仇千被困时，古航出手相救。海瑞与小冬散步时遇大当家追杀另一越轼案证人，小冬出手相救，但为时已晚，而小冬更遭暗箭所伤，昏迷不醒。海瑞终日悉心照顾，小冬终苏醒。而杨继盛赶到淳安县，知小冬平安，与海瑞缘定今生，甚是安慰。世藩见继盛至，知以前计谋难以得逞，于是又设计诬告海瑞。继盛虽知海瑞无辜，但在人证、物证俱备下，唯有暂将海瑞收监。王常、阿牛等为救海瑞，竟将全部罪名揽上身。

海瑞被释放后，与继盛、小冬等四处搜查证据欲替众人翻案。此时继盛收一密报，皇上竟要废皇后，册封严妃。继盛担心皇上安危，决定秘密回京。继盛赶回京，发现皇上身边人皆换成严嵩手下，几次想见皇上都被严嵩所阻。当时皇上为严妃所惑，进食红丸被弄至神志不清，将朝中事务交由严嵩负责。世藩得知父亲手握重权，更是肆无忌惮，前往淳安府欲杀王常等人，未得逞。世藩老羞成怒，派手下火烧淳安府，以图将海瑞等人一并铲除。

众人侥幸及时逃出火场，唯海瑞前往牢狱为救王常，阿牛等人而被困，仇千及时赶到相救，海瑞等人幸免一死。海瑞决定设计诱世藩上钩，放出假消息，谓已找到越轼案人证，引世藩派人杀人灭口，再将杀手擒下，指证世藩。世藩不知有诈，遂派杀手前去灭口，仇千成功地将杀手擒获。海瑞从杀手口中得知，世藩准备运走收藏在淳安县的国库黄金，双方展开生死搏斗，混乱中世潘逃至成武堂躲藏。成武堂乃军事重地，如无皇上手谕，任何人皆无权进入搜查。海瑞为防世藩逃走，由小冬与百姓们把守成武堂。海瑞则与仇千火速赴京面圣，严嵩得知此事，极之震怒，派出大批杀手追杀海瑞等人。海瑞在仇千保护下，几次击退杀手，但当其登上赶往京城的船上，船被炸毁。众人惊闻海瑞已死，极之悲愤，对抗严家信心顿受打击，唯小冬不相信，依然死守成武堂，而严嵩一心以为海瑞已死，其女儿严妃又立为皇后后，气焰更是嚣张，竟命严妃加重红丸份量，加速毒害皇上。

海瑞并未被炸死，却身受重伤，幸被江湖中人所救，将海瑞平安地送至京城，海瑞终见到继盛。继盛决定与海瑞冒死入宫。海瑞与继盛几经辛苦，终可见到皇上，皇上写下手谕给海瑞捉拿世藩归案。海瑞带同皇上手谕日夜兼程，就在世藩欲冲出成武堂时。海瑞以皇上手谕，调派御林军赶到，世藩见大势已去，唯有束手就擒。众人见海瑞未死，又将世藩人赃并获，百姓极之振奋。严嵩得知其子被擒，大为震怒，命严妃即毒死皇上，发动兵变救世藩。而继盛进宫求见皇上，然而皇上因吸食过多红丸，神质不清，在继盛的极力禀劝下，将审世藩一案交由海瑞及朝中重臣共审。

严嵩感事态严重，派大当家再次杀海瑞不成，唯有在公审之日，大闹公堂救子，公堂上，海瑞与严嵩发生了一场激烈的冲突。严嵩见海瑞竟将自己的御赐轮舆打烂，勃然大怒，要海瑞同往宫面圣。严嵩执意要皇上治罪海瑞，而海瑞又据理力争。皇上因体力不支不予理睬，严世藩一案暂且搁置。严嵩救子心切，于是命严妃偷皇上玉玺，假造圣旨，谓皇上已赫免世藩死罪，发配边关。

海瑞、继盛等人皆感怀疑，暗派炳叔一路跟踪世藩，途中大当家救了世藩。在杨继盛大寿之日，严嵩派人假借送贺礼之名，将一批国库黄金偷运入杨府，随即带手下从杨府搜出黄金，嫁祸杨继盛，欲将杨继盛处死。金銮殿上，严嵩要凌迟处死继盛，数名大臣求情，表示继盛为朝中重臣，要杀之定要皇上御准才可。严嵩将计就计，再次假传圣旨，谓皇上已御准将继盛处死，并将行刑之日定于严妃册封之时。并希望引海瑞等人前来救人，将他们一网打尽。海瑞等人虽知危机重重，但仍决定劫法场救继盛。囚车来到刑场，仇千带众人冲出，救出继盛。而严嵩竟派来火炮队，将众人重重包围，在此危难之际，继盛为救众人，竟自燃火炮，用性命救得众人。众人怀着极悲愤的心情，杀出刑场，却死伤惨重。海瑞、仇千决定夜探皇宫，见皇上。