小悟發現土蜘蛛的惡行報告忍者戰隊，眾隊友前去查訪，發現多人行蹤不明，被土蜘蛛做成人肉臘腸，鶴姬三人不聽佐助之勸，誤入陷阱，還好最後終於脫逃。

花之第一組這次專程來對付佐助，想一一擊破打倒忍者戰隊，一個叫真一的小男孩無辜受害，成了佐助的包袱，佐助陷於困境，幸有隊友及時趕到，齊心退敵。

才藏在一次巧遇當中，看到一間霞流道館的困難，而幫助他們，然而卻不知其實是猴神偽裝，而被耍騙的很慘，而後發覺一定得耍回猴神才會消心頭之氣，問題是要如何耍回猴神呢？

現代社會大家使用汽車代步，卻大量排放廢氣，產生可怕的煙塵妖怪，到處吸取廢氣吸收成能量恣意破壞，麻衣子與其弟研究太陽能汽車遭遇挫折，碰上晴海，忍者戰隊。因有麻衣子的發明得以對抗煙塵妖怪。

朱尼亞少爺為了讓妖界大魔王復活，找了海之子拐了十五名小孩變成石頭，製造妖怪骷髏在裡面進行祈禱，聽到他的歌聲的孩子一一變成石頭，封印之門也出現了，危急之際一隻白鳥｜神翼號出現，它的身份為何？大魔王真會出現嗎？

佐助等人不顧三太夫的勸阻仍要與戰士骷髏對抗，竟然真的不敵，在三太夫的解釋下得知他們必須找到忍術秘笈，練成終極忍術才有辦法對抗妖界大魔王，便就此踏上尋笈之旅。