凝样回到宫里查到了年轻时的郑宽，医术深受董太师肯定，乃被推荐成为御医，并负起为皇太后治病的重任，董太师偶然在坊间得到一本有关医学的奇书“青囊经补述”，并转送郑宽，书中提及在当时简直不可能施行的所谓“器官移植”的概念，郑宽读罢被深深吸引，并且大胆运用在皇太后的身上，不料结果失败，竟活活医死了太后。郑宽与董太师为图脱罪，乃将过失嫁祸给另一名御医，郑宽甚至进一步害死那对御医夫妇灭口。

阿东因命案被捕，乃以当年郑宽害死喜鹊父母的往事作为要胁，要郑宽帮助脱罪，郑宽被迫于探监的时候暗施毒手，杀害阿东灭口。白荷告诉了玉凤郑宽和童太师当年过失嫁祸给另一名御医，郑宽甚至进一步害死那对御医夫妇灭口，过程中将御医的妻子掷入井中毁尸灭迹。董太师在得知郑宽手段凶残之后，于是推翻允诺，拒绝了他与爱女玉凤的婚事，甚至将郑宽打残，逐离。

郑宽终于知道阿祥就是当年在行凶过程中，携同死者女儿逃走的那名小男孩，于是设计加害，将其灭口，阿祥因此牺牲性命。喜鹊终也得知一切，燃起报仇念头，不料反被郑宽捉住幽禁……

一日，皇上私下带着宫廷太监总管包公公微服出巡，一行来到竹山县想借此之行顺道见见思念已久的女儿凝香。途中他们遇见打劫贡船的海盗。皇上见此，只身上船帮助官兵抗贼，未料反被押船官朱魁误伤落入水中。受伤的皇上被俞慧心救起。阴错阳差之中，皇上反被误认为水寇首领——混江龙……

因贡船于竹山县被劫，竹山县令杭铁生难辞其咎。密谋夺权的王爷封锁消息，企图置皇帝于死地，遂指派太监崔洁押解铁生进京问罪。途中巧遇凝香，铁生方知原来凝香未死，且凝香亦表明愿陪同铁生一同入京……

因铁生失职之故，朝廷遂指派朱魁接替其职四处捉拿水寇。此时，被误认为水寇首领的皇上亦被朱魁擒获。而无意间发现皇上身份的崔公公，为助王爷夺权大计，便暗令不知情的朱魁欲除去皇上。铁生只得乔装打入水寇内部，并最终赢得首领混江龙的信任。