沈一石的家产已被查抄封存，但他的作坊却不能因此停摆。郑泌昌和何茂才一边调派大批人手分赴各县，催逼各地缴纳生丝；一边又请来与胡宗宪有乡谊关系的徽州织商，打算把沈一石名下的二十五座作坊、三千架织机逐一估价，分别卖给这些徽商。二人盘算着，只要这桩买卖谈成，前线战事急需的军饷，以及要售往西洋的五十万匹丝绸便都能有着落，自己也就有机会凭此将功折罪。可他们并不知情，奉命前来拘拿他们的新任巡抚赵贞吉和锦衣卫，此时已经抵达距离杭州不过三十里的驿站。再过几个时辰，郑泌昌、何茂才便将被捕入狱。赵贞吉奉上谕前来追查沈一石家财，听说沈一石的产业竟要转卖给徽商，心中大为疑惑。
赵贞吉回到巡抚衙门后，随即开始兑现对胡宗宪的承诺，当即在二堂提审郑泌昌、何茂才，准备追缴二人贪墨的银两，以便尽快筹措军饷。郑泌昌仍旧顽固抵赖，心存侥幸，认为只要自己咬紧牙关不吐实情，便能等到杨金水出面相救。赵贞吉却不急着深究，只等陪审的海瑞和王用汲赶到后，再继续审问。海瑞抵达杭州后，没有先去巡抚衙门，而是直接赶往臬司衙门大牢，提审郑泌昌、何茂才。王用汲察觉此事关系重大，立刻将情况禀报赵贞吉。赵贞吉没有出手阻止海瑞，只是转而把消息告知了杨金水。杨金水一听便明白，赵贞吉这是借海瑞之手来逼案，正是“打鬼借钟馗”的手段，于是急忙赶往臬司衙门大牢。牢中，海瑞审问郑泌昌、何茂才，矛头直指新安江毁堤淹田以及放走倭首井上十四郎这两桩重案。杨金水在隔壁暗室听得心惊，意识到若任由海瑞继续追问下去，早晚会牵连到宫里，便立刻命锦衣卫赶紧出面制止海瑞。
海瑞查审案件时，案情逐渐牵连到织造局和宫中。杨金水心急如焚，催促赵贞吉上疏，请求免去海瑞陪审官的职务。赵贞吉心里清楚，海瑞和王用汲都是皇上亲自指定的问案官，两人并没有偏护钦犯、徇私舞弊之举，即便参劾他们，裕王也不会应允。杨金水在重压之下，竟一夜之间发了疯。
朝廷降旨，要将沈一石的家产抄没后充入国库，可郑泌昌、何茂才却把他的家产转卖给徽商。赵贞吉明明奉有圣旨，不但没有据理相争，反而在约书上签字盖印。海瑞由此推断，赵贞吉是在揣摩圣意，迎合嘉靖帝的心思。他认定郑泌昌所图的是财，赵贞吉所贪的不过是名。接连数日，海瑞审问钦犯所得的结果，赵贞吉都压下不办。某日清晨众人会商，赵贞吉身穿便服，在签押房里故作闲适，分明是有意让锦衣卫的人看清楚：追查织造局的是海瑞，并非他赵贞吉赞成。
海瑞料到，如果不查织造局，赵贞吉便会逼迫那些徽商产出更多丝绸，再用半价收买桑农手中的生丝，以此讨好宫里，讨好嘉靖帝。可这样一来，国库仍旧空虚，百姓照样遭受盘剥。若织造局不查，郑泌昌、何茂才以及那些贪墨官员便无从追究，甚至连毁堤淹田、暗通倭寇、陷害良民等实情也会失去查明的机会。这样一桩震动朝野的大案，已经明发上谕，天下皆知，倘若让赵贞吉办得如同未办，大明朝便更加无可救药。此时，王用汲也坚定地站到了海瑞一边。
事情的发展果然不出海瑞所料。赵贞吉与锦衣卫暗中串通，将郑泌昌、何茂才转移了看押地点。面对海瑞的质疑，赵贞吉以筹办军需、剿倭御敌为当务之急替自己辩解，反过来指责海瑞不顾倭寇烧杀抢掠，只在岸上看船翻，为博取刚直之名行事，所谓大忠近似作伪。
赵贞吉万万没有料到，海瑞的父亲竟是丧命于倭寇之手。杀父之仇刻在心头，海瑞始终难以忘怀。赵贞吉见局势难办，只能以杨金水已经疯癫、无人可以对证为由，暂且搁置此案，并表示自己已用八百里急递将情形奏报朝廷，一切只等朝廷旨意下达后再作处置。他同时命令海瑞即刻押送军需前往胡宗宪大营，十日之后再依旨办理案件。
海瑞押运军需抵达胡宗宪军中，胡宗宪借诗表明心志。海瑞趁机追问，当初胡宗宪以侵吞修河工款、导致河堤失修的罪名，处斩马宁远、常伯熙、张知良和李玄，其中是否另有隐情。胡宗宪只说案卷早已呈交刑部，并未正面作答。海瑞又提到，郑泌昌、何茂才以通倭之罪，将倭酋井上十四郎以及淳安百姓齐大柱等人判处死刑，胡宗宪明知此为冤案，还亲自派总督衙门的人协助自己为他们昭雪，可为何没有继续追查到底。胡宗宪反问海瑞，如今不正是他在查吗。海瑞虽一番追问如同浪打空城，没有得到确切回应，却也并非全无收获，正巧赶上齐大柱迎娶当初在战场上被自己救下的女子。
赵贞吉的奏疏送到司礼监后，秉笔太监陈洪看罢大呼这是反了，主张立刻直接奏呈嘉靖帝。秉笔太监黄锦却认为，还是应先告知吕芳为妥。吕芳于是命黄锦先稳住嘉靖帝，自己则前往诏狱，见了沈一石一案中的两名证人高翰文和芸娘，并叮嘱二人，只有保持沉默，才有机会保住性命。与此同时，嘉靖帝已经料到浙江必有奏折送来，并以“外重内轻”之语暗示吕芳。吕芳随即拟旨，命杭州的锦衣卫即刻将杨金水押解进京，又让赵贞吉署理江南织造局差使，要求他不惜一切代价，为胡宗宪在东南前线筹措军需。
赵贞吉奉命指示谭纶主持审理郑泌昌、何茂才一案。郑泌昌和何茂才听闻圣旨之后，明白杨金水已经逃过罪责，自己再想保全也无可能，便干脆供认，他们实际上是在替织造局、替宫里办事，内阁同样也是为宫里效力，所做的一切都是为了嘉靖帝。至于毁堤淹田一事，也是严世蕃写信命他们去办，杨金水对此知情，嘉靖帝自然也不可能不知道。赵贞吉按捺不住，向谭纶说明其中利害：要倒严，就不能把嘉靖帝牵扯进去；一旦牵涉到嘉靖帝，不但严家倒不了，还会连累裕王。即便要倒严，像胡宗宪这样的人也必须保住，而若要保胡宗宪，毁堤淹田之事便不能追问，谭纶因此陷入左右为难的境地。锦衣卫要求在供状中删去所有涉及宫里的内容，海瑞却坚持，既然是奉旨审案，就必须把原供词一字不改地呈交朝廷、呈交嘉靖帝。赵贞吉也让谭纶去劝海瑞，最好不要将这样的供词呈送上去。
经过一番劝解，海瑞仍坚持不肯改动半个字，照旧把郑泌昌、何茂才的供状呈报朝廷，并说明若因此招来罪责，罪在他一人，与旁人毫无牵连。两人的供词送入司礼监后，立刻激怒了司礼监的五位秉笔太监。吕芳一边火速传令给赵贞吉，质问他把这样的供词递上来究竟是何用意，并命赵贞吉、海瑞、王用汲重新审理；一边又去找严嵩、徐阶商议应对之法。严嵩随即表明态度，若郑泌昌、何茂才所说属实，真是严世蕃等人指使浙江毁堤淹田，甚至还敢勾结倭寇，那就理应满门抄斩。然而吕芳顾虑此事会牵连胡宗宪，进而影响东南抗倭的大局。徐阶也指出，这两份供状由陪审官海瑞主审、陪审官王用汲记录，却没有赵贞吉和谭纶署名，显然不合常理。严嵩、徐阶都认同吕芳的判断，认为供词不能呈到嘉靖帝面前。可是嘉靖帝已经察觉事情有异，陈洪便避开黄锦，趁机将真相告知了嘉靖帝。