一位老奶奶念念不忘寻找六十年前的杀父仇人。乱太郎为帮她，去调查乱气流道场她的仇人仲口水塘，却发现是一场误会。老奶奶为此虚度了六十年的时光。

院长出主意，众人要度暑假必须解一道难题。乱太郎他们在解题中又学到了不少忍者的知识。

院长办公室的字画接连被毁坏。乱太郎他们所在的一年三班负起破案的任务。作案者原来是院长自己。

阿美的父母听到了“神的御告”，“神”让他们将阿美嫁给一个路过的和尚。一番调查之后，在家发现是院长的朋友，会“变身”的龙王丸捣的鬼，乱太郎他们找来了龙王丸的太太……

在这一集里，乱太郎、山田老师等人帮舞竹城主用计谋夺回了被侵占的舞竹城。

不会游泳的海盗又回来了，这一次他丢失了他新造的船。乱太郎一行找到了偷船贼棉田八方斋的老巢，设计炸毁了他从船上偷的石火炮，夺回了协荣丸的船。

新兵卫和阿丸为了小事闹上了小矛盾。新兵卫寻找“好朋友护身符”，想恢复和阿丸的友谊。山本老师用“变身术”化身为一个老奶奶，给新兵卫以启迪。他们三人的友谊更加牢固。

秋天是考试的季节，乱太郎、阿丸、新兵卫想尽办法考试作弊，土井老师却将考场挪到室外。

乱太郎一行去三馆城寻找过卫门被夺走的家传宝刀“极乐丸”。他们用“调虎离山”计潜入城中，找到了那把宝刀。却看到三把怪刀引发的一串怪事。