在九州，熊本出现了怪兽，GUTS立即出动了。大古驾驶的胜利1号，显示了奇怪的反应。神秘的男人对大古说“等你多时了”。大古为了抵御怪兽的进攻，变身后……

有位呼唤着大古的男子，他具有着变身为奥特曼的遗传因子。从大古那里夺取了变身工具的男子，成为迪迦后，想制服怪兽。大古对自己的无力感到非常悔恨，就在这时……

有一天，在地球上，曾经在太古地上开花的植物又出现了。这种植物的花粉有着可怕的幻觉作用。太古的人类成为了它的幻觉俘虏，由此而灭亡。难道又要难逃这一命运吗？大古作为一个普通人将挑战命运！

星野一直在拍电车周围的风景，发现了从海上有怪兽在接近。但是GUTS经过周密的调查，全然没有发现怪兽的踪影。大古RINA相信星野的直感，又一次奔赴了现场，就在这时……

HORI在拍拖时发生的电力异常事故，是细胞被移植后的猴子所造成的。HORI为了解决这一问题，把研究所里所有的数据资料都清洗掉了。这时，他又和SAYAKA见面了，SAYAKA也是从悲剧中重新站立起来的。

TPC的月面基地全军覆灭了，唯一的生存者，证言犯人是HAYATE队长，曾经是他战友的IRUMA不能相信这一事实，IRUMA的提案也遭到总监们的拒绝，谁能想到这是外星人隐藏的阴谋呢……