曾经在无数的候补中被选为留姬的拍档，妖狐兽誓要成为最强的数码暴龙。但是对无论怎么战斗也不能进化的妖狐兽，留姬的焦燥也越来越厉害。就在这时候初次的危机袭击2人，牺牲自己去守护留姬的妖狐兽的姿态大大动摇留姬的心。然后就在2人的心相通的瞬间，妖狐兽出色地实现了九尾狐兽的进化。 某日基尔兽造了个不可思议的梦。那是一个基尔兽会离开启人走去另一个世界的梦。启人从基尔兽口中得知这梦而感到不安，于是找李健良及留姬讨论，但从2人得来的是出乎意料的严酷意见。 本来数码暴龙就不该存在于这个世界。由数据所生的事物最终会返回数据。对2人那样的说法启人背耳不听，只希望能和基尔兽继续在一起。但是这个愿望却违背了他，恐布的事情终于现实化了……在启人的眼前基尔兽的身体开始分解为数据了！ 基尔兽变成数据及消失了。到底启人能否再次与基尔兽见面呢？为了取回基尔兽，启人的冒险开始了……

在启人的眼前基尔兽变成数据及消失了。虽然受到冲击但启人仍相信数码器连系着两人，并出发去拯救基尔兽。而启人的这模样也深深地打动李健良及留姬的心并开始协力。初次合力的3人，在异空间出色地成功救出基尔兽。就这样看来启人与基尔兽应该会更加紧密的互相连系，但是…… 面向书桌入迷的启人，先前还拚命的挥动铅笔，当然是做他的数学计算……至奇，是数码暴龙绘图至真。画下基尔兽进化后的想象图，又大又强的身体，头上长有2只角，而牠的名字就是……大基尔兽！ 但是在启人越来越期待基尔兽的进化时，一出乎意料的新闻飞进了他的耳内。最近，在中央公园据说有一个以惊吓情侣为乐的调皮者。 启人最先就想起基尔兽及显得很担心。听到“犯人是小朋友”的目击口供后总算安心了点，而老师及警察的巡逻则变得越来越严密。 假如基尔兽被警察抓住的话……不安的想法占据着胸口，启人穿梭于老师及巡视的警长并奔跑于晚上的城市。但是等待着总算跑过的启人的却是，基尔兽那意想不到的说话…… 由小小的误解所引发的启人与基尔兽的初次龟裂。在团体合作凌乱的2人前，强敌．邪龙兽的利爪迫近！到底启人与基尔兽能否跨越这九死一生的危机呢？在西新宿的夜空里大基尔兽的咆哮正在回响……

以惊吓情侣为乐的真正犯人原来是小妖兽。启人对自己怀疑基尔兽感到羞愧，看到在战斗中被弄得惨不忍睹的基尔兽终落下泪来。而回答这情感的是基尔兽进化成大基尔兽，把强敌邪龙兽出色地打倒了。但是…… 在西新宿的夜空里回响的野生的咆哮。失去理性露出狂暴本能的大基尔兽的模样令启人觉得十分恐布。好不容易才能看见的进化……不断自责沮丧的启人的眼睛又再次浮现出眼泪。 不过当接触那些眼泪的瞬间，大基尔兽变回平时天真无邪的表情了。2人高兴地互相拥抱。但可惜的是那完全没有解决问题，身体直至何时仍是大基尔兽！ 在启人面前的是为大基尔兽的巨大体形而烦恼。再这样下去连家也入不了，还很可能会给人发现。为了变回原本的基尔兽的模样，启人想出这个那个的作战，但是…… 到底大基尔兽能否变回原本的基尔兽呢？启人与基尔兽的二人三足的大奋斗开始了……

启人为了令大基尔兽变回基尔兽而进行大奋斗。虽然想出来的作战及特训怎也没有，但启人拚命的情感终于感动了上天，令大基尔兽平安地变回基尔兽。但今次的事件也衍生出新的疑问。数码暴龙的进化到底是什么回事…… 数码暴龙的进化是什么回事？留姬比谁人更在意这个疑问。完全没有累积经验，也没有读取其它数码暴龙数据的基尔兽也可进化，留姬怎也不能理解。 当够强便可进化。留姬一直也这么相信，而与妖狐兽一起重复无数次无情的战斗。但是那样并不能说明基尔兽的进化，就连妖狐兽第一次的进化也是…… 进化是什么回事？自己与妖狐兽的关系又是？总也找不出答案的留姬向妖狐兽无理的发怒了。完全不能理解那样的留姬的心，妖狐兽很困惑。然后闯入这2人的裂缝的白影也俏俏地靠近留姬…… 力量就是一切。冰恶魔兽为了得到更强大的力量而企图要把留姬成为其拍档。在追求力量时与妖狐兽之间开始萌生出友情。面对困难的选择留姬所得出的答案是……

数码暴龙是什么回事？进化又是什么回事？冰恶魔兽的魔爪正俏俏地靠近开始抱有疑问的留姬。为了令留姬成为其柏档，冰恶魔兽骄傲地展示那些过去打败过的数码暴龙的标本。过去的自己就如冰恶魔兽般只追求强劲，留姬受到不少的冲击。虽然因妖狐兽及启人的活跃而得救了，但是留姬却不能整理其心情，不理会妖狐兽地独自走了…… 浓雾突然在十字路口扩散。感到将有数码暴龙出现的大耳兽进入战斗状态，但李健良却坚决地不允许。正当李健良要无理地把撒娇的大耳兽带回家时，数码领域就在他们的眼前实体化了。然后就在数码暴龙完全实体化的一刻……山木发出的Yuggoth把数码领域以及数码暴龙一同消除了！ 大耳兽十分不满数码领域被消灭。虽然李健良不断哄牠，但却察觉到自己并不能解答大耳兽经常提出的质问：“……喂，阿健，为什么我不可以战斗呀？” 大耳兽是朋友。不想看见朋友厮杀。但大耳兽却很想战斗。否定战斗即是，否定牠是数码暴龙……李健良对一直所追求的自己与大耳兽相遇的意义开始动摇。但是命运并没有给予他时间找出答案，2人再次卷入战斗之中……该被Yuggoth消灭的的数码暴龙竟再次出现了！ 誓要向人类报复，在城市暴走的这只数码暴龙。只有自己与大耳兽才能守护人们。在极限的状况下李健良好不容易得出的结论是？现在就是抉择的时刻……

为了从暴走数码暴龙之中守护人们，因为只有自己与大耳兽才能做到。阿健终于凭着自己的意思决意战斗。回应这想法的大耳兽进化成加鲁哥兽，把强敌武士兽出色地打倒了。稍微有一点理解自己与牠相遇的意义，大耳兽与阿健的羁绊更加紧连。但是正有一个人影用严肃的脸看着他们，那就是…… 等待放学回家的启人及阿健的太阳眼镜男子……目击了他们在警卫下战斗，他就是网络管理局的山木。山木忠告启人及阿健别再玩那些危险的游戏，虽然他只说了这些，但山木的说话却令启人他们留下不祥的预感。 另一方面已经1人的驯兽师留姬，依然不能整理其心情。即使分离也始终担心妖狐兽的事。尽管知道只要叫一声妖狐兽便会回到她身边，但始终不能开口。 妖狐兽也一样抱着不能干脆解决此事的情感。为了埋没失去留姬的空白，妖狐兽不断重复那些证明自己强劲的战斗。但是留姬所看见的这个妖狐兽的模样却是，1人战斗的妖狐兽已不需要自己，再次不理牠了。 虽然互相想着对方，但留姬及妖狐兽却擦身而过。2人再也不能成为拍档了吗？还有接触启人他们的山木的真意是？各人的命运已大大的变动起来了……