Tom和Diana在海滩揭开了4400人50年来的秘密，原来他们是被未来人带走后又送了回来。一年之后，世界已经完全不同了，尽管立了功， Tom还是因为不听从命令而被罚在办公室工作了一年 。 Tom的儿子Kyle一直都在NTAC的监控检查下，经历了多次的测试与实验，却没有任何新的发现。Tom的老搭档Diana恳求NTAC太平洋西北分部的新上司Nina Jarvis恢复Tom的职位。她还收养了Maia Rutledge，但是却没有注意到Maia有预知未来的超能力。

棒球运动员Gary Navarro消失了30年，再次回来发现自己有了一种新能力，他可以用耳朵听到每个人内心的想法，这使他无法忍受。他去求助NTAC，而上层领导却只关心他们如何可以利用Gary Navarro去了解Jordan Collier，而不帮助他重新回到正常的生活。此时的Tom被4400的调查占据了大部分的时间，却也在努力做好一个单亲父亲。Diana发现自己要应对新来的妹妹April，而 Richard Lily 和Isabelle则继续着他们的生活，但Richard却被女儿日渐明显的超能力所困扰着。　

在消失了16年之后， Trent Appelbaum 回来发现自己的妻子已经过世了，并且给女儿留下了沉重的经济负担。但是Trent的好运很快出现，他发现了自己有了一种新的能力，就是能够迅速的减轻自己的体重。现在，500家大公司挤破他家大门，要用重金买下他将减肥能力投向市场的权利。可是后来却发现，用他的方法减轻体重的人并没有成功。与此同时，Richard Lily 和Isabelle 在4400中心终于找到了放松的机会，因为一个明星加入了Collier。Kyle试着让自己找回他丢失的少年生活，他参加了一个兄弟聚会，却发现太多的快乐也会带来危险。

离开30年后，重新回来的中学教师Heather Tobey发现了自己的超能力。她可以将一些学生在音乐或者是艺术方面的天赋发掘出来。尽管对于很多家长来说，这看起来是一件大好事，可是仍然有很多家长认为她的能力具有威胁性，很有可能对他们的孩子造成伤害。这些持反对态度的人还起诉 Heather 虐待儿童，想以此来阻止她为孩子们上课。 同时，Richard在毫无防备的情况下被警察拘捕，因为他被认为在4400中心善离职守。然而他没有想到，救他出来的人却是Jordan Collier；Shawn和一群离家流浪的孩子混到了一起；Kyle的困惑也越来越多。

在 Maia 告诉Diana 她有预感Jordan Collier 将会被杀害之后，NTAC提高警惕，特工们加紧调查可能的暗杀者。Tom的麻烦仍然来自与家里，儿子Kyle不断的在寻找自己丢失那一段时间的原因。同时，Lily与她的女儿 Heidi团聚，但是当Lily把Heidi介绍给Isabelle时发现，这个婴儿并不接受这个外来的姐姐进入他们的生活； Shawn把街头的小男孩Liv带回了4400中心，想让他离开街头流浪的日子过好一点 ；NTAC传唤Diana交出Maia关于自己预言的日记。

Tom Baldwin 醒来之后发现他的生活已经发生了巨大的变化：他有了一个新妻子，他的儿子Kyle是一个医学专业的学生，而且更加让他烦恼的是，竟然从来没有人听说过4400。除了他还是一样和Diana在国家安全局工作以外，所有的一切都和24小时前不一样了。 唯一让他感到安慰的，就是他的新配偶Alana是4400中的一员。原来他现在生活的世界是未来人为他创建的一个圣地。 Tom面对着一个选择，究竟是要留在这个完美的世界里还是要回到过去的生活，不确定的未来掌握在自己的手中。