突然间，出现了打击人类的外星机械兽。在太空中做推进系统试验的超级能量小队RENA目睹了在宇宙里有的机械兽的浮岛。地球面临着危机。

奥特曼迪迦从企图自爆的浮岛那里脱身后，超级能量小队对机械兽的零件进行了调查，查明了包括机械娃娃和机械岛在内的系列事件的幕后者，抓出幕后者，除掉心患，奥特曼迪迦再上征途。

具有人类头脑的的魔神，它的所到之处，都有个叫“愉快伙伴”剧团的出现，超级能量小队对剧团的明星进行了调查，原来这些明星与魔神有千丝万缕的关系。

因与宇宙观察中心断绝了联系，超级能量小队前去调查，在附近的神奇磁场的影响下，不知为何，村里没有了人影。在那里救出的女性说着语无伦次的话“雾来袭击我们了”，原来难对付的寄生怪兽作的怪，奥特曼迪迦与寄生怪物展开了激烈的战斗。

有一天，地球人受到了名叫NAGA的异星人的袭击，作为地球保卫战士的恐龙类人类。在得知战斗时，自身内脏中的中性子炸弹会使地球上的半数生物至于死地时，它们动摇了……只能再度求救于奥特曼迪迦。

连续接到北关东的利户间町发生的怪现象报道。超级能量小队前去调查。事件的背后好象与怪兽有关，有位少年说听到了怪兽的声音，可是这位少年有爱撒谎的毛病，究竟怪兽是否存在呢？