两头怪兽的出现打破了和平地球的寂静，怪兽在日本登陆后，直冲某个地点，那里有的古代文明的遗迹…..。超级能量小队的队员在与怪兽的战斗中，得到了传说中的巨人迪迦的帮助。

在一座岛上，连续发生了人变成石头的怪事，这一切都是住在岛上的怪兽所为，超级能量小队用强化了的威力武装后，击退了在岛上暴乱的怪兽，但是另外一头怪兽出现了。

在超级能量小队壹如玛队长的面前，出现了一位守护地球的外星人，他要求队长认可他成为人类的保护者。但是队长深信奥特曼迪迦才是人类的保护者。

从宇宙飞来的威猛怪兽，吞食了搭乘着地球人的宇宙飞船。但是，地球驾驶员员并没有完全失去意识，信成君拼命唤醒同伴们，齐心协力来战胜怪兽。

北川市沿岸漂着怪兽的尸体。超级能量小队开始处理这一情况，但是怪兽复活了，只有烧毁它才能消灭它，副队长又再次确立新的战斗方案，去迎战怪兽……

奇妙的云彩接近着地球。超级能量小队队员可力君推测这是否是居住在空中的怪物…….。当怪兽出现的时候，他追问到了怪兽的特殊语言，并实现了他恩师的遗愿，尝试着与怪兽交流。