霹雳侠终于回来了，巨无霸们非常高兴。但是不知道为什么，大家争吵起来甚至大打出手，就连毒蜘蛛和霹雳侠也不例外。万般困惑的猩猩将军被无敌龙“请”走。猩猩将军意识到问题的严重性，他很清楚又是无敌龙在捣鬼。原来霹雳侠感染了一种可以传染的“仇恨病毒”，团结一致的巨无霸终于战胜了理论上不可消解的病毒。

猩猩将军决定率众勇士前往坠毁的飞船寻找幸存者，不料途中遇到一株奇怪的植物的袭击。就在大家不知如何应对之际，猩猩将军通过重新格式化唤醒了怪植物。原来怪植物真实的身份也是巨无霸，名为树神，只是中了无敌龙的毒。修复之后的她为猩猩将军的队伍注入了新的力量。

巨无霸的力量壮大了，而原始兽只剩下暴风摩托一个干将，又一再打败仗，于是无敌龙用他抢来的火种又做两个将军，大力神和金刚侠。这两个人是天才的军事专家，他们假装失败，把全体巨无霸引入一个无法逃脱的地方，想抢走他们的火种。这里，一心只想搞研究的树神受到火种的启发，及时赶到，救出了被困的巨无霸。

猩猩将军命勇士分头去找火种，被分到一组的精灵鼠的树神起初似乎都不大情愿，然而两人在战斗中建立了友谊。火种没有寻到，却寻到了无敌龙，他狂妄地称猩猩将军的末日已到，因为他下载到了圣贤的信息。然而道猩猩将军技高一筹，他也借机进入了无敌龙的信息库，并掌握了火种的确切位置。

无敌龙夺取了大量的火种，企图实现机体的升级。猩猩将军他们兵分俩路去侦察无敌龙的行踪。他们邂逅了一个新的生物——魔幻龙。在阻止无敌龙升级的过程中，魔幻龙英勇牺牲。在他精神的鼓舞下，巨无霸们决心战斗到底。

巨无霸正沉浸在消灭无敌龙的快乐中，但是教训提醒他们，无敌龙也许还在苟延残喘。正如他们所料，无敌龙变成了一个电子，它要收拾掉巨无霸，因为只有巨无霸的火种里存在可以对付电子的正电子。幸亏精灵鼠及时识破此计，并把电子极化。无敌龙束缚在一个非常小的躯体中，但是他并没有屈服。