在外謀生的二宮先生，好不容易把債都還清，衣錦還鄉時，卻碰到窮衰神一心想把全世界變成貧窮的世界。結果連前來搭救的忍者戰隊也難逃惡運，衣著全都變得破破爛爛，武器也變得很舊不堪一擊，眼看著忍者戰隊已經不是窮衰神的對手，此時佐助靈感一現，想出破解窮衰神的方法 .... 。

影子神兵在山裡迷了路，後來他們發現一家旅館並投宿在那裡。事實上那間旅館是妖怪開的，而且那二個妖怪大太法師與山姥還是大魔王的弟弟與妹妹。最後在忍者超人的幫助下他們打倒了大太法師，但也勾起了山姥的強烈恨意，誓死要報仇，於是影子神兵與大魔王的最終決鬥也將展開 .... 。

控制了白面郎的大魔王，為增加妖界的能量，不但利用白面郎製造人類的仇恨，也讓在親情與正義間徘徊的鶴姬不知如何是好。大魔王為使影子神兵四分五裂，特命女魔頭施計，讓鶴姬手刃親父白面郎，但鶴姬卻遲遲下不了手 .... 。

由於佐助等人受到三神將的指點迷津，眾人重拾信心，再度聯手將女魔頭鏟除。另外，因太郎與次郎的犧牲，使得受到大魔王控制的白面郎終於脫離了魔掌，得以與鶴姬團圓。但這時大魔王突然現身，準備與影子神兵一決勝負。

忍者戰隊正要將大魔王殺死時，三神將出現點明愛，勇氣，希望與仇恨憤怒其實都是一線之隔，人類只有將仇恨鎖在內心的封印之門裡，人世才有和平的一天，忍者戰隊在了解到這點之後終於成功的將大魔王封在封印之門內。

為了贏得網球賽，煙卷想利用青蛙去嚇哈特利，想不到青蛙冬眠了，根本叫不醒，於是只好讓影千代假扮成青蛙。結果被哈特利識破，於是哈特利用催眠術讓影千代以為自己真的是青蛙，因此開始冬眠。

煙卷發明了新的忍術，讓新藏得了思鄉病。為了安慰新藏，健一他們把家裡佈置得像伊賀的老家，爸爸媽媽也盡力給新藏家的溫暖，希望能治好他的思鄉病。

老師有千里眼的能力，可以知道健一放學後行為。健一和哈特利都信以為真，想要偷學這種能力，最後才發現原來是老師藏了一個錄音機，偷錄同學的談話。