由于无敌龙拥有变形争霸史上最在威力的魔幻战船，他的气焰更加嚣张。他以历史代言人自居，扬言要捣毁一切，统治全宇宙。猩猩将军好言相劝，他置之不理。最后，经他亲手克隆出来的恐龙勇士终于良知再现，结束了他的罪恶。正所谓黑暗走到尽头，终将迎来光明。

猩猩将军遭到一群机器人士兵人追杀。在逃亡过程当中，他先后遇到了昔日的战友精灵鼠、豹司令和毒蜘蛛。四个众谁也不会变身了。猩猩将军意识到与他们相遇不是偶然，而是有人指引。最后，他们来到一个地方，见到了圣贤电脑。圣贤电脑把猩独将军的电脑与矩阵接通，为他们重新格式化，使他们重新具有变身能力。

猩猩将军等不知为何变成了机器和动物的中间体，无法完成变身了。为了摆脱野兽形态，他们必须找到自身的平衡。在电子城，三人再次遭遇无敌龙，他猖狂地称电子星已成为他的领地，也就是变形机器的世界。猩猩发誓一定要结束这场恶梦，争霸之战将再次拉开帷幕。

在毒蜘蛛的记忆深入，总能听到一个深情的声音在呼唤。为了回忆起以前的事，毒蜘蛛保持机械形态深入虎穴。担心她的精灵鼠也尾随而至。无敌龙的新手下一利剑飞船、暴风摩托和坦克战车对他们百般阻挠。就在千钧一发之际，猩猩将军及时赶到，他不想失去任何战友。

猩猩将军等四人出来寻找将军吉星和霹雳侠的火种。猩猩将军总有一种感觉，它们就在附近。无敌龙的三个爪牙正在四处寻找巨无霸们，想把他们消灭得到无敌龙给的奖励。猩独将军感到坦克车的火种很熟悉，设法与他沟通，并一度说服了坦克战车。可是，无敌龙很快又控制了坦克战车。回到训练基地，猩猩将军陷入深深的深思当中。

猩猩将军、豹司令、毒蜘蛛、精灵鼠一行在迷宫中遇到了大战的幸存者——蝙蝠侠。在蝙蝠侠的诉说中，他们了解到电子星的过去以及他之所以能够幸存下来的原因。他们知道要想解救电子星，必须解开未来种子之谜。为了解救蝙蝠侠，猩猩将军身负重伤，他的行为感化了蝙蝠侠，最后，大家齐心协力打败了无敌龙手下的进攻。