世潘虽百般阻挠海瑞查鞑靼人一事，但鞑靼使者终为海瑞所擒。世藩遂将所有罪名推给严天，严天被逼自尽，临终之时写下遗书给海瑞，暗示严家父子罪行。海瑞决定押解鞑靼使者，带同严天遗书回京，世藩大惊，誓要追杀众人。仇千为了报答李显舍命救妻儿之恩，在安顿好妻儿后，来到京城帮越轼调查失金案，将功赎罪。越轼知海瑞有危险，派仇千营救海瑞等人。仇千途中遇杀手追杀海瑞一行人等，出手相救，众人脱险。海瑞等人几经辛苦救回鞑靼使者，惜因使者伤重身亡，不能动摇严家势力，众人再次陷入死局。经各人分析，越轼、海瑞等怀疑严家私通鞑靼，可能与偷运国库黄金案有关。越轼将此事禀告皇上。皇上对严嵩更为顾忌，为免节外生枝，遂借故调走严嵩。又释放杨继盛。另一方面，然而此事被严嵩识破，假意离京，暗中命世藩引越轼至腾王楼，暗杀越轼，逼使皇上不敢轻举妄动。越轼不知有诈，为杀手所害。越轼被杀，严嵩肆无忌惮，竟于朝中向皇上示威，皇上碍于严家势力，不敢公然与之抗衡。海瑞等人心灰意冷，无计可施，海瑞无意中发现严天遗书暗示严嵩罪行。

可惜当杨继盛同仇千带遗书入宫求见皇上时，竟于皇宫内被严嵩手下大当家抢去。人证及物证全失，令各人情绪低落。杨继盛亦感到悲愤绝望，决定告老归田，不再与严嵩对抗。女儿小冬仍坚持信念，不肯放弃继续追查，海瑞凭惊人的记忆力，画出见到越轼被杀所有人证的样貌绘图。众人依画像明查暗访，得知一人连秀山乃山西四大家族其中之人，即赶往山西。海瑞等人追寻连秀山期间，发现连家也依附严嵩父子。世藩派人尽快灭口以断海瑞等人线索。而小冬重遇幼时玩伴双目失明的双儿，众人追查连秀山时，双儿竟被连秀山奸污，小冬要杀秀山为双儿报仇，海瑞认为秀山乃重要人证，阻止小冬，二人因意见不和，发生争执。双儿自尽身亡。

秀山得知小冬与世潘都要杀自己，连夜逃亡，而海瑞赶往连家，竟见严嵩，海瑞与严嵩再起冲突。原来严嵩路经山西得知海瑞等追至，大骂世藩做事不力，亲自前往连家，将连家上下尽数杀光。炳叔查到越轼被杀案的另一证人下落，于是连同海瑞等人随即起程。路上结识村妇媚娘，得知原来其夫竟是自己欲寻找人证之一，惜其夫被严家亲戚严平的妹妹所毒害。媚娘报官，反被指毒杀亲夫，被逼逃离家园，海瑞，小冬义愤，决定助媚娘洗冤。海瑞为寻找越轼被杀案人证，与小冬和身怀六甲的媚娘日夜兼程，三人途经一小村落，不料此地官府竟蓄意在水井中落毒，然后再卖解药给百姓，借此敛财，手段极之卑劣。媚娘不幸中毒晕倒，海瑞深恶痛极，欲唤醒村民反抗官府，无奈百姓心存惧怕，反赶海瑞等三人出村。正于万般无奈同无计可施之下，海瑞幸越轼托梦找到解毒方法，救回媚娘和众村民，村民从此无需在受当地官府压榨，对海瑞，小冬不胜感激。另一方面，途中仇千发现古航下落，而古航因走头无路，为大当家所救，大当家蒙骗古航指仇千出卖众人，欲借古航之手除掉仇千，古航信以为真，于是跟踪仇千，欲杀之泄愤，仇千逼于无奈唯有出手打伤古航…

海瑞带同媚娘上公堂，为媚娘伸冤，因此案又牵连到严家势力，媚娘被判入狱。情急之下，小冬提出向隐居的杨继盛救助。终日醉熏熏的杨继盛以不主事为由加以拒绝，看到爹爹的醉态，气愤的小冬把杨继盛酒窖里的酒全部砸掉，以唤醒爹爹。杨继盛终于答应帮助海瑞及小冬。炳叔找到做伪证的媚娘的丫环小芳，劝其讲出实情。在海瑞的坚持下，媚娘一案重新审理，媚娘一案终沉冤得雪。此事也激励了消沉已久杨继盛，继而推荐海瑞做淳安县县丞一职。海瑞认为终于可以为民请命，替百姓伸冤，炳叔查到另一越轼案人证下落，当海瑞赶到此人家中时，证人全家已被人所杀，只剩证人之妻周秦氏，县官认为此事乃周秦氏所为，将其带回县衙，并找来证人指证。

海瑞到淳安县上任，遇一冤案，周秦氏被县官屈打成招，判做杀害其全家人凶手，海瑞觉得其中必有隐情，海瑞甚感失望，开始借酒消愁，期间小冬不断加以鼓励，点醒海瑞，决定替周秦氏伸冤，古航被大当家打伤，令其自生自灭。县官身染重病，让海瑞暂代其职。海瑞借此机会，为周秦氏翻案，终将真凶揪出。海瑞三日不眠不休，将淳安县多年积累的冤案，错案一一查清，为此当地百姓无不感激，更自愿协助海瑞，将凶徒尽数抓回。严家人警告县官，阻止海瑞。杨继盛听闻海瑞事迹，亲自前往淳安县。县官病逝，海瑞被百姓誉为“海青天”，杨继盛确认其当之无愧，认为女儿没看错人，对海瑞了解之余，更加佩服，相比之下，自己身为朝廷命官，竟为自身安危而退缩，内心更感惭愧，决定帮助海瑞，上书朝廷，推举海瑞为淳安县知府。当地贪官欲用钱拉拢海瑞，被海瑞严厉拒绝。

仇千找到古航，古航形同废人，目不忍睹，古航因自己为大当家所骗，自责不已。仇千细心照顾、医治古航。皇上支持杨继盛，推举海瑞的想法，命海瑞以淳安县为首，开始肃贪倡廉，整顿纲纪的重任。严嵩得知海瑞被派任淳安县知府，认为海瑞难成大器，叮嘱女儿好好扶持皇上，让女儿给皇上吃专人送的红丸。淳安府恶霸正是严家亲信，仗着严家势力，根本不把海瑞放在眼里，海瑞召好友王常做淳安县师爷，暗派人搜集众人犯罪证据并一一治罪，令严家地方势力削弱。严家父子感到海瑞不易对付，应尽早铲除，煸动暴民冲击淳安府，海瑞等人被困，危机重重。此时世藩出现，假意安抚众人，给海瑞三天时间考虑，暗中设计杀死海瑞。海瑞派人去京城向杨继盛求助。世藩以严家黄金为诱饵，让海瑞上当。大当家查到仇千、古航的下落，仇千只身去会大当家的杀手。