与启人分开了的基尔兽等人。 突然所站的地方液体化，健太、博和、树莉、留姬、妖狐兽及基尔兽都跌下去，降落到一个小世界古事记。留姬他们的出现，令安杜路兽提高警戒。 怪蛙兽对每次安杜路兽坏了都得修理感到厌烦。 怪蛙兽运送着大木桶，可是内里放着的却是博和、健太、狮子兽、妖狐兽、基尔兽及及留姬。怪蛙兽在运送贡物给八头蛇兽时，狮子兽他们佷有气势的飞出来。八头蛇兽说喝酒再没比喝酒能变得强，牠的强劲力量复活了。树莉后悔给八头蛇兽喝酒，得博和及守卫兽的鼓励，树莉尝试CARD SLASH，消灭了八头蛇兽。最后博和竟然成了守卫兽的驯兽师。

启人他们到达了水中。在阳光刺眼的蓝天下，黑色外表的MIB也在。 启人他们怎么样也不能脱身。当看荧光幕时发现山木传来的E-Mail，写着“没事便最好了。祈望奋勇战斗”。在众人的父母面前山木出现，从计算机可看到启人传来的E-mail！向父母问好。Send E-mail的机器被水弄湿了竟也能动。这里的水根本不是真正的水。今次，潜入水中也没湿！成功了！ 被指导的出口在强行通过时竟有触电的感觉。一行人出了出口后好不容易才走到水之宇宙。在那里数码精灵不断轮流飞舞。相信该是阅览室的地方浮着一艘与巨大的D-Ark很相似的物体。在那里有一位不思义的男人．水野，开始说出一件不思议的事情……

小春因大耳兽的不在而感到寂寞。当在公园游玩时，落入了突然出现的地带。在那里有一只很大“兔子”的数码暴龙。另一方面，乘着交通工具在水世界移动的启人他们，大耳兽听到小春的声音。启人他们降落到数码世界。 镇宇对山木说了一段话：“我们已经没有了，创作那些可以自行进化的人工知能。那时我们充斥着幼稚的雄心壮志。不竟如何侵犯神的领域也是不该的，但是SHIBUMI却抱着不同的想法。” “李先生，那是！”镇宇因山木的叫声而仰起头。 小春在滑梯顶。不过……那里出现了地带。在地带中的小春，在那深处的方舟的窗口中看见大耳兽……

启人与阿健他们从黑大耳兽口中得知了古乐兽该会在四圣兽的领域。启人说要往那里去，而阿健则心情不好。因为妹妹小春也在。在阿健踌躇时突然响起了一道爆炸声。在闪光与烟雾中响起了引擎的声音。正是堕天地狱兽。 变成究极体的堕天地狱兽，要实践与神将的约定，到来打倒基尔兽他们。音速兽拚命的攻击对堕天地狱兽来说就像蚊叮一样。然后那枪口对准着启人他们。启人用尽全身气力呼叫“基尔兽──”。启人的声音到达远处的大基尔兽，由那道光之柱传来的！大基尔兽毫不犹豫地跳进去了…… 就在启人他们千钧一发间，大基尔兽他们赶到来了。不过，就连九尾狐兽及守卫兽的攻击也伤不到牠。就在堕天地狱兽给予九尾狐兽致命一击时，狮子兽从后抓住牠。因为教导堕天地狱兽的缘故，堕天地狱兽的爪无情地贯穿狮子兽的胸膛了。 因愤怒而忘我的启人为了进化，一道闪光突然出现，就像启人那巨大的分身，灭世龙兽出现了，不断地向堕天地狱兽攻击。

大基尔兽进化成究极体了！不过，那巨大的猛兽模样，完全超乎启人的想象。全因狮子兽被杀，那愤怒而驱使的进化……这异常进化的究极体灭世龙兽，已经听不进启人的声音了。 那力量令大地裂开，附近一带也被波及，那力量竟凌驾于堕天地狱兽，牠的存在就只是要不断进食。就连摩虎罗兽也感受到那场力量的冲突正威胁这个世界。就在从旁干涉时，竟被堕天地狱兽量子分解而被吸收了。 濒死的九尾狐兽为了阻止他们的战斗而进化成道士兽。不过也与音速兽一同被量子分解吸收。阿健运用机智使用“假身”卡，用分身替换而成功脱身，但完全体的力量被堕天地狱兽吸收了。不断吸收力量的堕天地狱兽因不能承受力量的反冲而开始暴走，竟压倒灭世龙兽。灭世龙兽被打败，启人很担心牠，而堕天地狱兽无情的枪弹正要迫近他……

基尔兽真正的究极体．红莲骑士兽诞生了！ 那就是基尔兽与启人一体化后的骑士姿态。 红莲骑士兽脚蹴大地，向堕天地狱兽展开激战！！二头究极体炽烈的战斗展开了。 在这机会下，朱雀兽向招杜罗兽落下命令，把那个虽是神将，却成为了启人等人的同伴的黑大耳兽打倒。 还有独个儿，因地面的分裂而与大家分离在别的小岛上，心情郁郁不乐的树莉。 就连2大究极体那样炽热的激战，也不能映进眼帘…… 阿健看见小春不断抽泣地紧握D-Ark。在启人及基尔兽之间，一道光落下，从光中出现了新的D-Ark。