延羽五人小队带着水晶幻石前往乔娜的城堡，誓要将水晶幻石归位恢复水之都的和平。众人途中经过一破旧的水族馆，被误将几人认作邪灵兵的海洋训练员玲珑攻击，误会解开之时，延羽一行也知道了水晶幻石的移位竟使海洋生物近乎灭绝，现在只剩下一条被玲珑偷偷收养的独角鲸。

就在众人商讨如何令水晶幻石归位之时，水族馆突然受到邪灵兵的袭击，并且在凌义的阻拦之下，令唯一的独角鲸被抢走。延羽几人与凌义的关系产生分裂。凌义认为独角鲸被抢是自己的过错，偷走了水晶幻石独自前往乔娜的城堡，却在途中受到邪灵组织的拦击，敌人所使用的机甲竟然就是利用独角鲸研发而成的天雷幻鲸！在凌义不忍出手而屡遭攻击渐败下风之时，延羽众人终于明白凌义的苦衷而前来救助，却在救凌义的过程中，延羽和嘉静不慎被击落海中。

为救凌义而双双掉落海中的延羽和嘉静，流落到了荒岛，暂时与同伴们失去了联系。另一边，众人正心急如焚地寻找失踪的延羽和嘉静。但是独行独断的凌义拒绝和大家合作，并且因为愧于自己的过错，几次想凭一己之力找回延羽他们，由此激发了希阳的不满。两人之间矛盾不断，甚至大打出手。但是与希阳的争吵中，凌义渐渐明白了要和同伴共同进退的重要性。

此时，延羽、嘉静在荒岛遇上邪灵大将乔娜。延羽不听嘉静劝告，鲁莽地运用机甲迎战，终于被打至机甲消失。危急之际，本已消失的光辉剑神突然出现，为延羽挡下了乔娜的致命一击，当场爆裂解体，而戴在延羽手上的基因手镯也应声断裂了。延羽亲眼目睹光辉剑神为救自己而粉碎，感到后悔莫及。趁延羽失去机甲变得毫无还击之力，乔娜乘胜追击，欲将延羽彻底消灭。嘉静见形势危急，不惜耗尽自己的能量，连忙将延羽救出，却令自己落入乔娜手中……

邪灵组织的多伦带着人马找到了凌义众人，并威胁他们必须用水晶幻石来交换失手被擒的嘉静。大家此时才知道嘉静落入了敌人手中，而延羽却仍然失踪。凌义众人面对嘉静和水晶幻石之间的抉择，苦无两全其美的对策。

另一边，延羽心急要救回嘉静，无助地在森林里乱碰乱撞。此时他巧合地遇上了号称“什么都能修理”的万能博士。虽然万博士一再坚持能修好延羽的基因手镯，可是最后还是失败。失去最后希望的延羽，愤怒地扔下基因手镯，却遭到万博士一顿斥责。延羽心生愧疚，终于明白机甲不仅是战斗的工具，更是伴他一路同行的伙伴，于是带着歉意将手镯埋在泥土中就此告别。不料此际邪灵组织的多伦追踪至此，向延羽及万博士发起了攻击。眼看天雷幻鲸即将碾压至埋有基因手镯的地方时，延羽始终不舍得将手镯重新挖出，而此时基因手镯却奇迹般得到修复，给延羽带来了全新的机甲——金角武神！

延羽和新伙伴——金角武神尽全力共同作战，加上新机甲的实力大升，延羽很快就将追踪到此的多伦打得夹着尾巴逃跑了。经过万博士的解释，延羽了解到自己的基因手镯中蕴藏着不同的恐龙基因，加上“土生金”的五行定律，终诱发了第二种恐龙基因的苏醒，进化成了金角武神。告别了万博士后，延羽立刻动身前往敌营汇合同伴。

另一边，凌义等人分头行事，前往邪灵组织的驻地。玲珑及希阳用假的水晶幻石去交换嘉静，却被敌人识破并陷入敌人的包围中，在危急之际金角武神及时冲出帮他们解了围。那边，凌义和基洛带着真正的水晶幻石潜入圣坛，打算让水晶幻石归位，岂料却中了乔娜的圈套！眼看计划失败，凌义将水晶幻石交给了信任的基洛，孤身与乔娜激战，为他们争取时间。最后凌义为了保护嘉静和基洛，毅然挡在同伴和乔娜之间，而碧影角鳄也随即化作了碎片……

延羽驾驶金角武神与天雷幻鲸激战，终于救出了被围困的希阳与玲珑。天雷幻鲸也终于恢复原状，变回了鲸鱼小猪。这边的战斗一结束，延羽又立即赶往水晶岩洞相助凌义几人。

另一边，嘉静和基洛扶着失去机甲的凌义，带着真正的水晶幻石匆忙逃往圣坛。但是穷追不舍的乔娜死咬着三人不放，嘉静只能召唤出飞翼武者与她对抗，掩护凌义等人。正当嘉静支撑不住时，金角武神破墙而入加入了战斗。凌义趁乱拿着水晶幻石爬上了装置，企图让幻石归位，不料遭到乔娜的攻击。危急之时，赤焰战虎突然出现拦下了乔娜的怒海兽神，但是却没能阻止乔娜。乔娜继续向着爬上装置的凌义冲撞过去，千钧一发之际，凌义将水晶幻石插入水晶槽中，手上的召唤器也奇迹般得到修复，召唤出了全新机甲——啸海帝鳄。最后，凌义和延羽两人驾驶新机甲合力将乔娜击飞了。告别水之都后，众人向着炎部落进发。

在基洛的带领下，延羽一行人终于来到了基洛的故乡——炎部落。此时的炎部落已经遭到了邪灵组织势力的严重蚕食，七颗星火有5颗已落入了邪灵组织的手中。不久，延羽众人遇到了淳朴但是有点神经质的炎部落族长等人，得知他们在渐渐丧失生活能源却苦无对策。大家决心帮助族人从邪灵兵手上抢夺能源石，以维持他们的基本生活。与此同时，邪灵组织已经夺得了第6颗星火，但是对于最后的七星之火，他们仍然毫无头绪。

在族长的“带领”下，延羽等人偷袭了邪灵兵装载能源石的运输车。延羽众人的计划一开始实行得还算顺利，却不料中途杀出了强劲的邪灵组织队长——杰克。延羽等人为帮族长争取劫车的时间，与杰克的火钻钢马激烈对战。但是面对强大的敌人，希阳和嘉静逐渐不敌败下阵来，而延羽和凌义也危在旦夕！！！