武士新出茂桥郎垂涎老奶奶家用做狗食钵的珍贵茶碗，为得到它，他派忍者放火烧了老奶奶的房子。大家去茂桥郎家夺回宝碗，教训了茂桥郎。茶碗也不慎跌碎……

忍者齐王丸到学校重新学习基本功，和失散多年的姐姐食堂大娘骨肉重逢。为了成全他们姐弟，山田老师决定辞职。

乱太郎他们和三个女生分别去找一千年才长一次的神奇蘑菇，被守护蘑菇的“鬼怪”抓住，要把他们煮了吃。

乱太郎、阿丸、新兵卫在新学期开始以前要为上学期不及格的科目补考。山田老师教他们“引蛇出洞”术去偷土井老师的考试题。

一年三班来了一个新同学喜三太郎。大家以为他是富家子弟，对他大献殷勤。

乱太郎三人和二年一班的高才生天才丸和救才丸比武，这一场比武还憋着双方老师的较量。乱太郎、阿丸、新兵卫开始表现不错，最后一招时，却前功尽弃。

三年班的同学义贺齐丢失了他的宠物淳一和纯子。大家分头寻找这两个毒蛇和蝎子。喜三太郎和新兵卫不认识这两只毒虫，无意中把它们油炸和清蒸，义贺齐悲痛欲绝。

乱太郎三人对学业缺乏自信，破罐破摔，土井老师和院长设计要帮助他们恢复自信。

葡萄牙人卡斯特罗丢失了他的宝坛，乱太郎他们抓住小偷八方田贪心又迷信的特征，装神弄鬼，逼得他将宝坛交还给卡斯特罗。