小宝惊悉小金鱼的去向，伤心欲绝，心神迷糊地在街上游荡之际，一舟突然出现说要杀他，原来方怡为了他跟一舟分手。小宝略施小计引一舟到丽春院，春花又醒目地给一舟喝下迷药。小宝为怕一舟纠缠，用计使方怡讲出一番话，令一舟死心，事后小宝又开解他说天涯何处无芳草，二人冰释前嫌。 小宝发现有数名喇嘛准备到清凉寺掳走顺治，决定比他们早一步找到顺治。小宝与双儿在五台山四处打听也无人知道清凉寺在哪，奇怪之际心生一计。二人扮有钱人家到灵境寺，佯称欲请五台山上所有寺院的主持来为先人做法事，不惜大撒金钱。所有主持来到却独欠清凉寺的，小宝顿感泄气，于是再用银弹政策，果然吸引一名主持说知道清凉寺所在，小宝揭穿他假冒僧人，只是个送灯油的工人。他拍心口保证能将清凉寺方丈澄光大师请来。 小宝见送灯油工人一人回来，心感不妙。双儿说不重金钱的人一定重感情，要动之以情，小宝决定三跪九叩上清凉寺求见。

小宝无惧艰辛三跪九叩上清凉寺，亲笔写下千字文，还假装受伤恳求方丈澄光大师接纳替他做一场法事，澄光终肯破例让他入寺。小宝查探下发现顺治果然在寺中，且仍对董小宛之死耿耿于怀。小宝正苦苦思索如何能令顺治承认老皇爷身分及跟他回宫见康熙之际，双儿突然出现，小宝心生一计。 顺治终肯承认自己身分，还问候康熙现况，小宝说出康熙自知道顺治仍在世后，每日便茶饭不思，希望能说服他跟自己回宫见康熙，但顺治坚决留在寺中清修安度晚年，小宝无奈。 一群喇嘛突然出现清凉寺，硬指清凉寺收藏其叛徒，誓要入寺搜寻，小宝看出喇嘛诡计，决定用火枪对付喇嘛头领。在小宝连番恐吓下，头领终说出喇嘛们被煽动下欲捉顺治来要胁康熙，为要取得大清国师身分，希望藉此宏扬佛法。小宝游说顺治随他离寺，顺治犹豫。小宝遂说出自己心爱的女人即使死后，亦会希望爱侣能好好生活下去，勾起顺治回忆往事。顺治本已打算离开清凉寺暂避，怎料经师傅玉林大师一番点化后，决定一切随缘，气煞小宝。

小宝知无法说服顺治，惟有离寺找救兵，途中却遇上神龙救的肥、瘦头陀及龙儿。小宝激于一时义愤，挺身维护双儿，龙儿举剑劈落小宝颈上，小宝身首异处...... 顺治不欲因自己一人而危害江山社稷，决在喇嘛攻入寺时放火自焚，玉林亦愿相陪。小宝被龙儿追问四十二章经下落，小宝将计就计，带龙儿等上清凉寺。小宝见喇嘛上前阻挠上山，刻意挑起纷争，并趁混乱与双儿逃走。小宝得悉顺治欲自焚平息风波，遂想出假扮喇嘛来救走顺治，果然凑效，怎料又遇上龙儿追击，幸少林十八罗汉及时出现相救。 原来康熙得悉大批喇嘛前赴清凉寺，命多隆前往营救，多隆恐鞭长莫及，遂飞鸽传书要求少林十八罗汉先赴清凉寺。小宝接下无字圣旨，再次游说顺治回京，但他心意已决，只将四十二章经交予小宝给康熙，又赠康熙「永不加赋」四字真言。 肥、瘦头陀因吃下豹胎易筋丸，又未找出四十二章经覆命，心中恐惧莫名唯有归咎龙儿，认为她包庇小宝，龙儿气忿。小宝与双儿回京途中重遇剑屏及方怡，二女更分别向小宝暗示已喜欢了他，小宝欣喜万分。

小宝被剑屏及方怡出卖，双儿虽舍身相救，却不敌龙儿之毒蛇，小宝被捉。小宝醒来见神龙教教主画像，决将之涂污泄愤，突然一武功高强之妇人出现对付小宝，小宝发现妇人对画像奉若神明，心生一计。小宝想不到妇人竟为失职在教众前自行了断，不忍。 剑屏向方怡坦承喜欢小宝，惜为势所逼才出卖他，又恐他责怪，方怡不置可否。小宝被带往见教主，见他打算以极刑惩罚肥、瘦头陀，遂替二人求情，更指可交出五本四十二章经，教主大喜。突然众人晕倒，原来教中四使因不值教主所为，恐终有一天遭其毒手，不惜冒毒蛇咬的危险，数月不沾红黄酒来使用百花腹蛇膏，望可先下手为强对付教主，怎料仍不敌，终两败俱伤。 小宝因没有喝过红黄酒，决利用此机会，遂提议令四使与教主讲和。教主封小宝为白龙使，更教他武功来保护经书，并要龙儿代自己指导他，小宝乘机作弄她。小宝巧言取得教主信任，更获他赐令牌任意差遣教众，小宝要求带同剑屏、方怡及龙儿上京取经书，教主答允更骗他吃下豹胎易筋丸。小宝得悉大补丸的真相后，不敢怠慢上京。

双儿重遇小宝，高兴不已。剑屏与方怡为出卖小宝一事向他道歉，小宝乘机向二女索吻。小宝回宫述职，将顺治的四十二章经交予康熙，康熙看到顺治写上「永不加赋」，明白他要自己做个好皇帝，感触落泪。建宁知小宝回宫即传召他相聚，建宁坦承喜欢小宝，小宝大叹难以逃出她的五指山。 康熙派小宝往少林办事，小宝与双儿、剑屏、方怡及龙儿同往出差，怎料原来康熙是要小宝代替自己往少林出家，小宝苦不堪言，龙儿更幸灾乐祸。方丈发现四女掩饰身分匿藏少林，遂将四人请离开，并要小宝遵守五大戒律，小宝刚暗幸可获准赌博，但转念奈何无人与自己对赌，大呼无瘾。小宝久未吃荤，见一趣致小狗出现，心生一计。小宝被逼在少林寺中学武，吃尽苦头。 四女在少林山下多日未见小宝出现，龙儿决定离去，方怡不愿长等下去亦与剑屏离开，双儿无奈。小宝在少林寺见俗家弟子方世玉偷偷饮泣，细问下得悉原来谁人能闯出铜人突击场，便可下山，小宝带同火枪决意一闯。

小宝使计闯出铜人突击场，终可摆脱每日受诵经困扰之苦下山。小宝一到镇上即往酒家大鱼大肉，并邂逅阿珂，对她一见锺情，立誓要娶她为妻。小宝知道阿珂打听自己的消息并欲对付自己，遂上前毛遂自荐教她上少林。双儿突然出现，小宝恐身分被泄，将她使开。 一路上阿珂对小宝表现极为厌烦，当她得悉小宝真正身分，对他更恨之入骨，小宝誓要改变她对自己的观感。阿珂向小宝表示心上人是台湾王府二公子郑克爽，他死心，小宝不忿编说谎言令阿珂以为康熙会攻打台湾，最后阿珂以死相逼，终令小宝释放自己。 多隆奉命转交密函给小宝，原来康熙要小宝往清凉寺任主持，保护顺治，小宝知道要继续做和尚，叫苦连天。方丈按规矩要小宝先闯十八罗汉阵才让他出寺，二人均感圣命强人所难。小宝使出诡计破十八罗汉阵，方丈与小宝同松一口气。顺治知小宝奉命来保护自己，慨叹始终摆脱不了人世间的感情，但不会再见康熙。