铁手、追命找师父讲述近期六扇门里所发生的一切异常情况，阐明六扇门有内奸且藏有巨大阴谋，诸葛非但听不进，反而出手教训二人，二人无奈逃走。诸葛终究被柳激烟陷害，锒铛入狱。柳激烟受“线人”指使重组了六扇门并缉捕铁手、追命。重组后的六扇门良莠不齐，横行霸道、欺压善良平民，黑蝴蝶带蝴蝶门奋起反抗。与此同时，京城惊现金国派来的密探，被铁手擒获，密探宁死不招，服毒自尽。

无情、铁手、追命等人聚集在一起分析京城里种种的异常迹象，决定冒死觐见皇上，揭穿柳激烟阴谋刺杀皇上的阴谋，并将计就计设下埋伏活捉了柳激烟，救出了师父诸葛和冷血。清理了隐藏在京城内的金国奸细。幕后人意图杀柳激烟灭口，危急之际铁手追命赶到。柳激烟心灰意冷，决定痛改前非，并交代了其幕后指使人——宰相黄玄，以及他犯上作乱，觊觎皇位的阴谋。

柳激烟告知了铁手，水伯（水芙蓉之父）是一个深藏不露的高手。铁手暗中考察水伯并借其皮鞭，验尸痕迹。不料一蒙面人追进验尸房，抢夺皮鞭，被铁手和芙蓉发现，打斗中蒙面人被砍伤了左臂。铁手等人开始怀疑水伯，水伯逃无可逃，诉说了芙蓉娘亲当年被金盛煌侮辱致死，他为了复仇夜入金府，正碰上飞天狐狸惩治了金离开，他乘机吊杀了金盛煌。至此金府血案真相大白。

水车（水伯）跑到六扇门自首投案，将刺死金盛煌前后经过禀告了诸葛神侯，同时揭发了金盛煌与黄玄乃狼狈为奸的同伙。六扇门将此案移交到开封府，开封府判水车死刑。铁手找到黑蝴蝶吐露爱慕之心，并商量找出金盛煌勾结金国的证据——26颗扶桑珍珠项链。刑场上，铁手、柳激烟拿出了金盛煌和黄玄勾结金国和篡权夺位的证据，救出了水车。

经皇上许可，诸葛接受水芙蓉当上六扇门第一名女捕快，了却了芙蓉多年心愿。黑蝴蝶决定背井离乡，浪迹天涯。五毒教首领“毒女”独孤依人（李湘饰）闯进京城要为死去的哥哥独孤无人报仇，杀死“天九门”门主白狼，不料铁手在场，毒女当场被抓，斩首未成反被五毒教人救走。六扇门诸葛统领派铁手、追命追踪独孤依人，捉解归案。

独孤依人回到五毒教会，谁知副教主篡位，并将独孤依人打入监牢。铁手、追命、白狼等人追到五毒教一场恶斗，“毒女”贴身侍女竹桃趁乱救出了独孤依人。铁手等紧追不舍，追至苦情谷，因铁手相貌气质酷似毒女死去的哥哥，独孤依人不忍放毒有意放过铁手让其逃离。竹桃看到告示，亲王府王妃患病求医，主仆二人决定借机暂避于王府。独孤依人治愈了王妃，亲王垂涎伊人美色，意图不轨，被独孤依人毒死。独孤依人夜闯五毒教，刺死现教主哀天灵并解散五毒教。