海瑞、仇千见到皇上之后，才知皇上因过量吸食红丸，已病入膏肓。于是二人假扮道士留在宫中医治皇上，与此同时，炳叔返回京，通知众人世藩被大当家救后，匿藏于江西家乡。小冬等人来到江西，竟发现世藩正秘密策划谋反，小冬急赶回京告知海瑞与皇上。皇上即下旨撤换与严家勾结之将领，并命海瑞带同圣旨赶去江西处斩世藩。世藩得知要被处斩，急逃往鞑靼，但途中被仇千等人杀死。当严嵩得知爱子被杀，遂派大当家带同禁军入宫刺杀皇上，意图谋反，眼看皇上性命不保，仇千带边关守军赶回京师，与大当家等人展开大战。

明军连连败北，鞑靼人在短短时间已兵临城下，海瑞于是决定派仇千入鞑靼军中捉其首领，逼鞑靼人退兵。仇千冒死将鞑靼首领擒下，海瑞等人终逼使鞑靼退兵议和。皇上却将功劳归于南道行，海瑞进谏皇上，历数严嵩十大罪状，严嵩押入天牢，但皇上开始沉迷鬼神，不理朝政。海瑞极之心痛，遂抬棺材上殿，以死相鉴，惜激怒了世宗，将海瑞囚禁，又听信南道行之言将严嵩释放。仇千感心灰意冷，带同妻儿往天山隐居。数年后，世宗驾崩，其儿子裕王载垕继位，极积推行新政，在众大臣的推举之下，重用海瑞。而严嵩因在逃往鞑靼途中，遭遇雷击，从此疯癫，最后老死街头。