才藏與佐助兩人因被錢迷惑、受人利用，不慎將關有妖怪力量的封印之門誤開。但也因此展開兩人驅除妖道，拯救世界的使命。兩人在三太夫的指引下，與白衣忍者鶴姬相會，並在接受了先人的變身令牌後，成為影子神兵的一員。

才藏與佐助奉鶴姬命，尋找同伴晴海。而正遭河童夫婦追殺的晴海，因此解圍，並在鶴姬等人引領下正式加入忍者戰隊。但河童與長頸女妖施展妖術，令鶴姬等束手無策，幸好得到忍術秘笈的佐助趕到，與眾人攜手將妖孽消滅。

當佐助、鶴姬等人欲消滅妖怪時，突然一男子出面相助，原來他就是夥伴之一兒雷也。兒雷也一族早期為尋找忍術秘笈，移居海外。因知秘笈在妖怪之手，便潛入敵營。殊不知被識破身分生命垂危，幸好佐助等人相救化解了危機。

由於晴海被妖怪化身的警察逮捕，鶴姬等人不顧佐助的勸阻，欲前往搭救，但也掉進了妖怪設下的陷阱。佐助為救出夥伴，假扮妖怪潛入敵營。雖身份被識破，但在眾人的協力下，仍將妖怪一舉殲滅、繼續朝著下個目標前進。

才藏與小弟弟洋一因被妖怪操弄，掉進了妖怪設下的迷宮。原來這迷宮是多眼怪與塗壁怪殘害人類的一種賭博遊戲。逃脫出的才藏為救出陷入危險中的洋一，奮不顧身與敵人單打獨鬥幸好佐助等人即時趕到，才化解了這場危機。

塗壁怪為一雪前恥，決定與多眼怪對影子神兵的首領鶴姬下手。假冒王子的多眼怪利用妖術讓鶴姬誤以為白馬王子出現。雖然被騙的鶴姬發現了王子的真面目，但因身陷敵營無計可施正當緊要關頭時，佐助等人出現，化解了危機。