2009年，整个世界都在庆祝SDF-1的试航。SDF-1是十年前坠落到Macross岛的一艘外星飞船，被人类改造成了一艘战斗堡垒。在庆典上，Roy Fokker中尉因为SDF-1他年轻的朋友Rick Hunter自负的空中表演十分生气，但是当凶残的外星军队天顶星人对这艘战舰发起进攻时，所有的这一切都被遗忘了。

侵略者给地球带来了无数的灾难与摧毁。Gloval舰长明白尽管战舰还未经测试，它的成员还没有经验，也必须投入到战斗之中。勇敢奋战，在冲突中幸存的Veritech飞行员Rick Hunter遇见了Lynn Minmay－－一个被他营救的迷人的年轻女孩，也与巨人对手天顶星人遭遇了。

天顶星人对地球的攻击依然继续着，Fokker必须在Gloval舰长想法防止残忍的天顶星人摧毁SDF-1的时候营救Rick和Minmay。舰长的解决方案是通过机动空间折叠跳跃，将战舰传输到太空深处，避开侵略者。很不幸，这计划同时也将Macross岛和它的70000名居民带到了超太空。

Gloval舰长发现折叠系统失效，无法回到地球了。SDf-1的成员们拼命想法安抚并补偿平民们。其间，在这巨大的战舰偏僻一角扎营的Rick和Minmay为他们的生存努力着。

Macross城在SDF-1上重建起来。它的居民们，包括Rick Hunter和Minmay，试着重新开始他们的生活。但是这个努力又破灭了。Gloval舰长就在准备对付逼近的天顶星舰队时发现了怎样将SDF-1转换成机器人外形。人类击退了敌人，但又一次面临巨大的损毁的恢复工作。

Rick不想成为Veritech战斗飞行员，但不久他便发现他别无选择：天顶星又进行了进攻，太空堡垒护卫军们都目睹了这疯狂的暴行。Gloval不顾一切地尝试对异族军队实行机动闪电战，战斗在土星的光环中激烈进行着。