从原始兽投靠过来的毒蜘蛛，体内仍有原始兽的壳程序，猩猩将军想为她删除该程序，重新启动她体内的巨无霸指令，以使其成为真正的巨无霸。便毒蜘蛛误解了其中的意思，以为大家不信任她，遂离开了基地。途中她遭遇到了金属变体恐龙，危急关头，爱人霹雳侠赶到，他和猩猩将军救了毒蜘蛛，并劝其重新归队。

远星一号保护着无敌龙的方舟，所以他更加肆无忌惮，要用拦截光消灭巨无霸。但是这项任务要派非电子星人去完成，原始兽们把目标对准了高级类人猿，乌娜被他们抓去了。拦截大炮安装成功以后，无敌龙以为胜券在握，没想到最后却被炸得毫无反抗能力。

刚刚从原始兽归顺到巨无霸的毒蜘蛛一心想变成金属变体，但她体内的原始兽壳程序正在蜕变，如果继续下去，会影响到她的巨无霸核心意识。众巨无霸决心挽救她。但是原始兽也查到了一切，他们过来捣乱。大家都认为已经死去的毒蜘蛛又活过来了，但她已经改头换面。

心怀不满的狼蛛厌恶了无敌龙的统治，背叛无敌龙，控制了远星一号，他妄图毁灭一切。局势危在旦夕，核心即将爆裂，猩猩将军马无敌龙立刻放弃，然而固执的无敌龙自称不懂投降，只知征服。结果事情并非如他所预想，最后只落得一场空欢喜。他再次燃起复仇之火，巨无霸更加坚定了赢得这场战争的信念。

狼蛛不顾巨无霸和原始兽两只巨大势力的威胁，一意孤行，继续他破坏方舟的活动。他企图消除外星在虎鹰俩的影响，把虎鹰控制在自己的手中。紧急关头，猩独将军出现在虎鹰面前，然而时过境迁，亲人相见不相识。原来虎鹰便是白虎和飞剑的新生，老朋友终于回归自己的队伍。

经过漫长的战斗之后，最终结束地球争霸战的最后机会终于到来了。当前，巨无霸的首要任务就是找到无敌龙，然而此时的无敌龙仍在进行着垂死挣扎，他幻想建立新的殖民地，重振邪恶之威。急先锋自告奋勇，全力出击。就在大家以为胜利在握之时，却出现了无敌龙操纵的“报应号”。