考试之日终于到来，朱正也终于勇敢地面对，他在比赛中显示出的坚毅使得自己虽败尤荣。书院的老师和同学都十分感动，朱正已经尽了力，虽然没有拿到武举人之名衔，但他赢得了自信，赢得了人生，更为书院赢得了莫大的名声。这一切凤姐都看在眼里，她明白自己深爱的是朱正，他决定放弃自己毕生的心愿，放弃荣华富贵，永远地留在朱正身边。

此时，墨林回来了，不懂没有辜负他的安排，朱正已经在不懂的帮助下找回了自信，现在没有墨林的协助，他依然是一位有自信的太子。

朱正要和宁王返京了，大家都很依依不舍，朱正向凤姐承诺，不日将会来接凤姐离开，给凤姐最大的幸福。

籽福和乐文在寻找籽言的过程中不期而遇，路过往日相约的地方，二人心中不免惆怅。在回家途中，不懂发现了孝宗让他寻找的“十八学士”和一个土坟，坟上有一个女人的名字。无休听到这一消息立刻惊呆了，他让不懂马上带他前去。

就在此时，郑王的人马又冲入书院。他此行的目的是带走太子，不想被宁王捷足先登。郑王无奈之余，迁怒于墨林，逼应院士在一日内交出他编纂的《元史纲领》。就在郑王走后不久，有人发现《元史纲领》中有错漏，被好事之徒利用的话，也许会发动一场文字狱。墨林为了不连累学生，决定关闭书院遣散学生回家。但是在不懂的熏陶下，学生们已经成为了与书院共存亡的有情有意的一群人。在不懂的指挥下，大家协同合作，终于化险为夷，保住了书院。

经历了种种的磨难，籽福和乐文终于重归于好。

无休的失忆症越来越严重，他把不懂叫到身边，告诉不懂他有一个儿子。原来，二十年前，一次无休带兵打仗，回来后发现妻子带着儿子离去了。他告诉不懂就是为了让他提醒自己别忘记这个儿子。不懂拒绝了，他不要提醒无休，他要帮无休找到儿子，让他陪在无休身边。

不懂和无休终于要离开了，临走的前一晚，大家不约而同的回到黄班的教室，上了不懂的最后一节德业课。翌日，籽言也跟随不懂一同上路，她嘴上说是要假扮男装考取功名，实际上她是舍不得不懂。不懂回到京城，惊讶地发现，原来那个没自信的朱正正是当今太子。

孝宗已经病重，各路藩王带兵聚集京城，只等皇帝病逝，便起兵夺位。就在危机四伏之时，孝宗命不懂为太仆兼大学士，官拜一品，统帅六部尚书，扶植太子。孝宗临终前，看到不懂手中的手帕后，悲从中来，责怪自己任命不懂官职，劝不懂远离皇宫，并用尽最后的力气说了声“对不起”。不懂望着孝宗逝去，心中一阵莫名的痛楚。

孝宗驾崩，诸藩王正要行动，岂料孝宗留下遗诏，以政治手段暂时稳住了诸王。大家一时不敢轻举妄动。太子即位，改国号为正德。其实孝宗命不懂为太仆是有他的打算的。他希望不懂能像在书院中般春风化雨，感化朝中党派分明的大臣，同时扰乱藩王们的部署，给正德多一点时间来稳固政局。