。阴险的大奶奶因为嫉妒在冰云的碗里下了毒药，恼羞成怒的三爷找到大奶奶以生死相威胁迫使大奶奶交出了解药。

阴阳关不可一日无主，在众长老及大奶奶的提议下，大少爷明辉当上了阴阳关的关长。

在大灵卫王天一主持的仪式下，冰云喝下了解药并终于转危为安。对自己中毒一事深感疑惑的冰云找到三爷了解真相，三爷很坦白的将自己跟大奶奶张白莲的恋情告诉了冰云。登基大典上，刚刚上任的新关长明辉竟然当众调戏冰云，三爷命卫兵将关长“送”回去休息。众长老趁机纷纷向三爷表示衷心，愿意为三爷效命，三爷从而真正掌握了阴阳关的大权。太阳洼派少庄主肖斯来阴阳关借粮以度饥荒，整日花天酒地的关长明辉命三爷处理关内事务，三爷提出用太阳洼的土地来交换粮食。

对父亲老关长的死一直深感怀疑的明清找到明辉，要求重新调查父亲的死因遭到拒绝。但明清却暗下决心一定要查出真相。