从南大门起，无数拱形的门一直线伸延至遥远的彼方。启人他们留下博和、健太、守卫兽及小春，向朱雀兽的居所朱雀门前去。 感受到朱雀门内骇人的「愤怒」，基尔兽露出锐齿呻吟，九尾狐兽的毛全部竖起。伴着像大地震的振动，巨大的鸟型数码暴龙朱雀兽那巨大的身影出现了。牠就是四圣兽．朱雀兽。牠的庞大身躯令众人哑然。对于要取回古乐兽的启人他们来说，古乐兽本来就是这地方的东西。 转为启人攻击，但对巨大的朱雀兽而言却丝毫不动。相反朱雀兽的一击便把众人吹飞了。朱雀兽的业火，不仅数码暴龙，连留姬他们也一拼攻击。众数码暴龙以自身为盾坚决保护众小朋友。机械基尔兽及道士兽因受到损伤而站不起来，而音速兽也伤痕累累地勉强站起来强抗！

撒多格杜兽的攻击也不行，赤红的光从瓦砾的山的内部向四方发放，朱雀兽以不死鸟的姿态再度出现。众人对于他的不死身哑口无言，但也得继续战斗。竭尽全力进化并再度出击，勉强地支撑着。不过已经再没有办法了。此时上空的厚云发光，雷像矛般飞射，并于某处落下。从云中出现的是，巨大的，非常巨大的青色的龙，四圣兽．青龙兽。 启人他们从青龙兽口中得知了一件震惊的事实…… －白虎门－ 那是一个山水画的世界。机械龙兽抱着阿辽，飞跳到瀑布旁的岩石。机械龙兽感受到非常强大的气息，于是便向那里前去。那里有四圣兽的一员．玄武兽。玄武兽为四圣兽白虎兽而留守在这里。而机械龙兽所感受到的强烈气息并不是玄武兽，而是从背后的谷底所发出的。白虎兽该是在和什么东西进行炽烈的战斗。谷底好像有什么来路不明的东西开始行动。

真正敌人原来是消除数码暴龙的程序．帝厉魔(D-Reaper)。垃圾是理所当然的，但接着连数码暴龙也会被消去。四圣兽加强警戒。另一方面悲痛欲绝的树莉，始终没法忘掉失去狮子兽的悲伤。启人他们对于如何与帝厉魔(D-Reaper)战斗感到苦恼。帝厉魔(D-Reaper)为了得到进化的力量而侵略数码世界，那力量之源就是古乐兽！要快些拯救古乐兽才行！那里已经有人乘着数码暴龙来了。他就是乘着机械龙兽的秋山辽。

启人他们得到四圣兽强力的帮助，终于救出古乐兽！！不过，帝厉魔(D-Reaper)的泡刮到空中，众人再次笼罩在紧张之中。真正敌人全力攻进来了。 下定决心的四圣兽围着古乐兽的四周，古乐兽的身体也急速上升。然后古乐兽进入暝想，牠额上的三角标记开始发出金色的光辉！！接着很多数码精灵从四周集结，化成光之女神的姿态，把古乐兽抱于胸中。光辉不断增强，在女神腕中的古乐兽要变回本来的姿态……。 另一方面在新宿，山木他们利用Hypnos想把启人他们送返现实世界，一直在准备。山木发E-mail至启人的掌上型机械，叫他们乘坐Ark(方舟)返回现实世界。若然找到Ark的光之轨道的落点，启人他们便能返回现实世界了。

阿健的父亲他们得到了世界各地的人们的帮助，终于成功送出方舟．Ark，并出现在数码世界中的启人他们的面前。已经没有时间了。为了返回现实世界，启人他们怱忙地乘上Ark，但是仍看不见留姬及妖狐兽的身影。留姬他们找小妖兽去了。 Ark低沉地说要升高一点，于是便开始上升。为了搜寻还没回来的留姬，阿辽及机械龙兽便飞了出去。轨道绘出弧线，一直伸延至现实世界球。还没载上所有人的Ark开始慢慢地上升了。

启人他们从数码世界平安回来，与各自的家人离开东京。树莉因没人接送，启人便送她回松元。在回程时，启人从电视新闻中得知了新宿的超高速大厦郡正被一片赤黑起伏的帝厉魔(D-Reaper)所侵蚀。 留姬及阿健也从新闻中看见此事。不过阿健的父亲．镇宇劝告他：今次的异常现象便交给大人来处理吧。两人虽然想到新宿，但又想留在亲人身边，内心不断地争扎。 启人乘坐电车返回东京。预定在八王子转车，返回父母被疏散到的逗子那里。不过他很担心新宿的情况。启人为了去那里而感到苦恼。电车终于到达八王子了。