在晨曦微露的日子里，卢少骅带领着王林和邱来宝来到静谧而又蕴藏激情的绿藤市，悄然开设了振兴保健品加工厂。厂房的外表普通，却隐藏着一场惊心动魄的风暴。他们以贩卖洋葱精的名义掩饰着内里的罪恶交易，背地里进行着制造冰毒的勾当。面对波谲云诡的暗流，卢少骅并未止步于现状，更没有满足于眼前的成功。白日里，他身着朴素，洗净铅华，悄悄潜入化工大学旁听课堂，专注在最前排汲取知识的精华，期望用科学的力量提升自己的制毒技术。
命运往往因一通电话而改变。金永祥带来紧急消息——新一笔冰毒订单即将交付，仓库里的麻黄素却已所剩无几。卢少骅沉吟片刻后，命令用尽最后的存货，自己则又返回教室，心神凝聚。在教授讲解手性合成法的刹那，心头灵光乍现：或许还有另一条不依赖麻黄素的道路。科学的磁石吸引着他，在失败和险象环生的实验中徘徊。他一次次改良配方，却仍旧没有突破结晶除杂的难关，甚至冒着实验室火灾的风险也未曾退缩。最终，他虚心求教于教授，不知其真实意图的教授认真记录下卢少骅的问题，卢少骅则以坚韧和巧思历经无数次计算和试验，终于在特定浓度的盐酸帮助下化险为夷，实现了不用麻黄素就能制造高纯度冰毒的壮举。
正义之火在暗夜中燃烧。杨志刚透过蛛丝马迹，从枫林保龄球馆老板万金来的死讯发现线索，冯浩与班德海即刻奔赴现场，第一时间向沉着的林强峰汇报，希望能查实死者是否就是涉案的金永祥。林强峰如磐石般不为波动，只是静静地梳理案件脉络，将追查内鬼的重担牢牢扛在肩上。不久，杨威带来消息——卢少骅曾向化工大学教授询问关于结晶除杂的技术方法。林强峰与杨威随即前往大学，虽然教授对卢少骅的真正动机并不知晓，但每一笔交流都被小心记载。林强峰毫不犹豫地收走备课本，用心查阅每—个细节。此时，班德海与冯浩也查明，死去的万金来就是金永祥，案情如水纹渐次展开。
姜淮河干警们以无畏毅力，在废弃的学校建筑中终于捕捉到卢少骅制毒窝点的踪迹。林强峰亲临现场，步履急促地在实验室中查找蛛丝马迹。回想起此前粤澳酒楼抓捕行动，他心生疑窦——两年前的泄密者或许还潜伏在身边。为了揭开这层迷雾，林强峰找来黎安，决意联手尽快揪出暗中的内鬼，正气与邪恶的对决已进入白热化阶段。
时间的车轮悄然驶入1997年7月1日，激动人心的历史时刻到来——香港正式回归祖国，告别了长达一个半世纪的外来统治。全国上下万众欢腾，各地烟花映红天际，象征着民族团结的自豪与激情。就在璀璨烟花飞舞之夜，林强峰和“三剑客”一同外出执行任务，他们被这宏大的荣光感染，心情激荡，难掩欣喜。与此同时，莫康带着卢少骅乘船远赴宛北。在浩渺江面上，卢少骅遥望夜空中接连绽放的烟花，不禁追思起被自己留在绿藤市的吴燕萍，心中百感交集，既有对过往情感的无奈，又有对前路的犹疑。
宛北武装贩毒集团为卢少骅的到来准备隆重欢迎仪式。首脑周少雄亲自为他接风洗尘，送上满箱金银珠宝，礼遇非常。卢少骅无声地将自研的冰毒样本递上，周少雄则设下筵席，邀请宛北各路大毒枭齐聚一堂：基洛、蒙波、卡乔和博敢等人悉数到场。觥筹交错间，几位毒枭提及了杨立秉之死及其子离奇车祸丧生的事件，更由此怀疑云鼎恩暗中作祟，于是暗杀云安娜未果，终被反杀。此情此景，周少雄姗姗来迟，带着从卢少骅手中获得的高纯度冰毒，分发给在座的每位毒枭，并动情劝说大家放下旧有的海洛因生意，转而在国际市场大展拳脚。然而，多年以来他们早已依赖各自的罂粟田和销售渠道，对于新产品心存疑虑，更担忧麻黄素获取难题。周少雄拍胸脯承诺，卢少骅的新式合成法完全不需麻黄素，只用普通化工原料，一周之内便能产出价值上亿的冰毒。一席话虽然激起波澜，众人却仍然半信半疑，黑暗世界的风云又起涟漪。
就在绿藤市，干警朱艳仔细检测缴获的冰毒，发现这批货与过去截然不同。新型合成冰毒纯度高达百分之九十，原料却全部是合法的化工原料，彻底突破了以往对麻黄素的依赖。这样的发现令警方高层为之震动，谭庆林更是怒火中烧——林强峰和黎安未经批准，仅凭本能带队跨地区追凶，不止未能擒获卢少骅，连龙哥也失之交臂。就在此时，医院传来消息：梁东平终于苏醒。林强峰和黎安闻讯，所有队员迅速赶赴医院准备继续案件突破。
重症监护室的门外，气氛犹如凝固一般。黎安和林强峰第一时间进入病房，外人翘首以盼。他们却心有玄机——事实是梁东平已不在人世，二人故意放出风声，假称他已醒并交代所有罪行，包括供出组织中的内鬼。夜色逐渐降临，纪委调查组突现医院，林强峰和黎安随即现身，巧妙地将所有队员号召到一旁，谎称线索已悉数查明，希望真凶能自投罗网。
在这压力与忏悔并存的瞬间，三剑客以自身清白直面质问，而欧凡频频躲闪目光，终被黎安咄咄逼问之下崩溃承认：内鬼正是他自己。黎安愤怒难平，言辞激烈而沉痛，斥责欧凡辜负兄弟情谊，竟为金钱背叛信念。欧凡泪如雨下，止不住地认错，情绪崩溃试图以自尽消抹罪责，幸亏旁人及时夺下了手枪。黎安面对背叛和错付的痛苦，转身独自藏身角落，内心的哀痛、愤怒与无奈交汇成一种悄无声息的悲壮。