曲池与郑和义子有一段雾水之缘，诞下的是王爷的骨肉，郑和对王九甚是感激，更赐下十二金针给王九，从此王九不需注册，代郑和行医！ 王九医馆因郑和赏赐金针而声名大躁，不少达官贵人前来求医。 一姑乍然发觉草堂竟是自己之子，惊喜交杂，但怕影响草堂的前程，却不敢相认。 原来当年农金匮帮一姑顺利产子，后金匮被惠帝追杀，一姑有感对自己儿子有救命之恩，便与金匮儿子掉换，那即是说，平常是医神农金匮之子！ 素问与灵枢的性格经常对掉，使平常与草堂互起纷争，亦感到困扰。

平常发觉草堂不能没有灵枢，觉得不能再纠缠这段错纵复杂的关系，忍痛与素问分手！ 幸福萌生了治小猪眼睛的念头，小猪得闻自己可以重见光明，惊喜万分！ 天命使手段将王九手部受伤，医治小猪眼睛只有平常操刀，平常紧张的心态在王九的指引下，终使手术成功！ 原来王九受伤是假，考验平常是真。小猪终於重见光明！小猪重见天日后，因对这世界上一切皆是陌生，没有安全感，对平常更是依赖。但这却伤了两个人的心：暗恋小猪的幸福，以及对平常不离不弃的素问！

一姑想办法接近草堂，对草堂好，但草堂并不领情。 王九从粟米处得知不足手脚容易碰损，骨头也很脆弱，但为了整个家族，遂不理标梅而过，仍留守家业，所以对钱看得特重！ 草堂对一姑的好渐感烦厌，借一小事把一姑辞退。平常觉草堂过份，找草堂理论，一姑终向平常与王九道出了平常与草堂的真实身份！ 平常答应一姑不公开此事，谓一姑仍是他的母亲！一姑大为感动。 天命发觉一姑世身，威胁王九告知一姑不准认回草堂，否则令草堂一无所有，王九以让一姑继续回天命医馆工作为交换条件应允。

平常要炼不死药，王九不肯再教平常医术，平常据理力争，众人齐杯葛之，都孤立王九。实则王九内心痛楚借酒消愁。某日酒后，向不足道出农金匮为炼不死药疯死之谜，怕平常步其后尘，不足开解，二人酒醉，王九在不足处睡著！ 王九以平常不许再炼不死药为条件决定再教他医术，平常欣然答允。 街坊对王九与不足事以讹传讹，粟米竟要王九跟不足成亲，幸得不足解释，但已累得王九苦恼不已，决定离开京城逃避不足。因为他始终无法忘记一个最爱，就是天命妻芍药。

王九逃情失踪，不足既感难过，又感自尊受损，不知如何自处…… 王九路上碰到一昏迷女子，带回医馆调理。与此同时，不足得悉王九已回，既喜且气，心情复杂。女子名叫雷蕾，因连赌十日十夜，倦极昏睡不醒。她为人圆滑，善於交际，烟视媚行，不单与四周的人建立良好关系，更令粟米拜到石榴裙下。 王九看穿雷蕾本性，希望她康复便离开，雷蕾却假扮可怜，王九被四周人骂无情无义，一姑更收雷蕾为乾女儿。雷蕾便可名正言顺留住医馆。

雷蕾骗了粟米的钱，输个精光！不足得知迁怒於王九身上，雷蕾搂王九装亲密，不足生气而走！王九感觉也许这样了断是最好的结局。 灵枢及素问性格互相对掉，越来越混乱，病情也越来越严重了…… 平常偶遇一卖胭脂却医卜星相无一不晓的商人尹思仁！给平常留下深刻印象。 一日素问看戏，在后台一角竟听一女声指斥某人没有医德，一声惨叫后，竟然发现一老名医身死。 戏院意外，伤者多人，与思仁同行的寒娘为救素问受重伤，可寒娘却恢复甚快，王九惊愕！