未来世界由金木水火土五个不同属性的大城市所组成。一夜，三颗殒石突然坠落地球，从那一天开始，男主人公延羽的父亲延博士以及其中两颗殒石消失不见。当外面的人都质疑延博士的时候，延羽坚信自己的父亲一定会再次回来，告诉自已事情的真相。

一天晚上，一个自称为延博士助手的李研究员突然出现，道出延博士失踪的这一年来，是被意欲统治世界的邪灵组织捉走并强制延博士进行神秘殒石的研究。眼看殒石可研发出足以毁坏世界的机甲战车，李研究员逃出并且将研究成果，可召唤出金属性光辉剑神的基因手镯及召唤器交给延羽。就在此时，邪灵兵驾驶着蚂蚁机甲追杀到，在危急时刻，延羽利用召唤器召唤出光辉剑神，保护了李研究员与母亲。延羽见识到光辉剑神的厉害，决定利用光辉剑神去救出父亲延博士，却不料延博士为了破坏邪恶的殒石，已安装了引爆装置决定与邪灵组织同归于尽。在延羽历经辛苦终于摆脱蚂蚁机甲的阻拦，到达实验室之时，研究室却在眼前爆炸。

实验室在延羽眼前爆炸。正当延羽认为父亲已经死去之时，却发现邪灵组织已将延博士转移，延羽下定决心要救出父亲。

另一边，一个叫凌义的男孩无意中从新闻里得知一个叫林木的博士研发出一种足以对抗邪灵组织的机甲战车，决定潜进林木博士的实验室偷取机甲召唤器，却被林木博士发现，失手被捉。这时才知道凌义是林木博士的学生凌浩的弟弟。因为哥哥被邪灵组织杀害，凌义一路寻找邪灵组织为哥哥报仇。林木博士却否认凌义是凌浩的弟弟，并说真正的凌义早已在研究所内。原来那是凌义的同乡希阳，因为故乡被毁而假扮凌义寄住于此。就在这个时候，邪灵组织发现了林木博士的研究所，并前来抢夺机甲，林木博士让凌义希阳带着召唤器逃跑。危急之际，凌义召唤出水属性的碧影角鳄与邪灵兵的蚂蚁机甲对抗，拥有了机甲的凌义不顾一切要收拾邪灵兵，最终在战斗中明白这样毁坏周围一切的战斗与邪灵组织根本无异。

凌义从战斗中明白到自己的过错，并且得到了林木博士的认可。凌义与希阳带着林木博士给予的碧影角鳄与象影神兵踏上讨伐邪灵组织的征途。

而另一边，延羽决定上路去寻找父亲，却遭到母亲的反对。为了不让延羽任意行动，延羽妈妈将光辉剑神的召唤器与基因手镯交到延羽的青梅竹马林嘉静手中。这时，林嘉静正要前往一个展览中心与父亲林木博士会合，因为林嘉静去世的母亲所发起搜寻绝种生物基金会找到了两种珍稀的昆虫。延羽为重新得机甲战车，一路偷偷尾随林嘉静上路。而与此同时，邪灵组织五将军之一的巴比亦收到绝种昆虫的消息，派出手下去抢夺绝种生物，并要将其研制成具强大力量的机甲战车。正当延羽与林嘉静到达展览中心之时，却发现了邪灵组织的行动。延羽欲上前阻止，无意中发现从林嘉静身上掉落的召唤器。延羽召唤出光辉剑神与邪灵组织对战，却被邪灵组织派出的双刀战螳攻击，千钧一发之际，林嘉静利用另一个召唤器召唤出飞翼武者前去救助。

延羽与林嘉静奋力对战，却仍不敌强大的双刀战螳，最终绝种生物仍被邪灵组织抢走。虽然绝种生物被抢，但延羽的勇敢与坚定的信念终于感化母亲，在延羽母亲与林木博士的首肯下，延羽与林嘉静带着光辉剑神与飞翼武者追踪着绝种生物的信号，踏上追寻邪灵组织的旅途。

延羽和嘉静二人循着信号来到一个叫绿风镇的地方，却发现这里出现严重的炭化现象。当二人按照信号指示来到绿风镇的小广场，却突然受到空气炮的袭击！二人以为是邪灵兵，追着袭击人而去，却发现是一个叫小龙的孩子。而这时，邪灵组织已发现二人的到来，派出双刀战螳前去收拾二人。延羽和嘉静为保护小龙召唤出机甲迎战，好不容易才将敌人击退。而这一切被追踪着邪灵组织来到绿风镇的凌义所见，凌义追着逃跑的双刀战螳而去。而二人亦同时发现了为找寻小龙而来的龙爸爸……

延羽和嘉静好不容易找到与父亲争吵离家出走的小龙，终于从小龙口中得知原来因为龙爸爸建造了小广场，导致绿风镇出现炭化现象，小朋友们开始疏远小龙。而这些话被站于一角的龙爸爸听到，龙爸爸为了儿子决心去摧毁小广场，却被建造在小广场地下的邪灵组织发现。邪灵组织派出两辆蚂蚁机甲前去收拾捣乱的龙爸爸。延羽三人惊见爆炸声，赶到小广场的时候，发现龙爸爸已被攻击至奄奄一息！延羽召唤出光辉剑神击败两蚂蚁机甲后，竟发现了一条通往邪灵组织地下实验基地的信道。延羽和嘉静为了还龙爸爸一个清白，决定闯进邪灵组织实验基地。

另一边，凌义追踪着双刀战螳的车迹进入到地下实验中心，无意中得知巴比等人要抢夺森林之光的秘密。这时敌人已发现潜入的延羽二人，命机甲上装有引爆装置的卡夫前去对付。在延羽、嘉静与双刀战螳激战之时，凌义驾驶着碧影角鳄突然杀出阻拦延羽的攻击……

延羽和嘉静在凌义的劝告下，合力终于将身上装有引爆装置的双刀战螳击败，以为雨过天晴之时，却发现邪灵组织的巴比将军带领着新研究成功的甲壳锹形与独角恶灵出现。原来巴比等人已发现代表着木属性能量的森林之光位置所在，正要前往夺取。此时，延羽等人从巴比口中得知，邪灵组织已经将碳化装置装在了实验基地里。这时延羽却与凌义发生歧义，延羽决心摧毁炭化装置拯救绿风镇，凌义却坚持去追赶邪灵组织保护森林之光的安全。三人分道而行，延羽和嘉静前往地下实验基地，却发现自身力量并不能摧毁炭化装置，就在这时候，坚持去追巴比的凌义深深体会到家园被毁的痛苦，终于回心转意并与延羽嘉静二人合力解除炭化装置的危机，恢复绿风镇的和平。

与此同时，位于绿荫市的森林之光被博物馆馆主转移了，并偷偷安放在了小狗卡巴的身上……