故事开始于宇宙深处，镜头慢慢转向了一个金属星球——赛普特恩。画外音开始讲述赛普特恩的历史： "几百万年以前，在一个名叫赛普特恩的星球上存在着智慧生命。但他们不是我们所熟悉的生命形态。在星球居住着有思维和感情的智慧机械体—变形金刚。变形金刚分为汽车人和霸天虎。残忍的霸天虎们唯一的目标就是彻底统治宇宙，他们计划要消灭热爱和平的汽车人。一场正与邪的战斗席卷了整个赛普特恩，丰富的资源几近匮乏。汽车人们在这性命攸关的时刻勇敢地选择为生存而战” 千斤顶和大黄蜂从一个地下出口爬了出来。他们发现了一些能量棒，并准备将他们送往基地（名为Iacon）。在路上，他们遭到了霸天虎红蜘蛛，惊天雷，闹翻天的阻击。他们尽力摆脱了敌人，回到基地。 此时此地，声波正在监视着汽车人基地Iacon，他放出激光鸟前去侦察。激光鸟窃听到了擎天柱，爵士，警车和开路先锋的对话，得知他们正准备实施一项能量搜寻计划。声波立即向霸天虎的领袖威震天报告。威震天决定跟踪汽车人，他委托震荡波在他离开时全权管理赛普特恩。 汽车人登上了他们的宇宙飞船方舟号(the Ark)出发了，霸天虎们也乘坐暴影号飞船紧随其后。途中，两颗小行星在方舟号前相撞，造成了大量的流星体，汽车人运用激光在流星碎片中剖开一条道路，霸天虎尾随不舍，暴影号的行踪被警车发现，汽车人想再次运用激光摆脱霸天虎，然而能量已经耗尽了。霸天虎把暴影号靠上来与方舟固定为一体，并攻进了汽车人的飞船。激战中飞船航向失去了控制，两艘船驶入了一地球的引力区，方舟带着所有汽车人和霸天虎急速进入大气层，他们坠落在一处火山脚下，变形金刚们开始漫长的沉睡。 四百万年过后，火山的一次爆发激活了方舟的主控电脑——显像一号，它放出一枚探测器调查这个星球的情况。探针发现了一架军用喷气机，并将影像传回飞船。显像一号修复了离它最近的一个变形金刚——闹翻天，并使他变形为一架喷气机。闹翻天把威震天的机体拖到显像一号前进行维修，然后两人把全体霸天虎都复原了，霸天虎们野心勃勃地决定洗劫这个星球的能源然后征服宇宙。离开方舟的时候，红蜘蛛向方舟开了一炮和依然沉睡的汽车人表示永别。方舟内，擎天柱的躯体受到震动，正好摔落在显像一号的修复光线下面。擎天柱也复活了！ 霸天虎们破坏了一个电站，并用站里的钢材建造新的基地。同时，红蜘蛛想要推翻威震天的野心变得越来越明显。 镜头再次转向方舟，擎天柱已经修复了所有的汽车人，同时命令探长和飞过山出发探察这个星球并搜寻霸天虎。他们发现了霸天虎的踪迹，探长准备返回向擎天柱汇报，但是飞过山却忍不住向威震天开了一枪。他没击中目标，反而引起了声波的注意，他放出激光鸟追捕偷袭者，探长被打落山崖，掉入山谷，飞过山逃回了基地。他带来了救护车返回救助探长。 惊天雷和照相机奉命调查汽车人的行踪，他们把一辆普通的汽车误认为是敌人。声波派出了机器狗发动袭击，霸天虎第一次与人类遭遇了。 钻井平台上，斯派克普拉.威特威奇和他的儿子斯派克正在工作，霸天虎突然来袭。他们抢夺原油并将其制成能量块。汽车人赶到出事地点予以阻止，霸天虎们带着能量块逃走了，但威震天在撤退之前破坏了原油平台使之下沉，汽车人和地球人全部落入水中，燃烧的原油覆盖着整个海面。擎天柱用尽全力拯救了斯派克和他的父亲。