与凌义分开后的希阳独自上路，流离浪荡来到绿荫市，因抢夺食物与身上藏着森林之光的小狗卡巴相遇，并结成患难之友。

另一边，延羽等人循着巴比逃跑的路线亦来到绿荫市，发现因森林之光被移动，整个绿荫市已一片死气沉沉的景象。寻找森林之光线索的延羽三人误打误撞之下与博物馆馆主相识，从馆主口中得知森林之光被藏在小狗卡巴身上，众人必须要抢在邪灵组织之前找到卡巴。而此时，希阳跟着小狗卡巴正朝着昆虫博物馆的道路前进，护主心切的卡巴急于回到博物馆去找馆主，这个时候却被四处搜索森林之光的邪灵组织发现！邪灵兵召唤出机甲要抢夺森林之光，危急之际希阳利用象影神兵顽强抵挡，在渐渐不敌的情况下，追踪着森林之光信号的延羽众人终于赶到。可是面对强大的独角恶灵与甲壳锹形，延羽众人渐处下风，最终森林之光被抢！

因为森林之光被夺，绿荫市的情况已进一步被恶化，面对动植物垂死的情况，焦急万分的延羽一众人却苦于无法击败强大的独角恶灵与甲壳锹形。这时博物馆馆主却道出每样生物均有其弱点，即使是被研究成机甲的绝种生物亦不例外。可是记载着独角恶灵与甲壳锹形弱点的数据却仍在被邪灵组织占据的昆虫博物馆中。众人于是兵分两路，延羽、凌义、希阳三人负责把邪灵兵和巴比等人引到昆虫博物馆外面，另一方面，嘉静与馆主趁机进入馆内，设法将记载有独角仙和锹形虫弱点的笔记本找出来。在延羽三人被巴比与邪灵兵团团包围，再次面对强大的独角恶灵与甲壳锹形渐渐不敌之际，馆主与林嘉静终于带着笔记及时出现。在得知敌人弱点的情况下，众人合力终于击败了敌人，再次夺回森林之光恢复绿荫市的和平！

绿荫市的危机刚刚解除，延羽几人却从馆主处收到来自于水属性城市水之都的危机，于是再次踏上旅途。众人追踪着水之都能源石——水晶幻石来到昔日的度假乐园水之都，却发现这里因为水晶幻石被夺的原因，地形变动，海洋生物垂死。当众人随着线索慢慢接近水晶幻石之时，却遭到发现几人踪迹的邪灵兵追捕，危急之际被一个叫基洛的人所救，并得到其许诺带众人前去寻找水晶幻石，却不知基洛接近众人竟然是另有目的……

而另一边，已得到水晶幻石的邪灵组织五将军之二的乔娜令手下将晶石运送转移到邪灵组织总部，这时候被侦察到信号的延羽等人阻拦。战斗中延羽却发现自已的召唤器竟然丢失了，而面对敌人利用海洋生物研发而成的寒冰雪魔渐不敌的情况下，凌义却丢下几个同伴追着被转移的水晶幻石而去。

凌义追着运送水晶幻石的邪灵兵而去，却突然受到一辆神秘机甲——赤焰战虎的攻击，战斗中，凌义为不让水晶幻石落到敌人手中，与水晶幻石一同跌落海中。

与此同时，水之都马戏团的团长为了拯救逐渐衰落的马戏团举行了抽奖活动，在寻找奖品的时候无意间拾得了延羽的召唤器。而另一边，从敌人手下逃脱的延羽一众人正四处寻找失散的凌义与丢失的召唤器，这时候突然于马戏团宣传单上发现延羽的召唤器的踪影，竟被用作马戏团抽奖奖品。延羽一行人为取回召唤器被逼听从马戏团团长的指使扮作小丑进行表演，心有不愤的延羽逐产生了偷回召唤器的念头，偷偷前往团长的休息室……

延羽和希阳前去团长休息室偷取召唤器，却无意中发现了马戏团带着快乐回忆的相册，得知团长强逼众人参与表演是为了保留水之都唯一的马戏团的用意。与此同时，团长也已得知延羽几人千方百计要取回召唤器是为了拯救水之都，于是决定将召唤器交还给延羽。就在延羽重新得到召唤器之时，并许下诺言一定恢复水之都和平之时，乔娜的手下莉莉带着邪灵兵杀到，战斗中神秘的赤焰战虎再次出现。面对敌人强大的水属性机甲，延羽和嘉静在战斗中渐处下风，几经艰难，最终嘉静利用新研发的招式终于将莉莉与赤焰战虎击退。众人取回召唤器之后立刻前去寻找失散的凌义。

而这时掉进海中的凌义被身为渔民的阿武两爷孙救起，并在机缘巧合下被执意出海捕捉已经死亡的鱼类的爷爷发现了跌落海中的水晶幻石！

延羽众人前往水之都各个地方寻找凌义的踪影，却发现了为找寻掉落海中的水晶幻石而捕捉大量渔民的邪灵兵，为救出众渔民，延羽几人追着邪灵兵而去。

另一边，渔船终于靠岸，凌义正想拿着水晶幻石前去与延羽一行人会合之时，却发现阿武的爷爷被邪灵兵所捉。凌义与阿武为救爷爷偷偷潜进邪灵组织关押渔民的废弃工厂。而此时，阿武爷爷却意外逃脱，路上遇到了失去了邪灵兵踪影的延羽几人，并带着一众人前往废弃工厂。前进的途中，基洛为不使延羽一行破坏邪灵组织搜索水晶幻石而召唤出赤焰战虎阻拦，却被三人合力击败。而这时的废弃工厂内，凌义、阿武为救渔民被邪灵组织发现，凌义的碧影角鳄不敌之际，延羽三人赶到。众人兵分两路，嘉静、希阳前去拯救被困的渔民，延羽、凌义经过一场恶战，最终将驾驶寒冰雪魔的莉莉击败，这时候，五将军之乔娜带着怒海兽神出现在眼前，趁延羽二人不敌之际，带着莉莉逃走。