严嵩严词告诫严世蕃，眼下为避免激起民变，收买田地的价钱绝不能压得过低，并把善后之事交由胡宗宪处置。严世蕃、罗龙文与鄢懋卿听后都满脸不愿，还辩称自己并未和郑泌昌、何茂才沆瀣一气。另一边，沈一石将原本用于买田的粮食拿去赈济受灾百姓，田地收购眼看难以成事，郑泌昌、何茂才气得大骂沈一石。可比起买田失败，他们更害怕被关押在淳安的井上十四郎把内情供出，一旦牵连开来，便有诛灭九族之祸。郑泌昌于是让何茂才抢在胡宗宪到来之前赶赴淳安，将井上十四郎押回，自己则去找杨金水商量对策。
此时的杨金水正准备命从京城赶来的锦衣卫拘拿沈一石。得知沈一石已把买田粮拿去救济灾民后，杨金水担心自己此前的密报有误，若被认定欺君，罪责难逃，便决定把事情彻底查清。没想到郑泌昌竟摆出一副装死抵赖的模样，不肯担责。杨金水无计可施，只得请出锦衣卫朱七。朱七现身之后，郑泌昌为脱罪又改口谎称自己并不清楚沈一石究竟另有什么打算。随后，郑泌昌与杨金水再度串通，准备上疏朝廷，将责任全部推到沈一石身上。
与此同时，朱七也在淳安暗中走访百姓，查知齐大柱所谓通倭一事确是冤案。当地百姓不仅没有怨怼，反而十分感激嘉靖帝“送粮赈灾”，也感念裕王为他们派来了能替百姓作主的海瑞。
海瑞提出，可以把真正的倭寇井上十四郎交由何茂才押回省里处置，但被诬陷的齐大柱按律只该受二十鞭刑，之后便应释放。何茂才无法再强行反驳，只能表面应下，却在暗中吩咐蒋、徐两位千户杀掉井上十四郎，以此灭口。
随后，海瑞当着众人的面鞭笞齐大柱等人，也借此让百姓明白，齐大柱等人实际上是在替大家承担罪责。他又向众人说明，种桑三年免税，收益比种粮更为可观。齐大柱等人获救后深受触动，也站出来协助海瑞劝导百姓。在海瑞的规劝之下，齐大柱等人又决定投奔戚家军，奔赴前线与倭寇作战，以杀敌来报效国家。
谭纶将李时珍请到淳安，并告诉海瑞，海母和海家其他亲人也将被接来淳安。他安排李时珍一方面为淳安灾民预防和医治疫病，另一方面为海瑞夫妇开出调养孕育的药方，希望能为海家延续后嗣。谭纶急着赶往前方抗倭军营，临行前向海瑞交代当前局势：抵制“改稻为桑”已经扰乱了严党的部署，而沿海一带的倭寇近日必定会有所动作，东南很快将迎来一场大战。
谭纶还说明，若要打赢这场仗，就必须耗费巨额军资。可如今国库空虚，嘉靖帝仍需依靠严嵩父子维持局面；若他们拿不出银子，就会向富有之人下手。按照胡宗宪的判断，眼下能够拿出巨额财富填补国库亏空的，只有沈一石一人，因此朝廷迟早会把目标放到他身上。
沈一石背着杨金水，与郑泌昌、何茂才暗中串通，一面让芸娘出面施展美人计，一面又借织造局的名义假称购田，实际上却把粮食拿去赈济百姓。这两桩事无论哪一件，都足以捅出惊天大祸。杨金水一直等着沈一石给出说法，可沈一石面对追问仍然神色平静。直到此时，杨金水才知道沈一石并非全无苦衷。沈一石购置田产、产丝织绸，所得大半都要用来填补国库亏空，余下利润还要分给郑泌昌、何茂才以及京中严党一系的贪官。如此盘剥之下，他若不与郑泌昌、何茂才合谋，以十石稻谷换一亩田，便连不亏本都难以做到。至于他起初打着织造局旗号买田，也是有意瞒住杨金水，好让杨金水据实向朝廷上奏；一旦中途出事，朝廷反而会更加相信杨金水并未参与其中。杨金水听明白这些内情后，对郑泌昌、何茂才更是深恶痛绝。
很快，内阁下令拿办沈一石、抄没其家产的急递送抵浙江，并命令将抄得的私财立即全部调拨军用。郑泌昌、何茂才见局势紧迫，又把这件事推到高翰文身上。沈一石最终点火自焚，然而那四箱行贿账册却落入了郑泌昌、何茂才手中。可让他们没想到的是，身为浙江首富的沈一石，早已被层层搜刮得几乎没有余财。沈一石名下共有作坊二十五处、织机三千张，每日能织丝绸五百四十八匹；但库存生丝只够作坊再织二十天，总共不过一万零九百六十匹，距离朝廷卖给西洋所需的五十万匹还差四十八万九千四十匹，仓中现存丝绸也只剩下一百匹。郑泌昌、何茂才眼看事情败露，只得请求杨金水上奏朝廷，准许他们戴罪立功，二人再设法筹集军饷。
此时，日本倭寇祸乱明朝东南沿海已达十年之久，明朝内部政务也日渐腐败。在这样的局势下，由浙直总督胡宗宪坐镇筹划、以名将戚继光所率“戚家军”为主力的一场抗倭决战，终于在这一年于中国东南沿海拉开了序幕。
高翰文奉命追查沈一石账册以及家财去向，却几乎没有查出任何结果。无奈之下，他只得和一同前来的锦衣卫分头行动，分别赶往巡抚衙门与织造局继续搜寻线索。此时，郑泌昌、何茂才正在巡抚衙门内焚烧账册、销毁凭据，设法将高翰文拦在门外，不让他进入。只是他们怎么也想不到，杨金水手中还保存着另外四口木箱，里面装的正是沈一石二十年来积存下来的全部账册，而且一册未动、原样封存，已经被送往京城，交到吕芳手里，再由吕芳上奏嘉靖帝。
郑泌昌、何茂才等浙江官员多年来贪吞巨额银两，如今前线抗倭急需军饷，他们却拿不出钱来供应。为了向朝廷有所交代，也为了推脱自身罪责，他们暗中商议，准备把罪名转嫁到高翰文身上，诬称他办案不力，导致账目被毁、大批赃银不知去向，让他替众人承担后果。
与此同时，倭寇在东南沿海一带烧杀劫掠，形势愈发危急。戚家军数千将士已经断粮多日，却仍在前线苦苦坚守，等待时机与敌人交战。高翰文押送着手中仅有的一点军需赶赴前方，见到了胡宗宪。胡宗宪察觉局势背后暗流汹涌，敏锐判断不出一个月，朝廷必将在浙江掀起一场大案。于是他劝高翰文不要再犹豫，应立即去找朝廷派来的锦衣卫主动请罪，请他们将自己槛送京师。
高翰文把沈一石临终前说出的那些朝廷隐秘账目，逐条背诵给海瑞听。海瑞听罢，不由得感叹官场中的层层贪墨，根子竟都牵连到内廷。面对高翰文的处境，海瑞再一次叮嘱他，眼下只有守口如瓶，才有可能从牢狱中脱身。到了第二天，芸娘陪着被押解的高翰文一道前往京城。
嘉靖皇帝已经有几十年不上朝，可大明一朝的财政进出始终没有脱离他的掌控。除去修醮炼丹之外，他最关心的，便是反复核算天下钱粮收支。杨金水秘密送入京城的四箱账册到了之后，嘉靖帝命太监逐一清点查算，结果发现浙江官场这二十年来侵吞沈一石的一百万匹丝绸，折算下来无论如何也有七八百万两白银。嘉靖帝随即召见连夜赶路、秘密入京且已疲惫不堪的胡宗宪，厉声追问新安江大堤决口的缘由，以及浙江官场贪腐成风之事。
胡宗宪向嘉靖帝直言进谏，称如今国事本已艰难，若此时大兴牢狱，势必牵连内阁以及六部九司，大明朝局顷刻之间便会陷入大乱。他恳求嘉靖帝等到合适时机再彻底查办。嘉靖帝为了试探严嵩，又命胡宗宪当夜把那四箱账册送往严府。
第二天，嘉靖帝在玉熙宫精舍召见严嵩，并把装着账册的木箱摆到他面前。面对确凿证据，严嵩无从推脱，只能表态说，凡是被沈一石账册牵连到的人，都应马上缉拿查办，所贪侵的银财也必须严厉追缴。嘉靖帝随即对内阁作出调整，又任命徐阶的学生赵贞吉出任浙江巡抚，命他即刻查办郑泌昌、何茂才，并追查追回沈一石遭人侵吞的财产。与此同时，李时珍为海瑞夫妇诊脉，颇得海母喜爱，也因此与海瑞一家结下了深厚情分。桑苗才刚刚冒芽，郑泌昌、何茂才便急不可耐，立刻派人赶赴各县催征生丝。海瑞得知后，当即将催缴生丝的公文扣押下来。