知府杨廷理深觉愧对皇恩，决定亲审妻儿，并灭杨家九族向天下人谢罪。被杨天林勾结的张师爷、谢 知县三日后处死，抢劫杀人犯刘三等人被判终身监禁。公堂上，杨夫人自尽身亡，杨天林成疯。嘉庆太子 嘱杨知府“留下杨天林一条生路”。公堂审后，杨知府回府自尽，被嘉庆、李勇救下。杨知府为太子的胸 襟感激涕零。

嘉庆一行来到嘉义县，嘉庆见到一尼姑，便悄然跟至开源寺。嘉庆见到寺院师公，便生强烈的亲情感，跪拜求认，恳请随同返京。寺院师公虽然认了嘉庆，但拒绝回京，给太子留下一首诗，便离开了开源寺，不知踪影。嘉庆等人只好又走上寻母之路。

朴脚地区，巧遇李勇儿时玩伴、现开药铺的吴昌。当地正发生下毒案。吴昌遭到中海药店老板朱其所陷，被诬下水井下毒的元凶，证人就是吴昌店中的伙计阿青，县衙捕头胡大海在吴昌家后院搜得致病药物，便将吴昌逮捕入狱。为救吴昌，嘉庆等人登门拜访善于神机妙算的王得禄。王得禄认为此案关键在于作假证的阿青，估计将被灭口。果然，阿青在中海药店被胡大海毒死。

王得禄向二两面授机宜：以当地人之便，设法打探中海药店的内情。二两依计行事，潜入中海药店偷听老板朱家父子的一番对话，得知胡大海是他们的后台。遂又男扮女装，潜入胡大海和中海药店老板进行密谋的青楼，方知他们陷害吴昌是为了在当地独家经营药材，发民难之财。

得知真相，嘉庆等人登门拜访叶知县。李勇递上杨知府转交的信函，叶知县方知面前的高公子是杨知府的至交。嘉庆告知捕头胡大海的所作所为。叶知县秉公办事，认为口说无凭，不足为证。

李勇见嘉庆与明珠日渐亲密，便作规劝。在王得禄的朋友陈周全处，嘉庆遇到明珠，欲言又止，难诉衷肠，明珠只得垂泪而去。

王得禄设计，利用朱其到妈姐庙值夜之际，让二两装神弄鬼，诱使朱其说出案件真相。堂内灯亮，嘉庆、叶知县等人从禅房后走出，朱其大惊，不得不跪下认罪，并供出幕后支使人胡大海。二人被押入大牢。

然而，真正的幕后策划者是接待嘉庆一行的陈员外--当年明末驻台的镇国大将军陈周全。陈员外用计扣押叶知县的妻女为人质，迫使叶大人诱捕了嘉庆。嘉庆的护卫李勇找到陈员外的密室，解救了被扣为人质的叶知县家眷。叶知县得悉自己家眷获救，便会同李勇召集官兵围剿了陈员外一伙，为百姓除了一霸，还了吴昌的清白。

嘉庆一行人来到大奎壁，半路上遭到白阳教追杀。明珠为救嘉庆而受伤。四人不敌众教徒，遂分开脱身。 当地的大户黄金万有一女黄银花，与青梅竹马的刘文忠定过亲，后因文忠家道中落，黄金万悔约，拆散了一对有情人。镇上另一大户邱冈舍平时好打抱不平，经文忠所求，决定插手此事。当他得知黄金万要将银花许配给京城官少爷洪守德，就决定先下手为强。拦截洪守德。不料错将嘉庆当洪守德囚禁起来。

与此同时，李勇和二两误闯黄家，被黄金万错当作洪守德，强迫女儿择日成亲，让李勇带回京城。不能脱身的李勇不知如何是好。