方郁林违心的写了认罪书，明清感到意外并亲自来到地牢。看到郁林的妥协，明清答应为方郁林在阴阳关建一所医馆。想到马上要兴建的医馆，郁林和明清的关系有了很大的缓和。榆林的医馆开张了，星仪冰云都感到很高兴，但阴阳关的关民们却不敢前来就医，冰云就拿出自己的钱给关民，让他们到郁林医馆看病。但西方的医疗器械使关民们望而生畏。为了消除人们的恐惧心理，必须有一个震惊的举动。于是冰云决定让郁林给已经瞎了很多年的疯阿妹治病！

疯阿妹的眼睛被方郁林治好了，疯阿妹重新看到了阳光。关民们奔走相告，纷纷来到郁林医馆请求方郁林给自己治病，方郁林一边给大家治病一边告诉大家不要再喝圣湖里的水。方郁林带领大家找到了没有污染的干净的水井，并给冰云送来了甘甜的饮用水。看到方郁林的成绩神雀堂的灵卫们惊慌不已，并加紧制定应对之策。受到王天一蛊惑的三爷下令关民禁止打井，并且关闭医馆，让方郁林到神雀堂在王天一手下做一名学徒。

疯阿妹的眼睛被方郁林治好了，疯阿妹重新看到了阳光。关民们奔走相告，纷纷来到郁林医馆请求方郁林给自己治病，方郁林一边给大家治病一边告诉大家不要再喝圣湖里的水。方郁林带领大家找到了没有污染的干净的水井，并给冰云送来了甘甜的饮用水。看到方郁林的成绩神雀堂的灵卫们惊慌不已，并加紧制定应对之策。受到王天一蛊惑的三爷下令关民禁止打井，并且关闭医馆，让方郁林到神雀堂在王天一手下做一名学徒。

噩梦继续缠绕着星仪的心，使她有一种莫名奇妙的恐惧感。明清派灵卫给星仪收鬼，使明清跟星仪的裂痕更深了。当上灵卫的方郁林借机研究了灵卫术，以科学的角度揭穿了灵卫术的迷信观点。明清跟丫环芹芹更加肆无忌惮，冰云知道以后对明清给予了严厉的指责。明清找到星仪请求原谅，而芹芹被调回了下院。在冰云跟方郁林约会的小学校里，吴永好请方郁林作他们的首领，带领他们推翻关长统治。郁林让他们等待时机。徐明清在街巷的小路上遇到了芹芹，并告诉她在老地方等候。

太阳洼少庄主肖斯再次来到阴阳关，希望阴阳关能够跟太阳洼一起，修一条通往省城的大路，以发展太阳洼和阴阳关的经济。但三爷为了防止外界的入侵，拒绝了联合修路的请求。当得知方郁林是医生时，肖斯盛情邀请郁林跟冰云星仪一起到太阳洼游玩并治疗父亲的眼病。

当他们来到太阳洼的雅素庵时，竟然意外的发现了在这里出家为尼的水兰。见到冰云和星仪水兰百感交集，临走把明清送给他的护身符送给了星仪。她们刚到太阳洼不久，阴阳关发生了关民暴动，鹰刁奉三爷之命将冰云一行接回了官署。

吴永好发动了关民暴动，郁林被当作煽动暴动的元凶关进了地牢，明清带领关兵前去镇压。为了避免流血，冰云决定陪同方郁林一起去劝降吴永好。途中，冰云告诉明清水兰还活着，只是出家做了尼姑。星仪也从柏英那里知道了明清和水兰的故事。平叛大军包围了吴永好带领的关民，冰云以关长夫人的身分带着方郁林来到关民中间，劝说吴永好放下武器。在冰云的担保下，农民军放下了武器。但是明清却按照三爷的密令，暗地里派鹰刁将放下武器的吴永好等农民军首领抓进了地牢。方郁林因为平叛有功，被免去了死罪重新回到了神雀堂。得胜而归的明清回到官署，但是他和星仪的关系依然很不融洽。